Доколониальный период По данным радиоуглеродного анализа Острова Кука из Южной группы первоначально были заселены полинезийцами не позднее 500 года нашей эры Малаховский К.В. История островов Кука. Москва, изд-во "Наука", 1978, стр. 7.. Согласно данным сравнительной лингвистики острова Южной группы были заселены с островов Общества, которые в свою очередь были заселены с Маркизских островов. При этом разделение прамаркизского и пратаитянского языков произошло около 900 года нашей эры. Острова Северной группы (кроме Пукапука, заселённого вероятно с Самоа) были заселены или с островов Южной группы, или непосредственно с островов Общества Беликов В.И. Происхождение и миграции полинезийцев (по лингвистическим данным). В сборнике статей: Пути развития Австралии и Океании: история, экономика, этнография. Москва, изд-во "Наука", 1981, стр. 243-254..
Согласно устным преданиям жителей островов Кука и народа маори Новая Зеландия была заселена примерно в 1000 году н.э. с острова Раротонга и других островов Тихого океана. Вполне вероятно, что Раротонга был промежуточным пунктом полинезийцев, плывших на каноэ в сторону Новой Зеландии. Самая легендарная миграция с острова состоялась в 1350 году, когда семь каноэ отплыло из бухты Авана на Раротонга в сторону Новой Зеландии.
Колониальный период Изучение островов Период европейского исследования островов Кука начался в 1595 году, когда испанский мореплаватель Альваро де Менданья открыл остров Пукапука. Позднее, в 1606 году другой испанский путешественник родом из Португалии, Педро Фернандес Кирос, открыл остров Ракаханга. В 1765 году мимо острова Пукапука проплывало британское судно под командованием Джона Байрона, который назвал атолл островом Дейнджер.
В 1773—1775 годах на многих островах Южной группы побывал английский мореплаватель Джеймс Кук, который назвал архипелаг острова Херви (Hervey Islands). Своё современное название острова получили только в XIX веке, когда русский путешественник Крузенштерн назвал архипелаг острова Кука.
В 1789 году на острове Аитутаки побывал капитан судна «Баунти» Уильям Блай. Остров Раротонга впервые был открыт европейцами только в 1813 году.
Миссионерская деятельность Первый миссионер Лондонского миссионерского общества на островах Кука, Джон Уильямс, высадился на острове Аитутаки в 1821 году. Обратив часть арики (вождей островов) в христианство, новая религия со временем распространилась на все острова Южной группы, а на самих островах Кука наступил долгожданный мир (до этого жители островов архипелага постоянно воевали друг с другом). Миссионерам также принадлежала заслуга в прекращении на архипелаге практики каннибализма, они способствовали распространению грамотности среди местного населения.
Однако появление на островах Кука чужеземцев привело и к печальным последствиям: на острова были занесены заболевания, против которых у островитян не было иммунитета. В результате численность местного населения сократилась до менее 2000 человек против около 6000 человек во время появления на островах миссионеров.
Аннексия островов Британией В середине XIX века Франция и Великобритания проводили активную политику захвата островов в Тихом океане, в частности, в 1843 году Франция аннексировала остров Таити и острова Общества. Активная колониальная политика этого государства вызывала большие опасения как со стороны миссионеров на Островах Кука, так и со стороны новозеландских торговцев.
Впервые идею о возможности установления британского протектората над островом Раротонга высказал в 1848 году Преподобный Аарон Буцакотт (), главный миссионер Лондонского миссионерского общества на острове. По его мнению, установление французского владычества над большинством южнотихоокеанских островов, в том числе над островом Раротонга, после аннексии Таити и прилегающих островов было всего лишь делом времени. Это способствовало бы, в свою очередь, не только падению роли в регионе протестантского Лондонского миссионерского общества (а Франция была католической страной), но и привело бы к исчезновению рычага управления у миссионеров, которые к этому времени стали реальной политической властью на островах. Однако арики Раротонги первоначально не видели реальной угрозы со стороны Франции, и идея форсированного установления британского протектората не нашла поддержку среди них.
В 1850-х годах Лондонское миссионерское общество переживало очень трудные времена, так как с каждым годом становилось всё труднее финансировать свои миссии на тихоокеанских островах. В 1859 году на остров Раротонга прибыл немецкий миссионер Преподобный Е.Р. Краузе, который взял на себя руководство единственной европейской миссии на острове в поселении Такамоа, в котором находился главный теологический колледж островов Кука.
Когда Краузе прибыл на Раротонгу, на острове жил всего лишь один европеец — француз. Однако со временем, в ходе налаживания торговых связей с другими островами Тихого океана, на Раротонге стали появляться всё чаще торговцы с других островов, в основном из Новой Зеландии. Новозеландцы, заинтересованные в увеличении товарооборота, возродили идею установления британского протектората и считали, что остров Раротонга должен быть аннексирован Новой Зеландией, которая на тот момент была колонией Британской империи. Установление же французского владычества сильно ущемило бы торговые права новозеландцев. Именно с целью защиты своих коммерческих интересов они выступали против французского влияния на острове Раротонга.
Для того, чтобы подтолкнуть арики островов Кука к принятию решения о британском протекторате, торговцы из города Окленд, у которых были свои торговые представительства на Раротонге, в 1863 году снарядили шхуну «Виктория». Главным переговорщиком с местными вождями был один из арики Новой Зеландии Паора Тухаэре. В ходе обсуждения вопроса некоторых вождей удалось уговорить, и уже спустя некоторое время часть арики направила прошения губернатору Грею в город Веллингтон об установлении британского протектората, а затем ассоциации с Новой Зеландией. Губернатор поддержал эту идею и послал Министерству колоний петицию об осуществлении необходимых мер. Тем не менее, британское правительство отклонила возможность установления протектората над островов Раротонга как в первый, так и во второй в 1865 году.
Идея установления ассоциации с Новой Зеландией не была особо популярной среди как арики островов Херви, так и местного населения. Причиной тому были опасения кукцев по поводу контроля их земель новозеландцами, что, в свою очередь, способствовало бы притоку европейцев на Раротонгу и отчуждению земли у коренного населения.
Аннексия островов Херви Новой Зеландией, которая на тот момент была самоуправляющейся колонией Британии, была невозможна, так как у неё не было легитимных прав на захват Раротонги или любого другого острова в Тихом океане, поэтому все колониальные веяния Новой Зеландии упирались в благосклонность Британии, которая на тот момент считала аннексию островов Херви экономически нецелесообразной.
В 1869 году место Преподобного Краузе на острове Раротонга занял Преподобный Джеймс Чалмерс (), которого мало интересовала аннексия островов и который был больше обеспокоен негативным европейским влиянием (это касалось распространения алкоголя и появления множество винных погребков).
В 1870 году на остров Раротонга прибыл Дж. Т. Эрандел, крупный торговец того времени в регионе. В обмен на помощь раротонгских миссионеров он покрывал расходы на содержание протестантских миссий на островах Херви. В этом же году на Раротонгу из Англии прибыл коммерсант Гудмэн. Так как его отец был патроном Лондонского миссионерского общества Гудмэн очень быстро нашёл общий язык с местными миссионерами. В 1872 году, заручившись поддержкой Преподобного Чалмераса и нескольких торговцев, Гудмэн ходатайствовал перед Министерством иностранных дел Британии о назначении его на пост британского вице-консула на Островах Херви. Однако какого-либо ответа не последовало, так как в тот момент Британию опять больше интересовали Фиджи, Новые Гебриды, Тонга и Соломоновы острова.
В 1873 году премьер-министром Новой Зеландии стал Джулиус Вогел. В период его премьерства особое внимание уделялось укреплению торговых связей с островами, так как существование «коммерческих возможностей» на островах Херви могло бы убедить Великобританию в получении выгоды после их аннексии. Практически сразу же после занятия поста Вогел обратился к Министерству иностранных дел Британии о необходимости создания Великобританией «Полинезийской Федерации», которая включала бы в себя значительную часть островов в южнотихоокеанском регионе, в том числе, и Острова Херви. Однако министерство отклонило этот проект, и уже в следующем году Британия аннексировала Фиджи.
Нежелание Британии аннексировать острова Херви объяснялось несколькими причинами. Прежде всего, одна из ведущих держав мира на тот момент вела выборную политику по отношению к новым колониям. Захватывались только те территории, которые имели стратегическое расположение, или захват которых был экономически выгоден для метрополии (то есть могли бы использоваться в качестве сырьевых придатков). А крошечные острова в Тихом океане были на последнем месте после таких территорий, как Египет, Индия, Восточная Африка. К тому же, содержание громоздкого колониального аппарата на отдалённых островах обходился очень дорого.
В июне 1885 года впервые было налажено пароходное сообщение между Новой Зеландией и островом Раротонга, а также Тонга, Самоа и Таити.
Британский период В 1881 году на острова Херви был отправлен первый неоплачиваемый британский консул. А уже в 1888 году после просьбы некоторых вождей о британском покровительстве вице-консул на Раротонга объявил о британском протекторате над Южной группой. Впоследствии в начале 1890-х годов протекторат распространился на часть островов Северной группы (министерство Британии по делам колоний решило, что они сыграют значительную роль в будущем строительстве транстихоокеанской кабельной станции).
В октябре 1885 года британское министерство приняло предложение Новой Зеландии, которая на тот момент была самоуправляющейся британской колонией, об оплате ею работы британского консула на острове Раротонга, но при условии, что этот консул будет назначаться новозеландским правительством и будет официальным агентом Новой Зеландии. Консул выполнял функции советчика островных вождей в вопросах составления законопроектов, подписывал все акты местного законодательства от имени губернатора Новой Зеландии, а также мог отклонить законопроект.
В 1890 году был сформирован генеральный совет, первое правительство островов. В следующем году арики Раротонги и других островов Южной группы согласились сформировать первую федеральную легислатуру на островах. Была официально введена британская валюта. Однако многих местных вождей не устраивало то, что фактически управление островами переходило в руки Новой Зеландии, а не Британии (арики же хотели непосредственного вхождения Островов Кука в состав Британской империи).
В официальном прошении верховного арики от 6 сентября 1900 года были оговорены условия, при которых было возможно вхождение Островов Кука в состав Британской империи: Роспуск федерального парламента и созыв совета арики, возглавляемого Макеа Арики. Вступление в силу новозеландских закон только с одобрения совета. Одновременная аннексия островов Северной группы. Острова должны быть присоединены к Британии и объединены на федеральных началах с Новой Зеландией.
Новозеландский период Однако уже 27 сентября 1900 года новозеландский парламент одобрил аннексию островов Кука, и в следующем месяце на Раротонга прибыл губернатор Новой Зеландии. Без всякого обсуждения верховный арики и другие лидеры островов подписали акт о цессии, предполагавший расширение границ Новой Зеландии за счёт островов Кука.
11 июня 1901 года Острова Кука вошли в состав Новой Зеландии.