As eleições estaduais em São Paulo em 2006 aconteceram em 1º de outubro como parte das eleições gerais no Distrito Federal e em 26 estados. Foram escolhidos o governador, o vice-governador, um senador, setenta deputados federais e 94 estaduais. Como o candidato ao governo estadual mais votado superou a metade mais um dos votos válidos, o pleito foi decidido em primeiro turno e, conforme a Constituição, a posse do governador e do vice-governador se daria em 1º de janeiro de 2007 para quatro anos de mandato.
O economista José Serra, filiado ao PSDB, foi eleito governador com 12,3 milhões de votos, ou 57,9% dos votos válidos, tendo como vice Alberto Goldman. Para o Senado Federal, São Paulo escolheu reeleger o senador Eduardo Suplicy, do PT, que recebeu 47,8% dos votos, derrotando, o empresário Afif Domingos. A nova legislatura da Assembleia Legislativa ficou composta por 23 cadeiras ocupadas pelo PSDB, vinte pelo PT, onze pelo PFL, oito pelo PV, cinco pelo PPS, cinco pelo PTB, cinco pelo PDT, enquanto outros partidos obtiveram as restantes dezessete vagas. Na Câmara dos Deputados, São Paulo elegeu dezoito representantes do PSDB, quatorze do PT, cinco do PP, cinco do PFL, cinco do PV, quatro do PSB, quatro do PTB, três do PMDB, e três do PDT, sendo que os outros partidos elegeram os demais nove deputados.
Candidatos a governador Governador (a)Vice-governador (a)Coligação Partido(s)Candidato(a)PartidoCargos relevantesCandidato(a)PartidoCargos relevantes12semmoldura|130x130pxCarlos ApolinárioCarlos Alberto Eugênio ApolinárioPDT Deputado Estadual por São Paulo (1983–1994) Deputado Federal por São Paulo (1995–1999) Vereador de São Paulo (2001–2012)semmoldura|130x130pxPereira dos MetalúrgicosJosé Pereira dos SantosPDT13semmoldura|130x130pxAloizio MercadanteAloizio Mercadante OlivaPT Deputado Federal por São Paulo (1991–1995, 1999–2003) Senador por São Paulo (2003–2010)semmoldura|130x130pxNádia CampeãoNádia CampeãoPCdoB Secretária Municipal de Esportes de São Paulo (2001–2004)Melhor pra São Paulo(PT, PCdoB, PL e PRB)15semmoldura|130x130pxOrestes QuérciaOrestes QuérciaPMDB Vereador de Campinas (1964–1967) Deputado Estadual por São Paulo (1967–1969) Prefeito de Campinas (1969–1975) Senador por São Paulo (1975–1983) Vice-governador de São Paulo (1983–1987) Governador de São Paulo (1987–1991)semmoldura|130x130pxAttila RussomannoNelson Attila RussomannoPMDB Vereador de São Paulo (2005–2009)PMDB / PP(PMDB e PP)17semmoldura|130x130pxRoberto SiqueiraRoberto Siqueira GomesPSL Vereador de Guarulhos (2001–2005)semmoldura|130x130pxMarcos GermanoMarcos Antonio Germano dos SantosPSLPSL / PHS(PSL e PHS)19semmoldura|130x130pxFred CorrêaAlfredo Martins CorreiaPTNsemmoldura|130x130pxEvandro de LimaEvandro de LimaPTdoBSão Paulo de Cara Nova(PTN, PTdoB e PRP)20semmoldura|130x130pxTarcísio FoglioTarcísio Roberto FoglioPSCsemmoldura|130x130pxSamuel RodriguesSamuel RodriguesPSC26semmoldura|136x136pxSarli JúniorRoberto Gandolfo Sarli JúniorPANsemmoldura|130x130pxRoberto MachioniRoberto Antônio MachioniPAN27semmoldura|130x130pxCunha LimaAntônio da Cunha LimaPSDC Presidente do Instituto dos Operadores do Comércio Exterior do Brasil (1990–1991) Vice-prefeito de Carapicuíba (1993–1995) Deputado Federal por São Paulo (1995–1999)semmoldura|130x130pxEdna OrtolanEdna OrtolanPSDC29semmoldura|126x126pxAnaí CaproniAnaí Caproni PintoPCOsemmoldura|130x130pxFirmino RosaFirmino Alves RosaPCO36semmoldura|130x130pxEder XavierEder XavierPTCsemmoldura|130x130pxJarbas ÁvilaJarbas Salles Ávila FilhoPTC40semmoldura|130x130pxProfessor Mário GuideMário Luiz GuidePSB Vereador de Osasco (1983–1993, 1997–2020)semmoldura|130x130pxMarcos GavaAntonio Marcos Gava JúniorPSB Vereador de Barra Bonita (2005–2009)43semmoldura|130x130pxCláudio de MauroCláudio Antonio de MauroPV Prefeito de Rio Claro (1997–2005)semmoldura|130x130pxAurélio NomuraAurélio NomuraPV Vereador de São Paulo (1993–2009)45semmoldura|135x135pxJosé SerraJosé Serra ChiricoPSDB Presidente da União Nacional dos Estudantes (1963–1964) Secretário Estadual de Economia e Planejamento de São Paulo (1983–1986) Deputado Federal por São Paulo (1987–1994) Senador por São Paulo (1995–2002) Ministro do Planejamento do Brasil (1995–1996) Ministro da Saúde do Brasil (1998–2002) Prefeito de São Paulo (2005–2006)semmoldura|130x130pxAlberto GoldmanCláudio Salvador LemboPFL Deputado Estadual por São Paulo (1971–1979) Deputado Federal por São Paulo (1979–1987, 1991–2003) Ministro dos Transportes do Brasil (1991–1992)Compromisso com São Paulo(PSDB, PFL, PTB e PPS)50semmoldura|130x130pxPlínio de Arruda SampaioPlínio Soares de Arruda SampaioPSOL Deputado Federal por São Paulo (1963–1964, 1985–1990)semmoldura|130x130pxMauro IasiMauro Luís IasiPCBFrente de Esquerda por São Paulo(PSOL, PCB e PSTU)
Candidaturas indeferidas N°Governador (a)Vice-governador (a)Coligação Partido(s)Ref.Candidato (a)PartidoCargos relevantesCandidato (a)PartidoCargos relevantes33semmoldura|130x130pxPedro VivianiPedro Luiz VivianiPMNsemmoldura|130x130pxArmando Coelho NetoArmando Rodrigues Coelho NetoPMN56semmoldura|130x130pxRenato ReichmannRuy Renato ReichmannPRONAsemmoldura|130x130pxGioconda CornélioGioconda Conceição CornélioPRONA
Candidatos ao Senado Federal Senador (a)SuplentesColigação Partido(s)Ref.Candidato (a)PartidoCargos relevantes123semmoldura|130x130pxElza PereiraElza de Fátima Costa PereiraPDTDráusio Rangel (PDT)Dráusio Rangel (PDT)131semmoldura|130x130pxEduardo SuplicyEduardo Matarazzo SuplicyPT Deputado Estadual por São Paulo (1979–1983) Deputado Federal por São Paulo (1983–1987) Senador por São Paulo (1991–2015)Carlos Ramiro (PT)Ari Fernandes (PT)Melhor pra São Paulo(PT, PCdoB, PL e PRB)151semmoldura|130x130pxAlda Marco AntônioAlda Marco AntônioPMDB Secretária Estadual do Menor de São Paulo (1987–1994) Secretária Municipal de Assistência Social de São Paulo (1997–2002)Hans Krauss (PP)Antônio Neto (PMDB)PMDB / PP(PMDB e PP)161semmoldura|130x130pxManchaLuiz Carlos PratesPSTUFátima Fernandes (PSTU)Paulo Pasin (PSTU)Frente de Esquerda por São Paulo(PSOL, PCB e PSTU)190semmoldura|130x130pxJoão Dárcio FilhoJoão Dárcio Ribamar SacchiPTN Vereador de Guarulhos (2001–2005)Shane de Abreu (PTN)Jesus Cones (PTN)200semmoldura|130x130pxTenente NascimentoManoel Barbosa do NascimentoPSCAlcides de Souza (PSC)Suzana Góes (PSC)252semmoldura|150x150pxAfif DomingosGuilherme Afif DomingosPFL Presidente do Banco de Desenvolvimento de São Paulo (1979–1980) Secretário Estadual de Agricultura e Abastecimento de São Paulo (1980–1982) Presidente da Associação Comercial e da Federação das Associações Comerciais do Estado de São Paulo (1983–1987) Deputado Federal por São Paulo (1987–1991) Secretário Municipal de Planejamento de São Paulo (1998)Zulaiê Cobra (PSDB)Natanael Miranda dos Santos (PFL)Compromisso com São Paulo(PSDB, PFL, PTB e PPS)266semmoldura|130x130pxJoão RezendeJoão de Rezende NetoPANCícero Francisco da Silva (PAN)Josué Lins (PAN)291semmoldura|130x130pxProfessor Antônio CarlosAntônio Carlos SilvaPCOJúlio Marcelino (PCO)Sandra Mazzeo (PCO)360semmoldura|130x130pxAna PrudenteAna Elizabeth Noll PrudentePTCSingoala Costa (PTC)Maria Izabel Moura (PTC)333semmoldura|130x130pxRibamar DantasJosé Ribamar DantasPMNEduardo Zanzini Neto (PMN)Marcelo Albano (PMN)400semmoldura|130x130pxMarcelo Reis LoboMarcelo Gatti Reis LoboPSBMaria Izabel Balboni (PSB)Marcos Saltini (PSB)434semmoldura|130x130pxDomingos FernandesDomingos FernandesPVAna Alice Vieira (PV)Rogério Menezes (PV)561semmoldura|130x130pxMalekRobson MalekPRONABráulio Jesus Borges (PRONA)Ludovico Pregeli Filho (PRONA)700semmoldura|130x130pxPaulo PiasentiPaulo Flávio Affonso PiasentiPTdoBAlfredo Mimessi Júnior (PTdoB)Ubiratan Lopes (PTdoB)
Candidaturas indeferidas Senador (a)SuplentesColigação Partido(s)Ref.Candidato (a)PartidoCargos relevantes270semmoldura|130x130pxRubens PavãoRubens Pereira de Araújo PavãoPSDCEzio Balbino (PSDC)Francisco Sena (PSDC)281semmoldura|130x130pxRaimundo TeixeiraRaimundo Souza TeixeiraPRTBFrancisco Paioli (PRTB)Marco Aurélio Russo (PRTB)310semmoldura|130x130pxDr. CuryConstantino Cury NetoPHSEdson Veneroni (PSL)Silvânia Lamas (PHS)PSL / PHS(PSL e PHS)441semmoldura|130x130pxFélix GilFélix Jodoval Gil FernandesPRPAndré Luiz da Cruz (PRPIsaías Dutra (PRP)
Eleição para o governo estadual Governador eleito thumb|José Serra, governador eleito de São Paulo em 2006.
Nascido na cidade de São Paulo, José Serra fez política desde os seus tempos como aluno da Escola Politécnica da Universidade de São Paulo quando, graças ao arrimo da Ação Popular, elegeu-se presidente da União Nacional dos EstudantesChapa de esquerda sai vencedora nas eleições para presidência da UNE (online). Jornal do Brasil, Rio de Janeiro (RJ), 30/07/1963. Primeiro caderno, p. 03. Página visitada em 3 de novembro de 2017. e nessa condição participou do Comício das Reformas, realizado na Central do Brasil em março de 1964, dias antes da queda de João Goulart e instalação do Regime Militar de 1964. Exilado na França, regressou à América do Sul e obteve o mestrado em Economia pela Universidade do Chile. Em 1973 um golpe de estado instalou uma ditadura militar comandada por Augusto Pinochet e em razão disso Serra foi morar nos Estados Unidos. Doutor em Economia na Universidade de Cornell em 1976, foi professor na Universidade de Princeton por dois anos e ao voltar ao Brasil ministrou aulas na Universidade Estadual de Campinas. Nomeado secretário de Planejamento no governo Franco Montoro, deixou o cargo a tempo de eleger-se deputado federal pelo PMDB em 1986. Subscritor da Constituição de 1988, nesse mesmo ano tomou parte na criação do PSDB e foi candidato a prefeito de São Paulo, mas não se elegeu.Montoro desiste da candidatura; substituto sai na próxima semana (online). Folha de S.Paulo, 19/08/1988. Política, p. A-4. Página visitada em 3 de novembro de 2017.Serra cede e vai disputar a prefeitura (online). Folha de S.Paulo, 01/09/1988. Capa. Página visitada em 3 de novembro de 2017. Renovou o mandato de deputado federal em 1990, votou pelo impeachment de Fernando Collor em 1992 e foi eleito senador em 1994. Nomeado ministro do Planejamento por escolha do presidente Fernando Henrique Cardoso, renunciou para disputar a prefeitura paulistana em 1996, no entanto foi derrotado já em primeiro turno. Em 1998 assumiu o cargo de ministro da Saúde e nele ficou até 2002, quando candidatou-se a presidente da República. Derrotado por Luiz Inácio Lula da Silva em segundo turno, foi escolhido presidente nacional do PSDB no ano seguinte. Mais tarde foi eleito prefeito de São Paulo em 2004. Sua eleição como governador do estado em 2006 foi resultado de uma inédita vitória ainda em primeiro turno e sob o recorde nominal de votos.
Vice-governador eleito thumb|upright|Alberto Goldman, eleito vice-governador em 2006.