Цитохром-c-оксида́за (цитохромоксидаза) или цитохром-c-кислород:оксидоредуктаза, также известная как цитохром aa3 и комплекс IV — терминальная оксидаза аэробной дыхательной цепи переноса электронов, которая катализирует перенос электронов с цитохрома с на кислород с образованием воды. Цитохромоксидаза присутствует во внутренней мембране митохондрий всех эукариот, где её принято называть комплекс IV, а также в клеточной мембране многих аэробных бактерий.
Комплекс IV последовательно окисляет четыре молекулы цитохрома с и, принимая четыре электрона, восстанавливает O2 до H2O. При восстановлении O2 четыре H+ захватываются из митохондриального матрикса для образования двух молекул H2O, а ещё четыре H+ активно перекачиваются через мембрану. Таким образом, цитохромоксидаза вносит свой вклад в создание протонного градиента для синтеза АТФ и является частью пути окислительного фосфорилирования. Кроме того, этот мультибелковый комплекс играет ключевую роль в регуляции активности всей дыхательной цепи и производстве энергии эукариотической клеткой.
История изучения Цитохромоксидаза была открыта ирландским врачом и учёным , который в 1885 году описал обратимые изменения в спектре поглощения при длине волны в 605 нм, происходящие при окислении в клетках животных, что является характерной спектральной подписью цитохромоксидазы. Однако его работы были раскритикованы влиятельными физиологами Гоппе-Зейлером и Леви, которые постулировали, что МакМанн просто наблюдал поглощение продуктов распада гемоглобина. В результате исследования этого фермента прекратились более чем на 30 лет, пока в 1923 году Ханс Фишер не подтвердил результаты МакМанна.
Дальнейшие исследования этого фермента были продолжены немецким учёным Отто Варбургом. В своей работе он ингибировал дыхание в суспензии дрожжей при помощи CO, а затем получал спектры поглощения, снимая ингибирование путём облучения когерентным пучком света с разной длиной волны. Из полученных данных следовало, что ингибируемый фермент — гемопротеин, в котором гем находится в комплексе с CO. Варбург связал новый, неизвестный белок с функцией клеточного дыхания и применил к нему используемый им с 1924 года термин Atmungsferment или «дыхательный фермент». Работа была опубликована в 1929, а в 1931 Варбург получил за неё Нобелевскую премию по физиологии и медицине с формулировкой «за открытие природы и механизма действия дыхательного фермента».
Немалый вклад в понимание природы комплекса IV внёс британский учёный Дэвид Кейлин. В 1939 году, в совместной работе с Е. Ф. Хартри он обнаружил неизвестный ранее цитохром, получивший название a3, который обладал способностью окислять цитохром c. Новый цитохром обладал тем же спектром поглощения, что и загадочный дыхательный фермент Варбурга, а также ингибировался под действием СО и KCN. В своей работе Кейлин ввёл в обиход название цитохром c-оксидаза, предложенное Малкольмом Диксоном в 1928 году. Варбург и Кейлин длительное время спорили о природе циохромоксидазы: Варбург считал, что кофактором этого фермента может быть только железо, в то время как Кейлин полагал, что это медьсодержащий белок. По прошествии лет оказалось, что оба великих учёных были правы: в состав цитохромоксидазы входит как железосодержащий гем, так и атом меди.
Механизм связывания цитохромоксидазой кислорода исследовал американский биохимик , который в середине 70-х годов двадцатого века, используя передовую технику ЯМР и спектроскопии при низких температурах, обнаружил фермент-субстратный комплекс цитохромоксидазы — аддукт гема a3 с молекулярным кислородом.
В 1977 году финский учёный Мартин Викстрём показал, что цитохромоксидаза в процессе своей работы перекачивает протоны через мембрану, чего долгое время не мог принять создатель хемиосмотической гипотезы, Питер Митчелл. Тем не менее накапливавшиеся экспериментальные данные свидетельствовали в пользу правоты Викстрёма, и позже Митчел признал свою ошибку.
Первые попытки выделить фермент предпринимались начиная с 1941 года: поскольку тогда ещё не было разработано процедур для выделения больших мембранных белков, то приходилось действовать путём проб и ошибок. В первых процедурах выделения использовались соли желчных кислот, что вызывало большие потери активности. Появление неионных детергентов наподобие Triton X-100 вызвало новый подъём в этой области с 1966 по 1974 год и позволило получить первые чистые препараты. Первая трёхмерная структура с атомным разрешением комплекса появилась чуть позже, в 1995 году.
Структурная организация комплекса IV Комплекс IV из митохондрий млекопитающих и птиц состоит из 13 белковых субъединиц, три из которых обладают каталитической активностью, связывают кофакторы и кодируются генами митохондрий (исключение составляет субъединица III у Chlamydomonas reinhardtii и , которая кодируется в ядре). Остальные десять субъединиц закодированы в ДНК ядра. В 2012 году поступило сообщение об обнаружении 14-й субъединицы, но позже оно было опровергнуто. В мембране митохондрий комплекс существует в виде гомодимера, каждый мономер состоит из 13 субъединиц. Молекулярная масса такого димера, выделенного из митохондрий быка, составляет приблизительно 350 кДа. Встречающиеся в мембране немногочисленные мономеры обладают вдвое более высокой каталитической активностью.
У S. cerevisiae комплекс IV состоит всего из 11 субъединиц, однако отсутствующие субъединицы в бычьем комплексе представляют собой маленькие периферические белки, так что дрожжевая цитохромоксидаза существенно не отличается от таковой у млекопитающих. Значительно меньше известно о комплексе IV у растений, он и по сей день остаётся одним из самых неизученных комплексов растительных митохондрий. Последние эксперименты по его выделению из арабидопсиса и исследование его методом голубого нативного электрофореза показали, что он, по-видимому, состоит из восьми субъединиц, схожих с субъединицами комплекса IV других эукариот, и шести дополнительных субъединиц, специфичных для растений. Менее точное разделение комплекса IV из картофеля и фасоли дало рисунок полос, схожий с таковым у арабидопсиса: можно точно сказать, что их комплекс IV состоит по крайней мере из 9—10 субъединиц. Бактериальные комплексы существуют в мембране в виде мономеров и состоят из 3—4 субъединиц, три из которых гомологичны трём закодированным в митохондриях субъединицам эукариот.
Субъединицы
Три большие субъединицы комплекса (I—III), гомологичные бактериальным, несут на себе все необходимые кофакторы и осуществляют основные реакции катализа, связанные, в том числе, и с переносом протонов. Расположенные на периферии малые ядерные субъединицы не участвуют в этом процессе. В настоящее время специфические функции известны только для четырёх ядерных субъединиц (IV, Va, VIa-L, VIa-H), но очевидно, что все они играют роль в сборке, димеризации, а также регуляции активности комплекса. Ядро комплекса IV обладает крайне высокой каталитической активностью, которая подавляется плотно связанными с ним вспомогательными ядерными субъединицами, что особенно важно для регуляции всего дыхания в целом. У позвоночных многие из этих субъединиц представлены несколькими тканеспецифичными изоформами, каждая из которых кодируется отдельным геном. Экспрессия каждой изоформы зависит от типа ткани, стадии развития организма и может изменятся в зависимости от внешних условий, что позволяет чётко регулировать снабжение энергией разных органов и тканей.
Появление большого разнообразия ядерных субъединиц после полногеномной дупликации у позвоночных приблизительно совпадает по времени с утратой ими альтернативной оксидазы, которая обеспечивала альтернативный путь для электронов к кислороду в обход комплекса IV. Роль этих субъединиц особенно возросла поскольку клетки млекопитающих утратили способность переключаться между разными терминальными оксидазами, как это происходит у прокариот. Например, E. coli имеет две терминальные хинон-оксидазы; при нормальном содержании кислорода она преимущественно экспрессирует цитохром bo3, а при низком переходит на цитохром bd, который обладает повышенным сродством к кислороду, но не перекачивает протоны. Очевидно, что в таких условиях ядерные субъединицы приняли на себя функцию по управлению активностью всего окислительного фосфорилирования в зависимости от уровня кислорода.
Субъединица Va специфически связывает тиреоидный гормон 3,5-дийодотиронин, но не взаимодействует с тироксином или трийодтиронином. В результате такого взаимодействия комплекс IV перестаёт аллостерически ингибироваться АТФ. Этот механизм объясняет кратковременный стимулирующий эффект тиреоидных гормонов на метаболизм млекопитающих.
У млекопитающих субъединица IV-2 экспрессируется в основном в мозге и лёгких, а в остальных тканях её синтез индуцируется в условиях гипоксии. У рыб эта изоформа сильнее экспрессируется в жабрах. Хотя у всех позвоночных есть по одной копии обеих изоформ субъединицы IV, активация экспрессии IV-2 в ответ на недостаток кислорода есть только у млекопитающих и отсутствует у рыб и рептилий, а у птиц ген COX4-2, кодирующий изоформу IV-2, не функционален. У мышей, нокаутных по гену IV-2, наблюдались трудности в сокращении дыхательных путей, пониженное содержание АТФ в лёгких, а с возрастом появлялись патологии дыхательной системы, включая кристаллы Шарко-Лейдена. Эти экспериментальные данные свидетельствуют о важности изоформы IV-2 для нормальной работы лёгких млекопитающих.
Для субъединиц VIa-L и VIa-H удалось определить специфические функции. Оказалось, что способность перекачивать протоны (стехиометрия H+/e−) у комплекса из почек и печени снижалась с 1 до 0,5 низкими концентрациями свободной пальмитиновой кислоты, чего не происходило с комплексом IV из сердца и мышц, содержащего изоформу VIa-H. Предположительное физиологическое значение этого процесса заключается в усилении термогенеза и поддержании температуры тела во всех тканях кроме мышечной в ответ на свободный пальмитат. Субъединица VIa-H из сердца и мышц стимулирует работу комплекса, связывая АДФ, и наоборот, снижает стехиометрию H+/e− при высоком соотношении АТФ/АДФ. Физиологическое значение этой особенности заключается в усилении термогенеза в мышцах во время сна или отдыха, когда расход АТФ снижен, а соотношение АТФ/АДФ остаётся высоким. Субъединица VIa-H отсутствует у рыб. + Таблица субъединиц цитохром-с-оксидазы млекопитающих СубъединицаВ данном случае используется номенклатура Каденбаха, принятая для всех млекопитающих. Изоформа Белок ОписаниеЕсли не указано иначе, то субъединица экспрессируется во всех тканях. I
Cox1 Связывает гем а, гем а3, центр CuB, имеет протонные каналы. II
Cox2 Связывает центр CuA, взаимодействует с цитохромом с. III
Cox3 Стабилизирует транспорт протонов. IV IV-1 IV-2 Cox41 Обеспечивает аллостерическое ингибирование АТФ. Cox42 Экспрессируется в основном в лёгких, плаценте и мозге, индуцируется гипоксией. Возможно, O2-зависимое ингибирование АТФ. Va
Cox5a Связывает 3,5-дийодотиронин, в результате чего снимается ингибирование АТФ. Vb
Cox5b Связывает Zn2+. VIa VIa-L VIa-H Cox6a1 Печёночая изоформа. Экспрессируется во всех тканях, кроме скелетных мышц и сердца. Снижает стехиометрию H+/e− с 1 до 0,5 в присутствии пальмитата. Cox6a2 Сердечная изоформа. Экспрессируется в сердце и скелетных мышцах. Снижает стехиометрию H+/e− с 1 до 0,5 при высоком соотношении АТФ/АДФ. VIb VIb-1 VIb-2 Cox6b1 Во всех тканях. Обеспечивает димеризацию комплекса. Cox6b2 Специфична для семенников. Возможно увеличивает интенсивность дыхания. VIc
Cox6c Во всех тканях. VIIa VIIa-L VIIa-H VIIa-R SIG81 Cox7a2 Экспрессируется во всех тканях, кроме скелетных мышц и сердца. Cox7a1 Экспрессируется в сердце и скелетных мышцах. Cox7a3
Cox7A2L
VIIb VIIb-1 VIIb-2 Cox7b Во всех тканях. Cox7b2 Специфична для семенников. Возможно увеличивает интенсивность дыхания. VIIc
Cox7c Во всех тканях. VIII VIII-L VIII-H VIII-3 Cox8a Во всех тканях. Cox8b