От известных нам первых поселений славян в IX веке до настоящего времени Прага развивалась, постоянно увеличиваясь в размерах, объединяя соседние поселения и деревни. Прага была стольным городом Чешского княжества до конца XII века, в XIV, XV, XVI и XVII веках была столицей Священной Римской империи, а с 1918 года стала постоянной столицей нового Чехословацкого государства (с 1993 года только Чехии).
Существует легенда, что появление города связано с княгиней Либуше. Она вышла на скальный берег и предрекла, что на этом месте будет великий город (около Вышеграда).
Несмотря на то, что на территории современного города всегда были поселения, первые сведения о славянах относятся к IX веку, с этого периода и отсчитывается история Праги. Тогда на левом берегу Влтавы на утёсе появилась крепость (Пражский Град) и первая христианская церковь. Вскоре примерно в 950 году на правом берегу немного выше по течению была основана другая крепость — Вышеград и Собор Петра и Павла. В X веке Прага уже была центром государства Пржемысловичей, на правом берегу уже существовало поселение — Старе-Место. В средневековые времена городом могло считаться только поселение, имевшее крепостные стены . Они сформировались только в XIII веке. В 1172 году Влтаву пересёк первый каменный Юдитин мост.
Укреплённое Старе-Место основал Вацлав I в первой половине XIII века, которое стало первым пражским «городом». Сын Вацлава Пржемысл Отакар II под Пражским Градом тоже основал новый «город», впоследствии названный «Пражский малый град» (в XIX веке «Мала-Страна»). В 60-х годах XIV века Карл IV отодвинул стены южнее (см. Голодная стена).
При Карле IV Люксембургском облик Праги сильно изменился. По соседству с Вышеградом император основал четвёртый «город» в составе Праги — «Нове-Место». Неизвестно, кто точно являлся архитектором, возможно, Матьё Аррасский, возможно, частично сам Карл, но были спроектированы широкие проспекты и большие площади по масштабам Европы (например, Карлова площадь), которые не вызвали впоследствии проблем, как многие узкие улицы европейских городов. Чтобы Прага достойно выглядела в сравнении с Парижем и Римом, император решил построить кафедральный собор — Собор Святого Вита в Пражском Граде, которому подарил коллекцию реликвий и ценностей. В 1357 году было начато строительство нового каменного Карлова моста, сохранившегося до наших дней. Карл основал архиепископство, а в 1348 году первый к северу от Альп университет. Прага занимала площадь 10 км2 и насчитывала 50 тыс. жителей.
XV век ознаменовался выступлениями Яна Гуса (боролся за письменность и церковные песни на чешском языке, за права чехов в университете), развитием реформаторских настроений и началом Гуситских войн. Чешские города становились центрами реформации, против них Сигизмунд Люксембургский направил 5 крестовых походов. Чехи выиграли, но из-за внутренних раздоров борьба гуситов потерпела поражение, а Прага и далее осталась во владении Габсбургов. Во время сражений этого времени, часто братоубийственных, пришёл в упадок Вышеград, храм Марии Снежной не был достроен.
В конце XV века в Прагу был приглашён инженер и архитектор Бенедикт Рид. В Королевском дворце он завершил прославленный Владиславский зал, образец поздней готики с витиеватым сводчатым потолком. Просторность зала и большие квадратные окна говорят о влиянии ренессансаVlček, Pavel, and České vysoké učení technické v Praze. Fakulta architektury. Dějiny Architektury Renesance a Baroka Vyd. 1. Praha: Česká technika — nakladatelství ČVUT, 2006. К залу вела лестница, доступная для всадников, потому что там проводились турниры. К этому периоду относится появление Пороховой башни, часто изображаемой как символ Праги.
Во время приезда Максимилиана II в Италию из Испании чешская знать своими глазами увидела архитектуру Возрождения. Вельможи начали приглашать в свои загородные резиденции зодчих из итальянских городов. Фердинанд I повелел возвести рядом с Градом Летний дворец королевы Анны (Бельведер) с воздушными галереями, основал сад. Из-за пожаров в Градчанах и Мала-Стране архитектурный стиль проник и в фасады домов. В 1555 году Фердинанд Тирольский воздвиг Летний дворец Звезда, в котором воплощена геометрическая правильность шестиконечной звезды.
В 1583 году Рудольф II перенёс свою резиденцию и столицу Священной Римской империи снова в Прагу. Император покровительствовал наукам и искусствам, основал кунсткамеру и собрал коллекцию редкостей. Рудольф сыграл большую роль в ренессансной перестройке Праги и особенно Града. К этому периоды относится выражение «золотая Прага».
В 1618 году произошло восстание против немецкой власти, несколько наместников были выброшены из окна. В начавшейся Тридцатилетней войне важным событием стала Битва на Белой горе 1620 года, где чехи проиграли и остались зависимыми от германских правителей на следующие 300 лет, последовал упадок языка и германизация, Прага стала провинциальным городом. В конце Тридцатилетней войны город атаковали шведы. В ходе битвы под Прагой они захватили западную часть города, но старый город гарнизон и горожане удержали.
Основная идеологическая направленность носила антиреформаторский и античешский характер, несмотря на это под сильным влиянием иезуитов архитектурное и художественное наследие сильно обогатило Прагу.
Объединить пражские «города» в один пытался Людвиг Янгеллонский. Однако получилось это только у Йозефа II в 1784 году.
В XIX веке город стал резко расширяться, активно шла индустриализация. Большое влияние на развитие города оказали железные дороги. Появился Смиховский вокзал и многие другие. Как и в других городах Европы, в Праге ликвидировались средневековые крепостные стены, а на их месте прокладывались широкие проспекты, например Национальный проспект.
На конце XIX века пришёлся расцвет романтизма, чешские архитекторы соревновались за создание общественных зданий. В это время появились Национальный театр, Рудольфинум и другие.
На протяжении XX века исторический центр города сохранился крайне хорошо, не сильно пострадав даже во время Второй мировой войны. Находясь в Восточной Европе, город не пережил автомобильного бума 50-х годов. Предпочтение было отдано общественному транспорту, в первую очередь трамвайному. В то же время, не так популярен стал велосипед. Благодаря эффективно работающему транспорту исторический центр города хорошо сохранился до XXI векаMacháček J, Ferris J. The European City in the Nineteenth Century: Papers Presented at March 1993 Symposium in Prague. Prague: Trevor Top; 1995..
Первые поселения Ок. 4000 до н. э. — первая известная неолитическая стоянка на территории нынешней Праги.
Ок. 550—520 до н. э. — в урочище Завист, к югу от нынешней Праги, возникает одно из крупнейших в Европе укреплённых городище (оппидум) кельтского племени бойев, по имени которых названа земля (Богемия = Boiohemum, «земля бойев»).
Ок. нач. н. э. — на территорию Богемии проникают германские племена, в частности маркоманы под предводительством вождя Маробода (иначе Марабод, Марбут; первая исторически доказанная личность на территории нынешней Чехии).
Ок. 600 — первое славянское городище на территории Праги (в районе Велеславин, к западу от Града).
VII—IX вв. — крутая возвышенность у излучины Влтавы становится традиционным местом выбора первых племенных чешских князей.
Первая половина IX века — в источнике «Баварский географ» упоминается земля славянского племени Fraganeo (предположительно искажённое «Прага»).
Появление Пражского Града Нач. IX в. — построены первые деревянные укрепления и оборонительный ров. Начало существования пражского Града.
В это время князь Борживой I признал власть Великой Моравии над территорией Праги. Примерно в 883 или 884 году Борживой крестился, в пражских землях возникло недовольство, и он вынужден был покинуть земли. Князь смог вернуться только вместе с моравским войском, в знак восстановления своей власти он официально утвердил своей резиденцией Пражский Град и повелел построить первую христианскую церковь, освящённую в честь Девы Марии (по другим источникам переезд в Пражский Град был осуществлён позже, только при Спытигнева I). В 926 году в Граде была возведена ротонда — предшественница Собора Святого Вита.
Ок. 950 — на другом берегу выше по течению на скале над Влтавой была основана крепость Вышеград.
965 — еврейский (по другим данным — арабский) купец и путешественник Ибрагим бен Якуб описывает Прагу как «город из камня и известняка, самое богатое торжище, славное конями, железом и оловом, в котором проживает мирно великое множество евреев».
973 — Прага становится резиденцией епископа.
993 — в Бржевнове основан первый в чешских землях мужской монастырь ордена бенедиктинцев.
1003 — король Польши Болеслав I Храбрый захватывает Прагу.
1067 — князь Вратислав II переносит резиденцию на Вышеград.
1070 — на Вышеграде основан капитул.
1085 — Прага становится столицей Чешского королевства.
1135 — начало перестройки Града в романском стиле (Vladimír Kupka).
1140 — после смерти Собеслава I резиденция чешских князей вновь возвращается в Пражский Град.
1142 — основан Страговский монастырь, ныне памятник чешской письменности (библиотека с собранием уникальных средневековых рукописей, манускриптов и первопечатных текстов).
1172 — вместо деревянного моста, существовавшего с начала X в. и сносимого рекой в 929, 1118 и 1157 годах, король Владислав II строит каменный мост (второй в Центральной Европе после Регенсбурга), названный в часть Юдиты (Juditin most), супруги короля (находился чуть ниже по течению, чем Карлов мост; уничтожен наводнением в 1342 году).
1230 — вокруг Старе-Места возводятся каменные укрепления с башнями и рвом (Vladimír Kupka).
1232 — Старе-Место получает статус королевского города. Население города составляет примерно 4000 человек.
1257 — король Пржемысл II Отакар даровал городские права поселению немецких колонистов под Градом, которое получило название «Младший город пражский», или Малый (Minor по латыни) в отличие от Старого, или Большого (Major) и известно в дальнейшем как Мала-Страна. Евреи, ранее населявшие эту местность, насильно переселены к северу от Старе-Места.
1270 — построена Староновая синагога, самое старое сохранившееся культовое место иудеев в Европе за пределами Пиренейского полуострова.
1318 — совет горожан Старе-Места утверждает Устав цеха портных, первый в чешских землях.
1320 — поселения к западу от Града получают статус подданного города под названием Градчани.
1338 — построена здание Староместская ратуша.
1344 — пражское епископство повышается до архиепископства. В ознаменование этого события Карл Люксембург, будущий король Чехии, начинает строительство готического собора Св. Вита в пражском Граде (будет завершено только в 20 гг. XX в.), одного из крупнейших в тогдашней Европе.
1347 — папа Климент VI издаёт буллу об основании в пражском Старе-Месте университета. В следующем году король Карл IV подтверждает это решение и освобождает университет от светской власти.
1348 — Карл IV издаёт указ об основании «Нового города пражского» («Nove Mesto»), самого крупного из исторических кварталов. Чешские земли, включая Прагу, опустошены эпидемией чумы.
1350 — Нове-Место от Тешнова до Вышеграда обнесено крепостной стеной протяжённостью 3,5 км (Vladimír Kupka).
1355 — Прага становится столицей Священной Римской империи.
9 июля 1357 — ровно в 5 часов 31 минуту Карл IV заложил краеугольный камень нового моста через Влтаву. Время было выбрано не случайно: речь идёт о «магическом» ряде нечётных цифр — в восходящем порядке год (1-3-5-7), число (9), а затем в нисходящем месяц (7), часы (5) и минуты (3-1), то есть, именно так, как императору рекомендовали придворные астрологи. Своё нынешнее название Карлов Мост получил только в 1870 году.