În conformitate cu Acordurile de la Geneva din 14 aprilie 1988, Uniunea Sovietică a efectuat o retragere militară totală din Afganistan între 15 mai 1988 și 15 februarie 1989. Condusă de ofițerul militar sovietic , retragerea Armatei a 40-a în republicile unionale din Asia Centrală a pus capăt în mod oficial Războiului Sovieto-Afgan, după aproape un deceniu de lupte. Aceasta a marcat o evoluție semnificativă în conflictul afgan, servind drept eveniment precursor al Primului Război Civil Afgan.

Mihail Gorbaciov, care a devenit secretar general al Partidului Comunist al Uniunii Sovietice în martie 1985, a început să planifice o dezangajare militară din Afganistan la scurt timp după ce a fost ales de Biroul Politic. Sub conducerea sa, Uniunea Sovietică a încercat să sprijine consolidarea puterii de către Partidul Democrat al Poporului Afgan (PDPA); președintele afgan a fost îndrumat de sovietici către o politică de „Reconciliere Națională”, prin diplomație între guvernul său PDPA și rebelii islamiști mujahedini.

În contextul Războiului Rece, dinamica relațiilor dintre Uniunea Sovietică și Statele Unite a început să arate semne de îmbunătățire, devenind tot mai clar pentru guvernul sovietic că menținerea guvernului lui Najibullah la Kabul nu va produce rezultate suficiente pentru a păstra pe termen lung puterea PDPA. După retragerea sovietică din Afganistan, guvernul lui Gorbaciov a continuat să îl sprijine pe Najibullah pe plan militar și politic împotriva opoziției afgane, însă acest ajutor a fost întrerupt brusc ca urmare a dizolvării Uniunii Sovietice în decembrie 1991. Prăbușirea ulterioară a guvernului lui Najibullah, în aprilie 1992, a declanșat Al Doilea Război Civil Afgan, în care talibanii sprijiniți de Pakistan au ieșit învingători.

Context Înțelegând că situația economică și internațională dificilă a Uniunii Sovietice era agravată de implicarea sa în războiul din Afganistan, Gorbaciov „hotărâse să caute o retragere din Afganistan și obținuse sprijinul Biroului Politic pentru aceasta [până în octombrie 1985]”.Baker, Kevin (2011). Războiul din Afganistan: o scurtă istorie a 80 de războaie și conflicte din Afganistan și Frontiera de Nord-Vest, p. 193. 1839–2011. Kenthurst: Rosenberg Publishing. . Ulterior, el și-a consolidat baza de sprijin la nivelul conducerii sovietice prin extinderea Biroului Politic cu aliații săi.

Pentru a satisface așteptările interne și externe, Gorbaciov a urmărit o retragere care să fie realizată după obținerea unui anumit grad de succes. Pe plan intern, Gorbaciov a fost nevoit să țină cont de complexul militar-industrial, de conducerea militară și de agențiile de informații. (Ulterior, Gorbaciov îi va spune trimisului ONU că impactul „lobby-ului războiului” nu ar trebui supraestimat; Cordovez își amintește că consilierii lui Gorbaciov nu erau unanimi în această privință, dar toți erau de acord că dezacordurile cu Statele Unite, Pakistanul și realitățile de la Kabul au jucat un rol mai important în întârzierea retragerii).

Pe plan extern, Gorbaciov a urmărit să își păstreze prestigiul în ochii aliaților din lumea a treia. Asemenea liderilor sovietici anteriori, el considera că doar o retragere demnă era acceptabilă. Acest lucru impunea crearea unei stabilități în Afganistan, pe care Uniunea Sovietică a încercat să o asigure până la retragerea sa finală din anii 1988–1989. Trei obiective au fost considerate de Gorbaciov drept condiții necesare pentru retragere: stabilitatea internă, limitarea intervenției străine și recunoașterea internațională a guvernului comunist al Republicii Democrate Afganistan.

„Reconcilierea națională” a PDPA stanga|miniatura|353x353px|Soldați sovietici întorcându-se din Afganistan, 18 octombrie 1986, la Kușka, RSS Turkmenă. După moartea lui Leonid Brejnev, voința politică pentru implicarea sovietică în Afganistan a început să se diminueze. Nivelul forțelor sovietice din țară nu era adecvat pentru a obține o victorie militară totală și putea doar să împiedice Republica Democratică Afganistan (RDA) aliată să piardă teren. Uniunea Sovietică a început procesul gradual de retragere din Afganistan prin instalarea lui Muhammed Najibullah Ahmadzai ca secretar general al Partidului Comunist Afgan, persoană pe care sovieticii o considerau capabilă să conducă fără o implicare serioasă din partea Uniunii Sovietice. , predecesorul lui Najibullah, era considerat de conducerea sovietică un obstacol atât pentru retragerea militară, cât și pentru procesul diplomatic.  Deși agențiile militare, diplomatice și de informații sovietice nu au fost unanime în privința numirii sale, Najibullah era văzut ca un lider care putea colabora cu Uniunea Sovietică pentru a găsi o soluție negociată. Reflectând schimbările din interiorul URSS, efortul sovietic din Afganistan a pus „un accent mult mai mare pe pacificare prin câștigarea comandanților rebeli” decât pe transformarea „Afganistanului pe linii marxiste[,] câștigarea populației prin stimulente economice și stabilirea influenței partidului și guvernului în orașe și la sate”.  În ansamblu, politicile urmărite de Uniunea Sovietică și de aliații săi în Afganistan după tranziția de putere de la Babrak la Najibullah au fost denumite Politica de Reconciliere Națională.

Pentru a înfăptui reconcilierea, Uniunea Sovietică a depus un efort serios pentru a ajuta guvernul lui Najibullah să stabilească relații cu facțiunile rebele, a trimis pachete record de ajutor și a promis că „absolut întreaga infrastructură militară va fi predată forțelor armate ale RDA” la retragerea sovietică. Najibullah a obținut un succes considerabil în revitalizarea aparatului de securitate al guvernului și în consolidarea puterii sale în cadrul statului. Aceasta i-a determinat însă pe sovietici să acorde o încredere excesivă lui Najibullah, și nu a atins obiectivul principal: integrarea semnificativă a opoziției în baza de susținere a lui Najibullah. Kalinovsky scrie:Vadim Kirpicenko, șef adjunct al Primei Direcții a KGB, a scris ulterior că succesul lui Najibullah în a stabili un control mai mare asupra Kabulului și asupra unor sectoare ale guvernului i-a făcut să creadă că au găsit o soluție care putea fi replicată în întregul Afganistan: „Încrederea în Najibullah și în fiabilitatea organelor sale de securitate a creat iluzii în rândul conducerii KGB.... Aceste iluzii periculoase, refuzul de a privi adevărul în față, au întârziat retragerea trupelor sovietice cu câțiva ani.”Încercările sovieticilor de a încuraja reconcilierea au fost complicate și de comandanții militari de nivel mediu, atât sovietici, cât și afgani. Conducerea militară și politică a URSS colabora cu guvernul lui Najibullah pentru a crește nivelul de cooperare cu liderii rebeli și tribali, însă „ofițerii sovietici de rang mediu uneori nu reușeau să înțeleagă semnificația politică a operațiunilor lor”, iar armata afgană trebuia convinsă „să înceteze să numească opoziția «o bandă de ucigași», «mercenari ai imperialismului», «zdrobitori de cranii»”.

Cu toate acestea, agențiile sovietice de informații, armată și diplomați au realizat unele progrese în îmbunătățirea relațiilor cu facțiunile rebele. Exemplul clasic este stabilirea unei colaborări prudente cu celebrul comandant rebel și erou național afgan (postum) Ahmad Șah Massoud. Și aici însă, relațiile au fost complicate de realitățile militare de la nivelul mediu și chiar de către Najibullah însuși. Deși conducerea militară sovietică și diplomații fuseseră în contact cu Massoud încă de la începutul anilor 1980, operațiunile militare împotriva trupelor sale, insistența DRA asupra dezarmării sale și scurgerile de informații despre relațiile lui cu sovieticii au zădărnicit progresele către obținerea unui armistițiu formal cu acesta.

În schimb, Najibullah era, aparent, în contact regulat cu lideri rebeli neidentificați „prin anumite canale”, după cum a aflat Cordovez în timpul primei sale întâlniri cu liderul afgan.

Ineficiența și deziluzia sovietică Guvernul RD Afganistan (RDA) și aliații săi sovietici au adoptat în cadrul Politicii de Reconciliere Națională unele reforme politice. În general, aceste reforme pot fi caracterizate drept încercări de a permite facțiunilor rebele să se alinieze guvernului și ordinii de stat din Afganistan prin eliminarea agendei sale marxist-revoluționare. De-a lungul anului 1987, Republica Democratică Afganistan și-a schimbat numele în Republica Afganistan, participarea tuturor partidelor politice la guvernare a fost permisă cu condiția neutilizării violenței între ele, iar identitatea islamică a Afganistanului a fost reafirmată.  Aceste reforme politice au fost întâmpinate cu scepticism atât de liderii rebeli, cât și de membrii PDPA și, în general, s-au dovedit neproductive. Cordovez și Harrison scriu:Politica de „reconciliere națională” a lui Najibullah a mers suficient de departe pentru a antagoniza linia dură din PDPA, dar nu suficient de departe pentru a câștiga sprijinul unor lideri tribali și etnici locali importanți pentru guvernul său.

În interiorul partidului de guvernământ, Politica de Reconciliere Națională a fost criticată de cei care credeau că aceasta va duce la pierderea puterii PDPA asupra țării, în timp ce adversarii PDPA și ai Uniunii Sovietice au respins aceste eforturi ca fiind simple acțiuni de propagandă. Îngreunată de ritmul lent al implementării deciziilor politice de la nivel înalt pe teren și realizând că Politica de Reconciliere Națională, de una singură, nu va conduce la un rezultat favorabil, conducerea sovietică a început să caute modalități alternative de a crea gradul necesar de stabilitate în Afganistan pentru ca retragerea să fie permisă.

Începând cu începutul anului 1987, încrederea sovieticilor în Politica de Reconciliere Națională, în forma în care fusese ea concepută inițial, a început să se clatine. Dacă anterior supremația PDPA la conducere și statutul lui Najibullah ca lider al partidului erau de necontestat pentru conducerea sovietică, acum „consensul emergent în Biroul Politic era că PDPA va fi doar una dintre forțele politice aflate la putere după plecarea trupelor sovietice. Chiar și Vladimir Kriucikov și Andrei Gromîko au fost de acord că reconcilierea va însemna acceptarea faptului că PDPA își va pierde poziția conducătoare”. Într-o întâlnire personală din , Gorbaciov a încercat din nou să îi sublinieze lui Najibullah necesitatea includerii liderilor opoziției în guvernul afgan, însă acest demers, ca și cele anterioare, a fost slăbit de convorbirile bilaterale ale lui Najibullah cu Eduard Șevardnadze și Kriucikov. Najibullah a păstrat un control ferm asupra Kabulului și asupra aparatului guvernamental, în pofida disensiunilor interne din PDPA, dar nu a reușit să integreze opoziția în guvern într-un mod semnificativ, limitându-se în schimb la acordarea unor „funcții relativ lipsite de putere unor personalități proeminente din afara PDPA, care până atunci nici nu sprijiniseră, nici nu se opuseseră guvernului”.

Implicarea Pakistanului și a Statelor Unite în Afganistan