Гено́мика — раздел молекулярной генетики, посвящённый изучению генома и генов живых организмов, всей совокупности генов организма или значительной их части. «Для геномики характерно использование очень больших объёмов данных».Геномика . Г. В. Васильев. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2014

История Геномика сформировалась как особое направление в 1980—1990-х годах вместе с возникновением первых проектов по секвенированию геномов некоторых видов живых организмов. Первым был полностью секвенирован геном бактериофага Φ-X179; (5368 нуклеотидов) в 1977 году. Следующим этапным событием было секвенирование генома бактерии Haemophilus influenzae (1,8 Mб; 1995 год). После этого были полностью секвенированы геномы ещё нескольких видов, включая геном человека (2001 год — первый черновой вариант, 2003 год — завершение проекта). Развитие геномики стало возможно не только благодаря совершенствованию биохимических методик, но и благодаря появлению более мощной вычислительной техники, которая позволила работать с огромными массивами данных. Протяжённость геномов у живых организмов подчас измеряется миллиардами пар оснований. Например, объём генома человека составляет порядка 3 млрд пар оснований. Самый крупный из известных (на начало 2010 года) геномов принадлежит одному из видов двоякодышащих рыб (примерно 110 млрд пар).

Разделы геномики

Структурная геномика

Структурная геномика — содержание и организация геномной информации. Имеет целью изучение генов с известной структурой для понимания их функции, а также определение пространственного строения максимального числа «ключевых» белковых молекул и его влияния на взаимодействия.

Функциональная геномика Функциональная геномика — реализация генетической информации, записанной в геноме, то есть от гена — к признаку.

Сравнительная геномика Сравнительная геномика (эволюционная) — сравнительные исследования содержания и организации геномов разных организмов.

Получение полных последовательностей геномов позволило пролить свет на степень родства и различий между геномами разных живых организмов. Ниже в таблице представлены предварительные данные о сходстве геномов разных организмов с геномом человека. Сходство дано в процентах (отражает долю пар оснований, идентичных у двух сравниваемых видов).

Вид Сходство Примечания и источникиЭти данные были найдены в различных вторичных источниках, и, скорее всего, они были получены разными методами (такими, как гибридизация ДНК или выравнивание последовательностей). Разные методы могут давать различные результаты, даже будучи применёнными к одной и той же паре сравниваемых видов, поэтому все цифры, приведённые в данной таблице, следует рассматривать как весьма приблизительные.Человек99,9 %Human Genome Project 100 %Однояйцевые близнецыШимпанзеAmericans for Medical Progress; Jon Entine в San Francisco Examiner 98,7 %Richard Mural из Celera Genomics, цитируется в MSNBCБонобо, или карликовый шимпанзе То же, что и для шимпанзеГорилла 98,38 %Основано на изучении интергенной неповторяющейся ДНК (American Journal of Human Genetics, февраль 2001, 682, с. 444—456)Мышь 98 %Americans for Medical Progress 85 %при сравнении всех последовательностей, кодирующих белки, NHGRIСобака 95 %Jon Entine в San Francisco ExaminerC. elegans 74 %Jon Entine в San Francisco ExaminerБанан 50 %Americans for Medical ProgressНарцисс 35 %Steven Rose в The Guardian от 22 января 2004

Музеогеномика Музеогеномика — отрасль науки, занимающаяся расшифровкой генетической информации останков биологических объектов, хранящихся в зоологических, биологических, палеонтологических музеяхАлександр Волков Музеогеномика — новая научная ниша // Знание-сила. — 2015. — № 11. — С. 5—14. Является важным направлением исследований в палеонтологии, палеоботанике, палеоантропологии, археологии. Музеогеномика позволяет выяснить, от каких животных и когда вирусы перешли к человеку, проанализировать степень родства различных видов беспозвоночных, как менялся геном живых организмов со временем, проследить влияние загрязнения окружающей среды.

См. также Метагеномика Протеомика Структурная геномика Вычислительная геномика Пангеном

Примечания

Литература Alistair R. R. Forrest et al. (2014). A promoter-level mammalian expression atlas. Nature, 507 (7493): 462 Andersson, R. et al.(2014) An atlas of active enhancers across human cell types and tissues. Nature 507, 455—461

Ссылки

Тищенко П. Д. Геномика: новый тип науки в новой культурной ситуации. Complete Microbial Genomes (полностью расшифрованные геномы бактерий и архей). Лекция № 19. Геномика .

Категория:Геномика