RNA-seq (secvențierea ARN, în ), denumită și secvențierea shotgun a unui întreg transcriptom , este o tehnologie care utilizează secvențierea de nouă generație pentru a identifica și cuantifica ARN-ul dintr-un genom la un moment dat.
Introducere
Transcriptomul unei celule este dinamic, se schimbă continuu. Tehnologiile de secvențiere de nouă generație () au permis citirea ADN-ului dintr-o celulă, bază cu bază. Aceste tehnologii permit și citirea ARN-ului dintr-o celulă, fapt care facilitează înțelegerea splicingului alternativ al genelor, înțelegerea modificărilor post-transcripție, fuziunea genelor, polimorfismul uninucleotidic (SNP) și schimbările în exprimarea genetică. În plus față de ARN-ul mesager, tehnologia RNA-Seq identifică și alte tipuri de ARN, cum ar fi microARN (), ARN de transfer () și ARN ribozomal ().
Tehnologia RNA-Seq este utilă pentru determinarea marginilor exon/intron și pentru verificarea capetelor genelor 5’ și 3’.
Cercetarea care se face cu ajutorul tehnologiei RNA-Seq include observarea schimbărilor care au loc într-o celulă în timpul infecțiilor și schimbările din exprimarea genetică în studiul cancerului.
Înainte de modernizarea tehnologiile de secvențiere de nouă generație, studierea exprimării genetice se făcea cu tehnologia microarray.
Metodologie
Referințe
Categorie:ARN