Древнейшая часть Иерусалима была заселена в 4-м тысячелетии до н. э., что делает его одним из древнейших городов мира. За свою долгую историю, Иерусалим был как минимум дважды разрушен, 23 раза осаждён, 52 раза атакован и 44 раза завоёван либо вновь отвоёван. Согласно примечанию Эрика Х. Клайна в «Иерусалим осаждённый».. В разное время городом владели Израильское царство, Иудейское царство, Вавилон, Персидская империя и империя Александра Македонского, Египет Птолемеев, Сирия Селевкидов. После еврейского восстания во II веке до н. э. на некоторое время было восстановлено Иудейское Царство, но уже в 6 году н. э. на месте него была провозглашена римская провинция Иудея. Вслед за распадом Римской империи, Иерусалим отошёл к Византии. После Византии город принадлежал арабским халифатам, крестоносцам, государствам Айюбидов и мамлюков, Османской и затем Британской империям, Иордании и, наконец, Израилю.

Учитывая центральное место, отводимое Иерусалиму как еврейским (сионизм), так и палестинским национализмом, на избирательность, неизбежную при резюмировании многотысячелетней истории его населённости, часто накладывается идеологическая предвзятость или предшествующий опыт авторов. Еврейские периоды истории города важны для израильских националистов, дискурс которых опирается на тот факт, что современные евреи происходят от израэлитов и маккавеев.На протяжении 3000 лет Иерусалим являлся центром еврейской надежды и стремлений. Никакой другой город не сыграл столь доминирующей роли в истории, политике, культуре, религии, национальной жизни и сознании народа, какую сыграл Иерусалим в жизни еврейства и в иудаизме. На протяжении столетий изгнания Иерусалим продолжал жить в сердцах евреев повсюду, как средоточие еврейской истории, символ древней славы, духовного самовыражения и современного обновления. Это сердце и душа еврейского народа, и пробуждает оно ту мысль, что если вам нужно одно простое слово, которое символизировало бы всю еврейскую историю, то это слово будет: ‘Иерусалим.’|author=Тедди Колек |date=1990 |title=Jerusalem |series=Policy Papers |volume=22 |location=Washington, DC |publisher=Washington Institute For Near East Policy |isbn=9780944029077 |pages=19–20}}, в то время как исламский, христианский и другие нееврейские периоды его истории важны для палестинского национализма, дискурс которого производит современных палестинцев от всех разнообразных народов, населявших регион«На протяжении истории огромное разнообразие народов переселилось в регион и сделало Палестину своей родиной: Ханаанеи, иевусеи, филистимляне с Крита, анатолийские и лидийские греки, евреи, амореи, эдомитяне, набатеи, арамеи, римляне, арабы и европейские крестоносцы — если упомянуть лишь некоторых. Каждый из них присваивал различные регионы, сосуществовавшие во времени и конкурировавшие за власть и землю. Другие — как, например, древние египтяне, хетты, персы, вавилоняне и монголы, были историческими 'эпизодами' — их последовательно происходившие завоевания были такими же опустошительными, как крупные землетрясения … Подобно метеоритам, различные культуры сияют в течение краткого момента времени, прежде чем угаснуть в официальных исторических и культурных хрониках Палестины. Народ, однако, продолжает жить. В виде обычаев и укладов, останки этих античных цивилизаций дожили до современности — хотя и современности, камуфлированной покровом ислама и арабской культуры.» Али Клейбо, палестинский антрополог«(Относительно палестинцев в оттоманские времена) Хотя и гордящиеся своим арабским наследием и предками, палестинцы считали себя потомками не только арабских завоевателей седьмого века, но также коренных народов, населявших страну с незапамятных времён, включая античных евреев, а до них — ханаанеев. Осознавая во всей остроте уникальность палестинской истории, палестинцы видели себя наследниками ассоциировавшихся с ней богатых культур.» Валид Халиди, 1984, Before Their Diaspora: A Photographic History of the Palestinians, 1876—1948. Institute for Palestine Studies. В результате каждая из сторон утверждает, что история города была политизирована оппонентами, дабы подкрепить притязания последних на город, и что это подтверждается разностью акцентов, придаваемых различными авторами разнообразным событиям и эрам в истории города.

Древний период

Прото-ханаанский период

История Иерусалима начинается в протогородском периоде. Археологические исследования города начались в 1864 году и продолжаются до настоящего времени. Археологические свидетельства указывают на то, что первое поселение на юго-восточной окраине современного Иерусалима было основано возле источника Гихон (в Городе Давида, на восточном склоне Храмовой горы), уже в Медном веке, — между 4500 и 3500 годами до н. э., — и доказывают наличие постоянного поселения в период раннего Бронзового века (ок. 3000—2800 до н. э.)Killebrew Ann E. "Biblical Jerusalem: An Archaeologiref name="mfa-40th">cal Assessment" in Andrew G. Vaughn and Ann E. Killebrew, eds., «Jerusalem in Bible and Archaeology: The First Temple Period» (SBL Symposium Series 18; Atlanta: Society of Biblical Literature, 2003). Некоторые археологи, включая Кэтлин Кеньон, считают, что Иерусалим был основан северо-западносемитским народом, а организованные поселения начали появляться примерно с 2600 года до н. э.; первое из них располагалось на горе ОфельJerome Murphy-O’Connor, Keys to Jerusalem: Collected Essays, Oxford University Press, 2012 p.4.. Надав Нааман настаивает, что его укрепление, как центра царства, датируется около XVII века до н. э.Nadav Naʼaman, Canaan in the 2nd Millennium B.C.E., p.180.

Возможно упоминание названия Шалем в документах Эблы (Сирия) (2300 год до н. э.), однако оно ставится рядом исследователей под сомнение Biblical Archaeology Review. Самым ранним упоминанием Иерусалима могут быть на египетских статуэтках Среднего царства Египта (XII египетская династия, ок. 2000 года до н. э.), содержащие проклятия враждебным городам, в которых он обозначен под названием rwš3lmm, что в разных вариантах транскрибируется, как Рушалимум/УрушалимумNadav Na’aman, op.cit pp.178-179.Slavik, Diane. 2001. Cities through Time: Daily Life in Ancient and Modern Jerusalem. Geneva, Illinois: Runestone Press, p. 60. ISBN 978-0-8225-3218-7Mazar, Benjamin. 1975. The Mountain of the Lord. Garden City, New York: Doubleday & Company, Inc., p. 45. ISBN 0-385-04843-2. Этот город широко (но не единогласно) отождествляется с Иерусалимом Nadav Na’aman, Canaan in the 2nd Millennium B.C.E., Eisenbrauns, 2005 pp.177ff. высказывает иное мнение, отстаивая транскрипцию Рош-рамен, этимологически происходящую от р’ш (голова) и рмм (быть превозносимым) — что должно означать 'благородная голова', и не имеет отношения к Иерусалиму.G. Johannes Botterweck, Helmer Ringgren (eds.) Theological Dictionary of the Old Testament, (tr. David E. Green) William B. Eerdmann, Grand Rapids Michigan, Cambridge, UK 1990, Vol. VI, p. 348.

Арамейский апокриф Книги Бытия из свитков Мёртвого моря (1QapGen 22:13), равно как и большинство еврейских комментаторов, отождествляет Иерусалим с прежним «Салемом» (שלם), о котором в сказано, что он был царством Мелхиседека. Это имя означает «мой царь Цедек»; считается, что цедек здесь относится либо к ханаанскому божеству Сидику, либо к слову праведный.

Другие ранние ивритские источникинапр., Юбилеи 1:30, Иеремия 48:5 в версии Септуагинты (как Συχὲμ) и, возможно, масоретский текст Бытия 33:18 (см. Библия короля Якова и заметки на полях перевода переработанной версии)., ранние христианские версии стиханапр., версии Вульгата и Пешитта. J.A. Emerton, "The site of Salem: the City of Melchizedek (Genesis xiv 18), " pp. 45-72 of Studies in the Pentateuch ed. by J.A. Emerton, vol. 41 of Supplements to Vetus Testamentum (Leiden: E.J. Brill, 1990) («Emerton»), p. 45. См. также Иоанн 3:23, где о «Салиме» или «Силеме» (Συχὲμ) говорится, что он расположен возле Аэнона, предположительно находящегося в долине горы Эбаль, одной из двух гор в окрестностях Наблуса. и таргумимОнкелос, псевдо-Ионатан и Неофити I. Emerton, p. 45., однако помещают Салем в Северном Израиле возле Шехема (или Сихема) — ныне Наблус — города, наделённого некоторой значимостью в ранних ивритских священных писанияхБытие 12:6—7 (где Аврам построил алтарь), Бытие 33:18—20, Второзаконие 11:29 и 28:11, Иошуа 8:33, 1 Цари 12. Emerton, p. 63. Возможно, редактор апокрифа Книги Бытия желал разрушить ассоциацию Мелхиседека с регионом Шехема, который в то время находился под властью самаритянPaul Winter, "Note on Salem — Jerusalem, " Novum Testamentum, vol. 2, pp. 151-52 (1957).. Сколь бы вероятным это ни было, поздние раввинические источники также отождествляют Салем с Иерусалимом, главным образом для того, чтобы связать Мелхиседека с более поздними традициями Храма.

Согласно одной еврейской традиции, о которой сообщает Мидраш, Иерусалим был основан предками Авраама Шемом и Эвером.

Период Ханаана и Нового Царства египетского Археологические свидетельства указывают на то, что к XVII веку до н. э. ханаанеи построили массивные стены (4-х и 5-тонные валуны, 8 метров в высоту) с восточной стороны Иерусалима, чтобы защитить свою систему водоснабжения.

В раскопках около Доминус Флевит (капелла «Плач Господень») отцами францисканцами были обнаружены изделия из керамики и фаянса, относящиеся к XVI веку до н. э., а также украшения в виде жука-скарабея из Египта Тель-Амарнского периода.

В конце Бронзового века (ок. 1550—1400 до н. э.), после того как при Яхмосе I и Тутмосе I египетское Новое царство вновь объединило Египет и распространилось в Левант, Иерусалим стал вассалом Египта. Он был столицей египетского вассального города-государстваJane M. Cahill, ‘Jerusalem at the time of the United Monarchy’, in Andrew G. Vaughn, Ann E. Killebrew (eds.)Jerusalem in Bible and Archaeology: The First Temple Period, Society of Biblical Literature, 2003p.33., скромным поселением с маленьким египетским гарнизоном, управлявшим несколькими близлежащими сёлами и пасторальными территориями. Правили городом назначенцы, такие как Абди-ХебаIsrael Finkelshtein, Neil Asher Silberman,The Bible Unearthed: Archaeology’s New Vision of Ancient Israel and the Origin of Sacred Texts, Simon and Schuster 2002 p.239.Donald B. Redford, Egypt, Canaan, and Israel in Ancient Times, Princeton University Press, 1992 pp.268,270.. В письмах Амарны (1330-е годы до н. э.) содержится дипломатическая переписка между Абди-Хебой и его сюзереном Аменхотепом III, в которой Иерусалим называется Урушалим; |день=1 |месяц=8 |год=2003}}.

Во времена Сети I и Рамсеса II, по мере роста процветания, осуществлялось крупное строительствоJerome Murphy-O’Connor, Keys to Jerusalem: Collected Essays, Oxford University Press, 2012 pp.5-6..

Мощь египтян в регионе начала уменьшаться в XII веке до н. э., в период катастрофы Бронзового века. Моментом, отметившим начало этого спада, была битва в Джахи (Джахи — египетское название Ханаана) в 1178 году до н. э. между Рамсесом III и Народами моря. Постепенный упадок центральной власти привёл к росту в регионе независимых царств.

Библейский период Согласно Пятикнижию, Иерусалим в этот период был известен под названием Шалем или Иевус, и был столицей независимого ханаанского (доеврейского) населения Иудеи того времени, именовавшегося иевусеями. Под названием Сион (Цион), значение которого неизвестно (возможно, цитадель или укреплённый холм), в Библииср. ; первоначально подразумевалась крепость иевуситского города. Однако до прихода евреев царями Иерусалима были амореи ().