История отношений Александрийского и Московского патриархатов восходит к началу XVI века. В течение последующих полутора столетий Александрийский патриархат поддерживал тесные связи с Москвой, получал из России значительные пожертвования пушниной, деньгами и церковной утварью. По мнению ряда историков, без этой поддержки бедная и малочисленная Александрийская церковь не могла бы выжить в мусульманском окружении. Отношения фактически прервались во второй половине XVIII века, но возобновились в 1834 году. 21 мая 1855 года при храме святителя Николая в Подкопаевском переулке в Москве было устроено подворье Александрийского патриархата. В середине 1930-х годов в условиях ожесточённых антирелигиозных гонений международные связи Московского Патриархата практически полностью прервались, а подворье было закрыто. Однако в 1940-е годы отношения возобновились. В октябре 1956 года при Троицком храме Одессы было отрыто подворье Александрийского патриархата. На 1970-е — первую половину 1990-х годов пришёлся пик развития взаимоотношений Русской и Александрийской поместных церквей. 24 апреля 1999 года Патриархи Алексий II и Петр VII открыли подворье АПЦ в Москве при храме Всех святых на Кулишках. Из-за признания в 2019 года патриархом Александрийским Феодором II ПЦУ молитвенное и евхаристическое общение с ним Русской Церковью было прервано, а подворье упразднено. 22 ноября 2022 года Александрийский патриархат также разорвал евхаристическое общение c Московским Патриархатом.
XVI—XVII века Начало османской эпохи стало временем активизации внешнеполитических контактов греческих православных Церквей, в том числе с русскими землями. Российское государство выступало покровителем православного Востока и оказывало значительную денежную помощь единоверцам на Балканах и в Палестине. Синайские монахи впервые обратились в Москву за милостыней уже в 1517 году. Патриарх Иоаким I отправил первое послание в Россию великому князю Василию III предположительно во второй половине 1520-х годов. Патриаршая грамота была дана синайским старцам, отправлявшимся за милостыней. Патриарх Иоаким I писал о нужде и бедствиях ближневосточных христиан, просил о помощи синаитам и находившейся в то время в России своей матери, инокине Макрине, игумении иерусалимского монастыря Богородицы Одигитрии. Другая грамота Иоакима к русскому государю содержит просьбу об освобождении Максима Грека. В отличие от смиренного по тону послания патриарха Константинопольского Дионисия II пространное письмо Патриарха Иоакима I содержало резкую критику действий русских властей и поучение о том, как должно вести себя праведному государю в отношении «убогого» учителя, то есть Максима Грека. Вопреки просьбам патриархов Максим Грек не был отпущен из России, однако контакты России с Востоком продолжались.
В январе 1558 года в Москву прибыло очередное синайское посольство с просьбами о милостыне и с грамотами от Патриарха Иоакима I и архиепископа Синайского Макария (датированы сентябрём или октябрём 1556 года). Российское государство отправило на православный Восток архидиакона Геннадия и Василий Познякова с огромной милостыней монастырям и патриархам. Патриарх Иоаким I фигурировал как самый важный из адресатов финансовой помощи. В грамоте царь Иоанн IV называл его «исповедником Божия величия», сообщал о посылке патриарху «рухляди» на 1 тысяч золотых угорских и бархатной шубы на соболях и испрашивал молитвы патриарха о царской семье. Такая же сумма была направлена Синайскому монастырю. Архидиакон Геннадий умер в самом начале пути, а Позняков в октября 1559 года прибыл в Александрию, где встречался с Патриархом Иоакимом, а потом вместе с ним посетил Каир и Синай. В ответной грамоте Иоанну IV Иоаким писал, что молится о победах царя над «агарянами», и заявлял, что «на него упование всех, как на утверждение рода христианского». По словам Познякова, в беседе с ним патриарх Иоаким вспоминал пророчество о грядущем торжестве восточного православного царя, который избавит христиан от «агарянского» ига. Возможно, это самая ранняя фиксация распространённого в Восточном Средиземноморье предания о грядущем освобождении русским царём Константинополя.
В 1571 года русское посольство Семёна Борзунова, передало Александрийскому патриархату через патриарха Митрофана III милостыню от царя Ивана Грозного на помин душ супруги Анастасии Романовны и брата государя. 23 апреля 1585 года встречался с находившимся в Константинополе русским послом Борисом Благово. В последующие дни патриарх Сильвестр неоднократно принимал Благово и в доверительной обстановке высказывал желание, чтобы русский царь овладел наследием византийских императоров. 3 июня, келейник патриарха Сильвестра передал послу грамоты от патриарха царю Фёдору Ивановичу, царице Ирине и Московскому митрополиту Дионисию. Благословения и советы по вопросам церковно-государственного управления патриарх Сильвестр перемежал просьбами о милостыне бедствующим Александрийской и Константинопольской Церквам. В конце 1585 года патриарх Сильвестр поставил подпись под окружной грамотой, данной патриархом Феолиптом II Иоакиму V Дау, который отправлялся за милостыней ко двору русского царя. На обратном пути в 1586 года патриарха Иоакима сопровождал подьячий Михаил Огарков с милостыней и грамотами к восточным патриархам. Патриархи Сильвестр получил 300 рублей на помин души царя Иоанна IV, 100 рублей на монастыри Александрийского престола и заздравную милостыню для себя лично.
Патриарх Мелетий I по восшествии 1590 году на Александрийский престол был не согласен с введением на Руси патриаршества (1589) и обвинял Константинопольского патриарха Иеремию в совершении неканонического действия, поскольку в нём не участвовала Александрийская церковь. Русское правительство не было удовлетворено тем, что в иерархии православных патриархов Московскому первосвятителю отвели 5-е место, а не 3-е, как хотели в России. Восточным патриархам вместе с дарами были отправлены новые грамоты. Патриарх Мелетий, оценив финансовые и политические ресурсы Руси, изменил свою позицию и согласился с учреждением Московского патриаршества. 12 февраля 1593 года в Константинополе по инициативе патриарха Мелетия прошёл новый Собор восточных патриархов, который в том числе подтвердил учреждение Патриаршества в Русской Церкви. В апреле 1593 года царь Фёдор I Иванович через послов М. Ф. Огаркова и Коробейникова вручил богатые дары Александрийскому патриарху и другим православным иерархам, не были обделены и монастыри. Вместе с возвращавшимся посольством Г. А. Нащокина патриарх Мелетий отправил в Россию своего племянника архимандрита Неофита с грамотами о деяниях Собора 1593 года. В Москве, однако, остались крайне недовольны тем, что патриарху Московскому опять отказали в 3-м месте в иерархии православных первосвятителей. Неофита обвинили в шпионаже и посадили в тюрьму, и Патриарху Мелетию пришлось писать ходатайства об освобождении своего родственника.
Патриарх Герасим I (1620—1636) послал несколько грамот царю Михаилу Фёдоровичу. В первом послании (1623) в ответ на грамоту патриарха Московского Филарета об исправлении Требника патриарх Герасим указывал, что на молитве освящения воды не следует к призыванию Святого Духа прилагать слово «огнём» как несходное с преданием и отсутствующее в древних рукописях. В 1624 году русские послы И. Кондырев и Т. Бормосов вручили патриарху Герасиму 140 золотых монет «за здравие государево». В последующих грамотах к царю, царице Евдокии Лукьяновне и патриарху Филарету патриарх Герасим просил денежной помощи на различные церковные нужды: откуп за церкви, средства для монашеской общины на Синае, погашение долга патриаршей кафедры перед мусульманскими властями и другие. В 1633 году в Москву от патриарха Герасима прибыл его протосинкелл архимандрит Иосиф для перевода на славянский язык греческих книг и обучения юношей греческому языку.
Патриарх Никифор Кларонцан просил помощи у русского царя Михаила Фёдоровича, которому передал письмо от 25 августа 1639 года через греческого купца Константина Евстафьева (Остафьева), названного патриархом духовным сыном. Патриарх Никифор с огорчением отмечал, что ему не была отдана милостыня, которую московский царь адресовал его предшественнику по кафедре Митрофану, и просил вновь прислать царское «жалованье». Из Александрии 25 октября 1639 года Патриарх Никифор отправил письмо патриарху Московскому Иоасафу I, которого просил не оставлять его престол милостыней, подобно покойному патриарху Московскому Филарету. В ответ на эти просьбы с Константином Евстафьевым патриархом Никифором была передана царская грамота, датированная 14 февраля 1640 года, в которой патриарху сообщалось о пожалованной ему милостыне и высказывалась просьба о молитве за царя и всю его семью. По царскому указу патриарху было отправлено 4 сорока соболей на 150 рублей. Благодарственный ответ патриарха Никифора, присланный с Константином Евстафьевым, датирован 22 октября 1640 года. Проблемы, связанные со статусом Cинайcкого монастыря, помешали патриарху Никифору предпринять путешествие ко двору царя Михаила Фёдоровича. В письме от 5 января 1645 года, переданном в Москву греками Николаем Павловым и Фомой Ивановым, патриарх Никифор отмечал, что вынужден из Молдавского княжества, где тогда находился, вернуться в Александрию, поскольку опасается, как бы там «злые люди… не учинили каких проторей». О невозможности приехать в Россию патриарх Никифор писал и в послании от 22 января того же года, привезённом царю александрийским архимандритом Варфоломеем. На этот раз патриарх Никифор просил для Патриаршего престола 4 иконы и архиерейскую митру, присланную уже его преемнику. 20 января патриарх Никифор адресовал письмо царице Евдокии Лукьяновне, в котором просил подать «утешение… словом и делом» бедствующей Александрийской Церкви. Архимандрит Варфоломей передал в Москве дары патриарху Никифору: царю — мощи праведного Лазаря, резной крест и смирну; царице — мощи равноапостольной Марии Магдалины; царевичу Алексею — мощи святителя Иоанна Златоуста, а также другие подношения всем членам царской семьи. Жалобы на невозможность из-за «агарян» (но, разумеется, прежде всего из-за конфликта с синаитами) приехать в Москву не помешали патриарху Никифору надеяться на получение материальной помощи от царского двора; он также снабжал своими письмами других просителей милостыни, отправлявшихся в русскую столицу.