В период правления короля Якова I (1603—1625) продолжался подъём пуританского движения в Англии, начавшийся во время правления Елизаветы (1558—1603), и продолжались столкновения с властями англиканской церкви. В конечном итоге это привело к ещё более глубокому отчуждению англикан и пуритан друг от друга в XVII в. во время правления Карла I (1625-49), что и вылилось в Гражданскую войну в Англии (1642-51), краткое правление пуританского лорда-протектора Оливера Кромвеля (1653—1658), образование Английской Республики (1649-60) а также в набор политических, религиозных и гражданских свобод.
Король Яков вырос и был воспитан в Шотландии под влиянием строгих наставников, шотландских кальвинистов, таких как Джордж Бьюкенен, стремившихся привить ему приверженность протестантству в Шотландии. Когда он стал королём Англии и Шотландии, Яков стремился удерживать англиканскую церковь под единоличным монархическим правлением и под властью епископата, ранее установленной при Елизавете. Король Яков был твёрдо убеждён в божественном праве королей и даже сочинил целую книгу на эту тему. С этой же целью он продолжал подавлять многие важные стороны пуританского движения, в том числе различные пуританские конгрегационалистские и пресвитерианские взгляды на церковное управление. Однако король знал, что пуритане необходимы ему для укрепления протестантского положения в Англии, а также и для всестороннего процветания и успеха нации. С этой целью король Яков поддерживал и значительно продвигал ряд пуританских пасторов, учёных и дворян, как это делала и королева Елизавета, если те были готовы сотрудничать с англиканской верхушкой под руководством епископов. По этой причине пуританское движение продолжало потрясающе расти и шириться по всей Англии во времена правления короля Якова. Безусловно, пуританское движение в Англии значительно усилилось благодаря преемству трёх архиепископов Кентерберийских, служивших при короле Якове. Архиепископ Джон Уитгифт (1583—1604), назначенный королевой Елизаветой, стремился подавить пуританское движение. Архиепископ Ричард Бэнкрофт (1604—1610), главный попечитель создания Библии короля Иакова, также стремился подавить пуританское реформаторское движение, однако был вынужден всё больше полагаться на них из-за католической угрозы. Архиепископ Джордж Эббот (1611—1633) на самом деле нередко поддерживал пуритан и их планы реформ, продвигая их на высокие церковные и академические должности. По этой причине аббата иногда называли «пуританским архиепископом» (the Puritan Archbishop).
Одним из величайших совместных достижений пуритан и англикан во время правления короля Якова был перевод Библии короля Якова (1611 г.); вероятно, это было одним из величайших исторических, литературных и богословских достижений западного мира. Также именно во время правления короля Якова пуритане и англикане вместе работали на Дордрехтском Синоде (1618—1619), международной конференции реформатских богословов, разработавшей Дордрехтские каноны в защиту Пяти пунктов кальвинизма, опровергая ересь арминианства. Более того, именно во время правления короля Якова движение пилигримов в реформированных церквях отделилось от англиканской церкви и начало свою деятельность в Америке, получив название Плимутской колонии (1620 г.) под руководством Уильяма Брэдфорда и Уильяма Брюстера. Эти великие достижения пуританского движения в Англии при короле Якове показывают, насколько широким было влияние пуританства в то время, а также каково было их приспособление к королевской власти. Некоторые стремились работать в высших чинах, например, Уильям Перкинс, магистр Эммануил-колледжа; тогда как другие оставили англиканскую церковь и отправились в другое место, например Уильям Эймс, проведший большую часть жизни в Голландии.
Английское пуританское движение, начавшееся в царствование Елизаветы и набравшее силу и влияние в Англии во времена правления короля Якова, стремилось продолжить работу по реформированию англиканской церкви, искоренить влияние римского католицизма в стране, а также продвигать национальные интересы английской короны и английского народа в рамках единообразного протестантского вероисповедания, которое бы строго соответствовало Библии и реформатскому богословию. Это пуританское мировоззрение, зародившееся в елизаветинскую эпоху, в конечном итоге и привело к Вестминстерской ассамблее и Вестминстерским стандартам, включая Вестминстерское исповедание веры, Малый катехизис и Больший катехизис, а также Справочник по общественному богослужению.
При Якове I в Англии пуританское движение сосуществовало с англиканской церковью в форме епископальной протестантской религии. Этот баланс был нарушен к концу периода правления Якова из-за ряда событий: в доктринальном плане это был Дордрехтский синод, в политическом — споры об испанской партии вскоре после начала Тридцатилетней войны, а во внутрицерковном плане это был частичный сдвиг мировоззрения в сторону от кальвинизма. Сепаратисты, никогда не принимавшие урегулирование религиозных вопросов королём Яковом, начали мигрировать в колонии Новой Англии из Нидерландов, а также из Англии.
Петиция Тысячи (1603 г.) и конференция в Хэмптон-Корте (1604 г.) Елизавета I умерла в марте 1603 года; ей наследовал Яков VI Шотландской, ставший королём Шотландии после отречения его матери, Марии Стюарт, в 1567 году (когда Якову был всего год). Яков мало общался с матерью и воспитывался опекунами в пресвитерианской церкви Шотландии. Джон Нокс возглавил шотландскую Реформацию, начавшуюся в 1560 году, и шотландская церковь в целом выглядела церковью, которую пуритане хотели видеть в Англии. В своей книге 1599 года Basilikon Doron король резко высказался в адрес пуритан, однако его критика, казалось, была направлена на самых крайних из пуритан, и виделось вероятным, что король согласится на умеренные реформы.
На протяжении 1603 году пуританские священнослужители собирали подписи под петицией под названием Петиции Тысячи, потому что её подписали 1000 пуританских священнослужителей. Петиция была осторожной, чтобы не оспаривать королевскую супрематию в англиканской церкви, но она призывала к ряду церковных реформ для устранения церемоний, воспринимаемых как слишком папские: Петиция Тысячи была представлена Якову в Лестере, чтобы он не смог обсуждать условия с англиканскими епископами.
Петиция содержала следующие пункты:
Запрет использования крестного знамения при крещении (что пуритане считали суеверием); Ритуал миропомазания (который пуритане критиковали за то, что он отсутствует в Библии); Проведение крещения младенцев акушерками (которое, как утверждали пуритане, основывается на суеверии, что младенцы, умершие без крещения, не смогут попасть в рай); Обмен кольцами во время церемонии бракосочетания (тоже считалось небиблейским и суеверным); Церемониальное поклонение при назывании Имени Иисусова во время богослужения (считалось суеверием); Требование для духовенства носить стихарь, поскольку это не упоминалось в Библии; Обычай священнослужителей проживать в церковном здании.
В Петиции утверждалось, что в каждый приход должен быть назначен служитель-проповедник (вместо того, кто просто читал службу из Книги общей молитвы). В противовес политике архиепископа Джона Уитгифта, согласно которой духовенство должно было обязаться использовать Книгу общей молитвы и использовать облачения, в этой петиции утверждалось, что от служителей следует требовать лишь подписания под Тридцатью девятью статьями вероисповедания и согласия на королевскую супрематию. Наконец, Петиция призывала к прекращению епископата и установлению пресвитерианской системы церковного управления.
Яков I, изучавший богословие и любивший обсуждать богословские вопросы, согласился провести конференцию во дворце Хэмптон-Корт, где сторонники и противники Петиции Тысячи могли обсудить достоинства церковных реформ. Конференция в Хэмптон-Корте, отложенная из-за вспышки чумы, состоялась в январе 1604 года. Король выбрал 4 пуритан для представления пуританских предложений: Джона Рейнолдса (президента Колледжа Корпус-Кристи в Оксфорде), Лоренса Чедертона (магистра Эммануил-колледжа в Кембридже), Томаса Спарка и Джона Нойстаба. Архиепископ Уитгифт возглавил делегацию из 8 епископов (включая протеже Уитгифта, Ричарда Бэнкрофта, епископа Лондона), 7 деканов и двух других священнослужителей, выступавших против пуритан.
На первом заседании конференции, состоявшемся 14 января, Яков встретился только с партией архиепископа Уитгифта. На второй день, 16 января, он встретился с пуританами — этот день конференции закончился для пуритан плохо, когда Рейнолдс упомянул пуританское предложение о создании пресвитерий в Англии. Яков считал предложение заменить епископов пресвитериями попыткой уменьшения его власти в церкви. Яков произнёс свои знаменитые слова «Нет епископа, нет короля!» (No bishop, no king!) именно по этому поводу, а затем досрочно закончил собрание. 18 января король сначала встретился с партией Уитгифта и собранием специалистов по каноническому праву, а затем вызвал пуритан для вынесения вердикта. Яков заявил, что использование Книги общей молитвы необходимо продолжать, и он не предусмотрел никаких условий для проповеднического служения. Однако он одобрил ряд изменений в Книге общих молитв: 1) упоминание о крещении повивальными бабками должно было быть исключено; 2) термин «абсолюция» (который пуритане связывали с католическим таинством исповеди, отвергнутым протестантами) заменён на термином «отпущение грехов» (remission of sins); 3) конфирмация была переименована в «возложение рук» (laying on hands), для различения от католического сакраментального значения; и 4) ряд других незначительных изменений. Яков также объявил о согласии поддерживать пуританский проект нового перевода Библии, тем самым подготовив почву для создания Библии короля Иакова, опубликованной в 1611 году.
Ричард Бэнкрофт, архиепископ Кентерберийский, 1604—1610 гг После смерти Джона Уитгифта Яков выбрал Ричарда Бэнкрофта для замены на посту архиепископа Кентерберийского. Бэнкрофт выступал против пуритан на конференции в Хэмптон-Корте, и его избрание означало конец реформам. Вскоре после избрания Бэнкрофт представил книгу канонов собранию английского духовенства; эти каноны получили королевское одобрение и стали частью канонического права англиканской церкви. Английский парламент, который в 1559 г. принял Акт о единообразии, лицензировавший Книгу общих молитв, утверждал, что именно парламент, а не созыв (Convocation), является органом, уполномоченным принимать новый канонический закон. Пуритане утверждали, что епископы пытаются возвеличить себя за счёт парламента. В конце концов Яков удовлетворил требование парламента и отозвал книгу канонов. Парламент 1604 г. знаменовал первый случай, когда пуритане объединились с парламентом, а не против епископов. В течение следующих десятилетий этот союз станет одной из наиболее ярко выраженных черт английской политики и сделается основой разногласий во время Гражданской войны в Англии в 1640е гг.
Раскрытие Порохового заговора привело к периоду особенно яростного антикатолицизма. Поскольку пуритане были ястребами против католиков, в этот период они особенно прославились. Тем не менее, их предложения по реформе были успешно заблокированы Бэнкрофтом.
Джордж Эббот, архиепископ Кентерберийский, 1611—1633 гг
После смерти архиепископа Бэнкрофта в 1610 г. Яков выбрал своим преемником Джорджа Эббота. Яков вернул епископов (уволенных во время шотландской Реформации) в Шотландскую церковь, хотя и наделив их меньшей властью, чем епископов в других местах, и по существу выполнял роль постоянного председателя пресвитерии. В 1608 г. аббат произвел на Якова впечатление после того, как он сопровождал Джорджа Хоума, 1-го графа Данбара, в Шотландию в его кампании по объединению английской и шотландской церквей, а в 1609 г. Яков назначил аббата епископом Личфилда. Яков намеревался назначить аббата архиепископом Кентерберийским для продвижения его проекта по объединению двух церквей, Англии и Шотландии.