Lista siturilor Natura 2000 din Malta conține toate ariile naturale din această țară incluse în rețeaua europeană Natura 2000.
Imagine Cod Natura 2000 Articol MT0000023 Il-Magħluq tal-Baħar ta´ Marsaskala MT0000024 Rdumijiet ta´ Malta: Ir-Ramla taċ-Ċirkewwa sal-Ponta ta´ Bengħisa MT0000025 L-Għar tal-Iburdan u l-Inħawi tal-Madwar MT0000026 Il-Qortin tal-Magun u l-Qortin il-Kbir MT0000027 Rdumijiet ta´ Għawdex: Ta´ Ċenċ MT0000028 Rdumijiet ta´ Għawdex: Id-Dawra tas-Sanap sa Tal-Ħajt MT0000029 Rdumijiet ta´ Għawdex: Il-Ponta ta´ Ħarrux sal-Bajja tax-Xlendi MT0000030 Rdumijiet ta´ Għawdex: Il-Ponta ta´ San Dimitri sal-Ponta ta´ Ħarrux MT0000031 Rdumijiet ta´ Malta: Ix-Xaqqa sa Wied Moqbol MT0000032 Rdumijiet ta´ Malta: Ras il-Pellegrin sax-Xaqqa MT0000033 Rdumijiet ta´ Malta: Wied Moqbol sal-Ponta ta´ Bengħisa MT0000034 L-Inħawi ta´ Ta´ Ċenċ MT0000035 L-Inħawi ta´ Ħas-Saptan MT0000036 L-Inħawi tal-Wej MT0000037 Wied il-Mielaħ u l-Inħawi tal-Madwar MT0000101 Żona fil-Baħar bejn Rdum Majjiesa u Għar Lapsi MT0000102 Żona fil-Baħar fl-Inħawi ta´ Għar Lapsi u ta´ Filfla MT0000103 Żona fil-Baħar fl-Inħawi tad-Dwejra (Għawdex) MT0000104 Żona fil-Baħar bejn Il-Ponta tal-Ħotba u Tal-Fessej (Għawdex) MT0000105 Żona fil-Baħar bejn Il-Ponta ta´ San Dimitri (Għawdex) u Il-Qaliet MT0000106 Żona fil-Baħar fit-Tramuntana MT0000107 Żona fil-Baħar fil-Grigal MT0000108 Żona fil-Baħar fil-Lvant MT0000109 Żona fil-Baħar fix-Xlokk MT0000110 Żona fil-Baħar fin-Nofsinhar MT0000111 Żona fil-Baħar fil-Lbiċ MT0000112 Żona fil-Baħar madwar Għawdex MT0000113 Żona fil-Baħar fil-Punent MT0000114 Żona fil-Baħar fil-Majjistral MT0000115 Żona fil-Baħar fl-inħawi tal-Graben tat-Tramuntana ta´ Għawdex MT0000116 Żona fil-Baħar fl-inħawi tal-Graben ta´ Medina MT0000117 Żona fil-Baħar fl-inħawi tal-Punent tal-Graben ta´ Malta MT0000118 Żona fil-Baħar fl-inħawi tal-Majjistral tal-Graben ta´ Malta center|128px MT0000016 Filfla u l-Gżejjer ta' Madwarha MT0000001 L-Inħawi ta´ Għajn Barrani MT0000002 L-Inħawi ta´ Pembroke MT0000003 Il-Ballut tal-Wardija MT0000004 Il-Maqluba (limiti tal-Qrendi) MT0000005 L-Inħawi tar-Ramla MT0000006 Is-Simar (limiti ta´ San Pawl il-Baħar) MT0000007 Is-Salini MT0000008 L-Għadira s-Safra u l-Iskoll tal-Għallis MT0000009 L-Inħawi tar-Ramla tat-Torri u tal-Irdum tal-Madonna MT0000010 Ix-Xagħra tal-Kortin MT0000011 Għar Dalam MT0000012 Wied il-Miżieb MT0000013 Iċ-Ċittadella MT0000014 Il-Ballut ta´ Marsaxlokk MT0000015 L-Inħawi tal-Għadira MT0000017 Kemmuna u l-Gżejjer ta´ Madwarha MT0000018 L-Inħawi tal-Buskett u tal-Girgenti MT0000020 L-Inħawi tax-Xlendi u tal-Wied tal-Kantra MT0000021 L-Inħawi tal-Imġiebaħ u tal-Miġnuna MT0000019 L-Inħawi tad-Dwejra u tal-Qawra, inkluż Ħaġret il-Ġeneral MT0000022 Il-Gżejjer ta´ San Pawl (Selmunett)
*