Омикрон-вариант SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2 Omicron, SARS-CoV-2 B.1.1.529) — вариант коронавируса SARS-CoV-2, впервые идентифицированный в Ботсване и ЮАР в ноябре 2021 года, отличающийся большим числом мутаций в пепломерах.
При заражении омикрон-вариантом, согласно данным Всемирной организации здравоохранения, заболевание протекает легче или так же, как при заражении дельта-вариантом. Однако быстрое распространение нового варианта может привести к высокой нагрузке на систему здравоохранения, а вызванный им общий риск ВОЗ оценивает как «очень высокий». Может заражать переболевших и вакцинированных.
По данным на конец декабря 2021, быстро вытеснял дельта-вариант в тех странах, где начал распространение. Обнаружен более чем в 100 странах мира .
В России, по информации на 7 июня 2022 года, на омикрон приходилось 98,29 % от выявленных в стране случаев заболевания COVID-19, на дельта-вариант — 0,43 %, на прочие варианты — 1,28 %Роспотребнадзор сообщил, что на «омикрон» приходится 98,29 % выявляемых в РФ случаев ковида // ТАСС, 07.06.2022. .
Особенности Штамм SARS-CoV-2 B.1.1.529 является потомком (представителем линии поколений) B.1.1.
Он характеризуется большим количеством мутаций в спайковом (шиповидном) белке, их более 30: A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K і L981F, а также мутацией ORF1b:T2163I, ранее известной по дельта-субварианту AY, широко распространённому в Европе.
Омикрон-штамм имеет много уникальных особенностей. Часть его мутаций похожа на мутации дельта- и бета-штаммов, однако, по данным на конец ноября 2021 года, ранее не были выявлены штаммы с промежуточными мутациями, которые обычно происходят при эволюции «дикого» вируса. Отсутствие промежуточных мутаций вируса в популяции необычно и оказалось неожиданным для вирусологов.
Существуют три основные гипотезы, объясняющие появление нового штамма:
Предки омикрон-штамма просто оставались незамеченными в популяции, где за новым коронавирусом плохо наблюдали и редко секвенировали его геном (речь идёт не о Южно-Африканской Республике, которая прилагала много усилий для секвенирования геномов коронавируса). Хотя некоторые специалисты отвергают эту версию как маловероятную, потому что сложно представить себе территорию, в пределах которой вирус будет долгое время эволюционировать, оставаясь вне поля зрения учёных и не вырываясь за её пределы, всё же исключать такую возможность нельзя из-за недостаточно тщательного сбора и анализа геномов нового коронавируса во многих странах. Вирус эволюционировал в пациенте с нарушенной работой иммунной системы. Иммунная система людей с иммуносупрессией, вызванной определённым заболеванием или методом лечения, неспособна быстро подавить вирус, в результате чего он успевает мутировать и приобретает способность ускользать от иммунного ответа; в итоге иммунной системе приходится адаптироваться к новому варианту вируса — эта борьба может длиться долгие месяцы, хотя у большинства заражённых она занимает несколько дней. Исследования показали, что новый коронавирус, эволюционируя на протяжении нескольких месяцев в телах людей, страдающих от ВИЧ и рака, приобрёл ряд мутаций, наблюдавшихся в штаммах коронавируса, вызывающих беспокойство. В то же время один из вирусологов, опрошенных журналом Science, отверг эту гипотезу, так как, по его мнению, мутации, позволяющие вирусу успешнее выживать в одном заражённом человеке, сильно отличаются от мутаций, позволяющих ускоренно передаваться между людьми. Вирус перешёл от человека к животному и обратно. В то время, как в базу данных EpiCoV было загружено 6 миллионов генетических последовательностей нового коронавируса, зафиксированных у человека, в ней доступно всего 1500 генетических последовательностей нового коронавируса, зафиксированных у животных. Это «слепое пятно» и может скрывать ключ к разгадке происхождения омикрон-штамма. В одном исследовании были изучены мутации в спайковом белке омикрон-штамма, и выяснилось, что часть из них наблюдалась у коронавирусов, обнаруженных у мышей, и улучшала способность спайкового белка связываться с мышиным белком-рецептором ACE2.
Симптоматика Согласно данным, полученным по результатам поездки российских специалистов в ЮАР, симптомы заражения омикрон-штаммом напоминают грипп.
Тяжесть течения заболевания и смертность
По состоянию на 24 декабря 2021 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) оценивала тяжесть течения заболевания при омикрон-штамме как более низкую или такую же, как при дельта-штамме. 28 декабря 2021 года глава Роспотребнадзора Анна Попова, опираясь на данные, полученные в ЮАР, заявила, что тяжелое течение заболевания при заражении новым штаммом наблюдается лишь у непривитых лиц и тех, кто отягощён сопутствующими заболеваниями — тяжёлой формой диабета и тяжёлой формой онкологических заболеванийПопова: коронавирус демонстрирует сезонность и продолжит мутировать // ТАСС, 28.12.2021..
Бельгийский вирусолог Марк Ван Ранст на основании доступных к концу декабря 2021 года данных заявил, что молодые люди не страдают или страдают в меньшей степени от нового штамма, но его воздействие на пожилых всё ещё предстоит изучить.
В конце декабря 2021 года стали известны оценки, которые опубликовало , согласно которым зараженные омикрон-штаммом на 50—70 % реже обращаются в больницу по сравнению с теми, кто инфицирован дельта-штаммом, однако исследователи из Имперского колледжа Лондона получили меньшие оценки, согласно которым этот риск снижается лишь на 15—20 %.
Согласно данным, полученным в ЮАР Национальным институтом инфекционных заболеваний в ЮАР и Университетом Претории, смертность от омикрон-штамма в сравнении с предыдущими волнами COVID-19 снизилась на 75 %. Данные получены путём наблюдения за пациентами больницы в городском округе Цване (провинция Гаутенг): среди поступивших с этим штаммом умерло 4,5 % заболевших, а прежде доля летальных исходов составляла 21,3 %. Помимо того, заражённых омикрон-штаммом быстрее выписывали из больницы: в среднем уже через четыре дня после госпитализации, а пневмония развивалась лишь у трети пациентовУченые из ЮАР раскрыли данные по смертности от омикрон-штамма // РБК, 30.12.2021..
С другой стороны, ранним оценкам вирулентности омикрон-штамма свойственны существенные методологические недостатки. Следует отделять реальное снижение вирулентности вируса от эффекта предшествующего иммунитета: омикрон-штамм лучше уходит от иммунного ответа, из-за чего им чаще заражаются привитые и переболевшие, которые легче переносят заражение этим штаммом. Хотя исследователи стараются учесть повторные заражения и наличие вакцинации, большая доля случаев повторного заражения всё равно может оставаться незамеченной. Так, авторы раннего исследования из Южной Африки, показавшего сокращение риска госпитализации после заражения омикроном на 80 % по сравнению с риском после заражения дельта-штаммом, признали, что неполные данные о вакцинации и большое число незамеченных повторных заражений не позволяют полностью учесть эффект предшествующего иммунитета. Авторы британского анализа от UKHSA также признали, что их корректировки не могут полностью учесть влияние повторных заражений из-за их недоучёта. Данные из Дании, страны с масштабной системой тестирования населения и малой долей необнаруженных случаев заболевания COVID-19, показали сокращение риска госпитализации из-за омикрон-штамма на 36 % по сравнению с риском госпитализации из-за дельта-штамма.
Скорее всего, как приобретённый иммунитет, так и сниженная сама по себе вирулентность омикрона объясняют сниженный риск госпитализации у заражённых омикроном. Сниженная тяжесть течения болезни при заражении омикроном также наблюдалась у лабораторных животных, кроме того, исследование показало, что омикрон хуже размножался в лёгких человека, чем оригинальный штамм SARS-CoV-2.
Скорость распространения Согласно ВОЗ, новый штамм распространяется быстрее, чем предыдущие. О значительно большей скорости распространения говорят и данные российских специалистов. Это может объясняться высокой скоростью размножения вируса в бронхах и эпителии носа и его способностью обходить иммунитет.
Быстрое распространение омикрон-штамма и увеличение числа заболевшихВероника Кулакова.«Пока вирусу есть где развиваться, он будет продолжать мутировать» // Известия, 18.01.2022. ведёт к росту нагрузки на систему здравоохранения и риску её перегрузки, а снижение доли тяжёлых форм на фоне растущего числа заражённых фактически приводит к тому, что абсолютное число тяжёлых больных не снижается или даже растётИрина Тумакова. «Омикрон — это последняя сильная вспышка коронавируса». О шансах умереть от нового штамма или «вакцинироваться» болезнью — молекулярный биолог Ольга Матвеева // Новая газета, 19.01.2022.. Так, в ряде стран, например, США, Израиле и Дании, волна заражений омикроном уже вызвала рекордное число госпитализаций.
Заболеваемость среди детей и молодёжи Дети заражаются омикрон-штаммом чаще, чем в предыдущие волны заболеваемости, и чаще нуждаются в интенсивной терапии; чаще болеет и молодёжь.
Обнаружение и распространение + Число стран с выявленными случаями заражения ДатаЧисло стран 30 ноября 2021 года <center>около 20 2 декабря 2021 года <center>32 12 декабря 2021 года <center>63 24 декабря 2021 года <center>110
Впервые омикрон-штамм идентифицирован 9 ноября 2021 года в Ботсване и, несколькими днями позже, в ЮАР. 11 ноября штамм SARS-CoV-2 B.1.1.529 впервые был внесён в базы данных. Затем несколько случаев выявили в ЮАР.
Первый случай заражения новым штаммом в Европе был зафиксирован в Бельгии у путешественника, который 11 ноября вернулся из Египта; первые симптомы проявились 22 ноября.
К 26 ноября 2021 года B.1.1.529 был обнаружен и в таких странах, как Израиль, Великобритания, Нидерланды, Гонконг, а года власти Чехии и Германии объявили, что новым штаммом, вероятно, заражены их граждане, вернувшиеся из Египта и ЮАР).
На 2 декабря 2021 года было зарегистрировано 514 случаев заражения в 32 странах, из них 227 в ЮАР.
По данным на конец декабря 2021 года, в тех странах, где он начал распространяться, новый штамм быстро вытесняет дельта-штамм (в частности, так происходит в Дании, Норвегии, Великобритании и США)Эксперт сообщил, что новый штамм «омикрон» начинает очень быстро вытеснять «дельту» // ТАСС, 26.12.2021., но в России этот процесс пока не наблюдаетсяАнастасия Селиванова. Попова предсказала вытеснение «дельта»-штамма «омикроном» // Российская газета, 28.12.2021.. Ранее, в конце ноября 2021 года, Всемирная организация здравоохранения заявила, что считает вероятным дальнейшее распространение нового штамма коронавируса по всему миру.
Австралия В конце декабря 2021 года в Австралии был зафиксирован первый случай смерти от заражения омикрон-штаммом.
Бельгия По информации на 28 декабря 2021 года, на омикрон-штамм приходится 60 % заражений в Бельгии. Несмотря на то, что местные специалисты рассматривают новый штамм как менее опасный, они считают важной бустерную дозу вакцины (ревакцинацию).
Болгария 3 января 2022 года стало известно о том, что в Болгарии выявили первые 12 случаев заражения омикрон-штаммом, который был обнаружен у 9 мужчин и 3 женщин, проживающих в Софии (11 человек) и её пригороде (1 человек). Среди них 5 человек полностью вакцинировались против COVID-19 девять месяцев назад препаратами компаний Pfizer, Moderna и Johnson&Johnson, однако никто из них не проходил ревакцинацию. Лишь один человек среди инфицированных в последнее время бывал за границей. В стационарном лечении никто из заболевших не нуждаетсяВ Болгарии выявили первые 12 случаев заражения «омикроном» // РБК, 03.01.2021..
Великобритания На 2 декабря 2021 года в Великобритании было зарегистрировано 75 случаев заражения омикрон-штаммом.