Colecția Muzeală a Mitropoliei Moldovei a fost constituită conform legislației de astăzi la începutul anilor 1900, de când se păstrează primele inventare ale acesteia. Prezentarea oficială a colecției a avut loc în anul 1930, în prezența Familiei Regale, în Palatul Mitropolitan.
Din anul 2016, odată cu înființarea Muzeului Mitropolitan Iași, colecția muzeală a fost cuprinsă în noua instituție, inventariată conform legislației actuale și pusă în valoare prin numeroase expoziții temporare.