Во время Второй мировой войны изменилась официальная политика в отношении конфессий. Религиозные организации в СССР получили возможность продолжать свою деятельность, но на очень жёстких условиях. Впрочем до 1944 года мусульманское духовенство СССР (особенно среднеазиатское) особой активности не проявляло. Это было связано с тем, что мусульманское духовенство к 1941 году было крайне ослаблено репрессиями. Формально Постановление 1929 года не было отменено или изменено в годы войны. Однако в военный период были приняты нормативно-правовые акты, которые фактически сняли части ограничений с религиозных организаций — в частности, предоставили им некоторые права юридических лиц. Кроме того, советские власти в период войны фактически разрешили (а иногда даже способствовали) тому, что религиозные организации занялись прямо запрещённой Постановлением 1929 года благотворительностью в форме сбора средств и вещей в поддержку действующей армии, а также нуждающихся категорий населения (например, семей фронтовиков, беспризорных детей). Кроме того, в отношении мусульманских служителей (как и духовных лиц других конфессий) в годы войны был ослаблен налоговый пресс.
Война привела к тому, что временно практически прекратилась антиисламская (как и антирелигиозная) пропаганда в СССР. Это было связано во многом с материальными трудностями советской власти — из-за нехватки бумаги прекратился в 1941—1942 годах выпуск значительной части периодических изданий. Тиражи, периодичность выхода и объём имевшихся изданий были сокращены. Сокращённые тиражи тоже выпускать было не на чём. В 1942 году требовалось для нужд СССР 6,5 тонн газетной бумаги в месяц, но в среднем производили только 4,1 тонны газетной бумаги в месяцБеркхоф К. Газеты и радио советского тыла // Советский тыл 1941—1945: повседневная жизнь в годы войны. — М.: Политическая энциклопедия, 2019. — С. 282..
Впервые более, чем за 10 лет были разрешены (и организованы под контролем советских властей) хадж и шиитские паломничества к иранским святым местам. Конечно, количество паломников было единичным и было ориентировано прежде всего на пропаганду за рубежом, что в СССР имеется свобода вероисповедания.
Мусульманские религиозные организации с осени 1941 года поддержали советскую власть, встав на «патриотическую» позицию. Первыми в поддержку Советской власти выступили мусульманские лидеры Поволжья и Казахстана — местностей, которые ещё до 1917 года были наиболее лояльны российской власти. Именно в этих местностях было собрано мусульманами наибольшее количество средств в помощь Красной Армии. Мусульманские лидеры других советских местностей, прежде всего Средней Азии, поддержали советскую власть только с 1943 года и особенно с 1944 года. Их помощь была меньшей.
Фактор оккупации не сыграл для советских мусульман существенной роли, хотя немцы в период оккупации в пропагандистских целях поощряли открытие мечетей и деятельность мусульманского духовенства. Это было связано с тремя причинами. Во-первых, оккупации подверглась лишь незначительная часть мусульманских территорий СССР. Во-вторых, оккупация в мусульманских территориях (кроме Крыма) была очень короткой — несколько месяцев 1942 года. В-третьих, значительная часть мусульманских народов, переживших оккупацию, была уже в 1944 году депортирована с мест своего проживания, а их мечети были закрыты. Так, в Крыму за время оккупации для крымских татар открылись более 50 мечетей. После того, как в 1944 году крымские татары были высланы в Среднюю Азию, и вплоть до 1988 года в Крыму не было ни одной зарегистрированной мусульманской общины.
Мечети, расположенные на территориях, откуда мусульманское население массово не депортировалось (например, в Кабардинской АССРТакова А. Н. Реалии религиозной «оттепели» в Кабардинской АССР (1944—1954 гг.) // Исторические, философские, политические и юридические науки, культурология и искусствоведение. Вопросы теории и практики. — 2014. — № 12-2 (50). — С. 189.) были после освобождения зарегистрированы советскими органами.
Сотрудничество мусульман и духовенства с оккупантами в период Великой Отечественной войны имело место. В немецком плену в 1941—1942 годах оказалось много советских военнослужащих, среди которых были представители мусульманских народов. Небольшая часть из них пошла на службу к гитлеровцам, в том числе влилась в сформированные ими боевые соединения. Эти части были сформированы не по религиозному признаку, но в них появились должности военных мулл. Соединения из советских мусульман принимали участие в боевых действиях как против партизан, так и против Красной Армии. Боеспособность мусульманских коллаборационистских соединений была крайне низкой, особенно это характерно для татарских частей. В коллаборационистских частях, сформированных из татар и других народов Поволжья, было распространено дезертирство, были случаи убийства немецких офицеров.
Япония в годы войны не придавала особого значения использованию мусульман для борьбы против советской власти, хотя на контролируемых японцами территориях Китая существовала мусульманская белая эмиграция. Начальник второго разведывательного отдела штаба Квантунской армии полковник Асада Сабура показал 2 декабря 1946 годаЮнусова А. Б. Японская военная разведка и мусульманская эмиграция на Дальнем Востоке накануне и в годы Второй мировой войны // Археография Южного Урала. подвиг народов России в Великой Отечественной войне. Материалы V Межрегиональной научно-практической конференции, посвящённой 60-летию Победы в Великой Отечественной войне. — УФА: ЦЭИ УНЦ РАН, 2005. — С. 175—176.:
Ислам на неоккупированных территориях СССР 22 июня 1941 года фактически прекратился выпуск в СССР антирелигиозной литературы. Впрочем атеистическая пропаганда по-прежнему велась некоторое время. Например, на территории занятого советско-английскими войсками в начале войны Ирана, советские органы вели атеистическую пропаганду.
Мусульманское духовенство по примеру руководства Русской православной церкви уже в 1941 году призвало верующих поддержать Советскую власть в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками. Первым к верующим обратились духовные лидеры мусульман Поволжья. 2 сентября 1941 года председатель Центрального духовного управления мусульман Г. З. Расулев написал обращение «Ко всем приходам мусульман», в котором со ссылками на Коран и хадисы призвал мусульман на фронте и в тылу не жалеть сил в борьбе против захватчиков.
15-17 мая 1942 года в Уфе собрался Меджилис-Гулями (расширенное совещание исламских руководителей), который принял воззвание к мусульманами. В нём верующим разъяснялось, что победа над фашизмом спасёт весь мир (в том числе мусульманскую цивилизацию) от разрушения. НКВД СССР принял меры по распространению этого воззвания среди мусульман. К концу сентября вышло по 4,5 тыс. экземпляров воззвания на татарском и казахском языках, 3 тыс. экземпляров на узбекском языке и по 2 тыс. экземпляров на таджикском, туркменском и киргизском языках.
В Средней Азии мусульманское духовенство с началом войны активизировалось, но советскую власть первое время не поддерживало. Советский писатель Пётр Скосырев находился в Ташкенте и описал сложившуюся там ситуациюКрасовицкая Т. Ю., Водопьянова З. К. «Наша пропаганда в Средней Азии большой политический вопрос оставила в тени». Документы РГАЛИ о недостатках советской пропаганды в среднеазиатских республиках СССР // Вестник архивиста. — 2016. — № 3. — С. 143.: Недели две тому назад в старом городе появилось большое количество каландаров. Они ходят по всем махаллям и, останавливаясь у ворот каждого дома, начинают петь мистические стихи. Человек шесть пришлых издалека каландаров поселились в ямах около мазара «Олам Вардор». Один из них, распевая мистические стихи и пророчествуя, собрал, по словам одного моего собеседника, в течение дня до 30 тысяч рублей. Многие женщины бросали ему по тридцатке. С другим, я заговорил по-таджикски, и на мой вопрос, откуда он пришёл, каландар ответил: «Из Таджикистана». Есть другие показатели роста мистических настроений: в махалле Каттабаг в молениях во время Ураза-хаита участвовало около 15 тысяч человек. То же можно было наблюдать в других махаллях. Целый ряд ишанов, например, крупнейший ишан Бобохан, стали устраивать молчаливые зикры. Активность духовенства явно направлена против нас. Когда одного муллу в Маргелане просили сделать обрезание ребёнку, он ответил: «сейчас я боюсь, подождите немного, придут немцы, тогда я сделаю»
С конца 1942 года о поддержке советской власти заявляет среднеазиатское мусульманское духовенство. В конце декабря 1942 года И. Бабаханов, вокруг которого группировались мусульманские авторитеты Средней Азии и Казахстана, обратился к Г. З. Расулеву с просьбой выяснить отношение советских властей к предстоящему созданию Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана. Вслед за этим мусульманские духовные лидеры Средней Азии объявили на митинге в Ташкенте 31 января 1943 года газават фашистам.
За воззваниями начался сбор средств мусульманскими лидерами в пользу Красной Армии. Начали его мусульмане Поволжья. 3 марта 1943 года в «Известиях» была опубликована телеграмма Г. З. Расулева о том, что он пожертвовал на строительство танковой колонны 50 тыс. рублей личных средств и призывает единоверцев также делать пожертвования. Телеграмму сопровождала личная благодарность И. В. Сталина. В дальнейшем мусульмане Поволжья и Казахстана лидировали по суммам собранных пожертвований среди единоверцев. Например, за 1944 — I квартал 1945 года мусульмане Татарской АССР сдали в Фонд Красной армии и в помощь населению Орловской области. Мусульмане Казахской ССР за I квартал 1945 года сдали рублей и много продуктов.
В Средней Азии мусульманское духовенство провело небольшой сбор пожертвований на нужды обороны. Лидерам были мусульмане Казахстана. К 5 октября 1943 года в Фонд обороны мусульмане Казахской ССР передали 397 тыс. рублей и 1090 центнеров зерна, а также некоторое количество скота и домашней птицы. Помощь от более многочисленной мусульманской общины Узбекской ССР оказалась намного меньшей. К 5 октября 1943 года мусульмане Узбекской ССР передали в Фонд обороны только 100 тысяч рублей. Всего же за годы войны Духовное управление мусульман Средней Азии и Казахстана собрало 1280 тыс. рублей.
Пожертвования сдавали также мусульмане Северного Кавказа. Мусульмане Кабардинской АССР за I квартал 1945 года сдали 80 тысяч рублей в Фонд Красной Армии.
20 октября 1943 года на съезде мусульман Средней Азии и Казахстана в Ташкенте было принято патриотическое обращение к мусульманам СССР. Кроме того, созданное Духовное управление мусульман Средней Азии и Казахстана (САДУМ) организовало сбор средств на танковую колонну. Сбор средств на боевую технику в мусульманских местностях дал отличные результаты. В Узбекской ССР собрали 365 млн рублей, в Туркменской ССР — 243 млн рублей, в Казахской ССР — 470 млн рублей.
После создания САДУМ Советская власть пошла на ряд послаблений для мусульманского духовенства — были выпущены из мест заключения некоторые муллы, разрешён сбор закята. Было разрешено выпустить фетву об обязательности закята в размере 200 рублей, если мусульманин «имеет сверх потребности, богатство на каждого 16 000 руб.». Власти оказывали содействие муллам во взимании с верующих религиозных сборов — размещали работником мусульманских структур в помещениях исполкомов, выдавали сборщикам командировочные удостоверения. Началось открытие мечетей. Мусульманское духовенство (как и служители других конфессий) было освобождено от мобилизации в армию. Конечно, это освобождение на практике мало что значило — большинство служителей были пожилыми людьми. Кроме того, постановление об освобождении от мобилизации служителей культов вышло 26 февраля 1945 годаАхмадуллин В. А. Патриотическая деятельность духовных управлений мусульман в годы Великой Отечественной войны. — М.: Исламская книга, 2015. — С. 36. — то есть за два месяца до завершения боевых действий. Но моральное значение этого решения было велико.