Kolonizácia Južnej Ameriky bol dlhodobý proces osídľovania a zakladania kolónii v Južnej Amerike. Za začiatok kolonizácie sa pokladá objavenie Ameriky Krištofom Kolumbom v roku 1492. Od vtedy začali španielski conquistadori postupne dobývať a kolonizovať jednotlivé územia až do začiatku 19. storočia, kedy tu vznikli formálne nezávislé štáty.
Kolumbus a prví španielski conquistadori však objavili geograficky najprv oblasti Karibiku a Severnej Ameriky (dnešné Mexiko) a do Južnej Ameriky postupovali po mori pri pobreží Pacifiku a čiastočne aj po súši cez oblasť Strednej Ameriky na západné pobrežie kontinentu. Naopak Portugalčania sa zameriavali na kolonizáciu vedenú z východného pobrežia dnešnej Brazílie ďalej do vnútrozemia. Najjužnejšie oblasti dnešnej Južnej Ameriky (dnešný Uruguaj a Argentína) boli kolonizované z dvoch strán: z oblasti Ánd a z mora, kde Španieli v roku 1580 založili prístavné mesto Buenos Aires.
Pôvodné juhoamerické kultúry a kolonizácia Juhoamerický kontinent osídlil človek dávno pred príchodom európskych dobyvateľov na začiatku 16. storočia. Napríklad už pred 10 000 rokmi je doložené ľudské osídlenie v oblasti And. Z kultúrneho hľadiska bola Južná Amerika v čase svojho objavenia osídlená rôznymi ľudskými kultúrami. Niektoré z nich mali pomerne zložitú spoločenskú organizáciu a štát, iné možno označiť ako prírodné alebo nomádske kultúry obývajúce rozsiahle oblasti juhoamerických pralesov, alebo pampy. Náhodne možno spomenúť napríklad niektoré juhoamerické pôvodné národy ako Guaraníovia, Kečua, Aymara, Arawaka, Auraca alebo Patagoncov.
Z hľadiska európskeho dobývania sa najčastejšie spomínajú dve americké civilizácie: v oblasti Severnej Ameriky sú to Aztékovia a v oblasti Južnej Ameriky Inkovia. Obe tieto civilizácie boli relatívne zložito organizovanými agrárnymi spoločnosťami s vlastným náboženstvom, znalosťou viacerých technológii (architektúra, metalurgia) a bohatou spoločenskou stratifikáciou. Vzhľadom na svoju vyspelosť tak predstavovali pre iberských dobyvateľov najväčšiu vojenskú a politickú výzvu.
Kontakt Európanov s americkým obyvateľstvom predstavoval nielen vojenskú výzvu, ale aj kultúrny a biologický stret nazývaný často ako „kolumbovská výmena“. Jedným z významných prvkov tohto stretu vo vzťahu k pôvodnému i k európskemu obyvateľstvu bol prenos nových ochorení z Amerík do Európy a hlavne z Európy do Amerík. Prenos ochorení bol vo väčšine prípadov nechceným a nečakaným následkom objavenia a dobývania Ameriky. Na druhej strane malo dobývanie (Južnej) Ameriky najfatálnejšie dopady pre domorodé obyvateľstvo, a to vďaka kombinácii mnohých javov ako bol spomenutý prenos ochorení, podriadenie sa novému ekonomickému systému postavenom na masovej exploatácii, postavenia do nerovného, podriadeného vzťahu k európskemu kolonizátorovi, násilnej konverzie ku katolíctvu spojenej s ničením domorodej kultúry a tradícií, vnucovania európskeho jazyka (často spojené s premenovaním) atď. Niektorí autori hovoria v súvislosti s dobývaním Amerík o genocidálnych praktikách:
Štatistické odhady môžu ilustrovať mieru zamýšľaných i nezamýšľaných dopadov dobývania Ameriky pre pôvodných obyvateľov kontinentu. Podľa týchto nepresných odhadov bolo okolo roku 1492 v Amerikách okolo 75 miliónov pôvodných obyvateľovThorton,R.: American Indian Holocaust and Survival. A Population History Since 1492.University of Oklahoma Press 1990,s.25., okolo konca 19. storočia ich bolo len okolo 4 – 4,5 milióna (teda len asi 6 % odhadovaného počtu v roku 1492).Tamtiež, s. 42.
Inkská ríša náhľad|Expanzia Inkskej ríše medzi rokmi 1438 – 1525 Inkská ríša predstavovala posledný predkoloniálny štátny celok v oblastiach Ánd a vznikla okolo roku 1438, kedy bol korunovaný Pachacútec Yupanqui považovaný za zakladateľa Inkskej ríše. S jeho menom je spájaný nielen rad správnych reforiem, ale aj prestavba inkského hlavného mesta Cusca a snáď i kultového centra Inkov Machu Picchu. Rovnako ako iné ríše bola aj Inkská ríša vo svojej podstate multietnická a vznikla expanziou a nadvládou nad inými kultúrami. Už Pachatékov syn Túpac Yupanquipanquiho v rokoch 1471-1493 musel čeliť povstaniu a následne zamieril inkskú expanziu smerom na juh až do oblastí dnešného Čile a Argentíny. Jeho nástupca Huyana Capac sa venoval ďalšej konsolidácii ríše a jej expanziu orientoval neúspešne východným smerom. Po jeho smrti asi v roku 1527, alebo 1528 sa začala občianska vojna medzi Capakovym synom Huascárom a ľavobočkom Atahualpom. V roku 1532 vo vojne zvíťazil Atahualpa, ale už v dobe kedy sa na peruánskom pobreží vylodili španielski dobyvatelia vedení Franciskom Pizarrom s mandátom dobytia Peru. Atahualpa padol do španielskeho zajatia a 29. augusta 1533 bol popravený.
Okolo roku 1537 zorganizoval ďalší Ink Manco Tapak povstanie proti Španielom, ktoré ale bolo vďaka lepšie konsolidovanej vojenskej moci Španielov neúspešné. Značná časť obyvateľstva sa potom presťahovala do odľahlých oblastí západných Ánd, Inkská ríša prežívala svoj pád ďalších zhruba štyridsať rokov. V roku 1572 Španieli porazili i posledného Inku Tupaka Amarú, čím bolo dobytie Inkskej ríše dokončené.
Konsolidácia španielskej kontroly nad Južnou Amerikou Paralyzácia inkskej moci zajatím a následne popravením Atahuelpu neznamenala okamžitú konsolidáciu španielskej moci v oblastiach dosiaľ kontrolovaných Inkami. Naopak, čoskoro vznikol nový konflikt o moc medzi samotnými conquistadormi F. Pizzarom a Diegom de Almagrom a ich stúpencami. V tomto konflikte bol najprv zabitý Almagro (1538) a neskôr i samotný F. Pizarro (1541). Tento konflikt bol okrem iného výsledkom minimálnej kontroly zo strany Madridu. Napriek tomu bola v roku 1535 založená Lima, mesto, ktoré sa neskôr stalo centrom španielskej koloniálnej správy nad celou oblasťou Ánd a snáď vôbec najvýznamnejším centrom španielskej moci v Južnej Amerike. Následne bolo v roku 1542 založené vicekráľovstvo Nové Kastílsko, neskôr premenované na vicekráľovstvo Peru. Až v roku 1572 bolo vicekráľovstvo úplne politicky konsolidované vicekráľom Franciscom de Toledom, ktorému sa podarilo zlomiť posledné stopy inkského odporu a popraviť posledného Inka Túpaca Amaru.
Začiatky portugalskej kolonizácie v Brazílii thumb|left|Prvé brazílske kapitanáty v roku 1534 V roku 1500 sa v oblasti dnešnej severovýchodnej Brazílie vylodil portugalský moreplavec Pedro Álvares Cabral. V tejto dobe ale nebola kolonizácia v Amerike pre Portugalčanov hlavným záujmom, lebo sa zameriavali na obchod s Indiou a expanziu v oblasti západného pobrežia Afriky, alebo v Maroku a v Ázii. Väčší záujem o juhoamerické dŕžavy začali mať Portugalčania až v súvislosti so španielskou expanziou na kontinente. Preto medzi rokmi 1516 – 1530 boli z Portugalska posielané lode, ktoré mali chrániť portugalské záujmy v oblasti pred Španielmi a francúzskymi korzármi. Skutočný začiatok kolonizácie Brazílie založenej na podpore Koruny bola výprava Martima Alfonsa de Sousa, ktorý po roku 1532 reorganizoval správu založením prvých kapitanátov, založil prvé brazílske mestá a preskúmal veľkú časť brazílskeho pobrežia.
V roku 1548 Koruna rozhodla posilniť vplyv centra v oblasti a zriadila nový úrad generálneho guvernéra so sídlom v meste Bahía. Týmto spôsobom prišli majitelia kapitanátov o väčšinu svojich politických práv.
Organizácia španielskych a portugalských kolónii v Južnej Amerike Počas prvého storočia španielskej a portugalskej kontroly nad Južnou Amerikou bola iberská moc postupne organizovaná a konsolidovaná. V dobe prvých asi 50 rokov bol tento proces ovplyvnený postupným objavovaním nových území, zakladaním nových koloniálnych miest, postupným príchodom väčšieho počtu imigrantov z Iberského polostrova a z Európy a konečne tiež domorodým odporom voči conquistadorom. Ďalším, nemenej významným problémom, bola vzdialenosť Koruny a problematická a zdĺhavá komunikácia medzi kolóniami a centrom v Madride a Lisabone. Napriek tomu prvá generácia conquistadorov bola čoskoro nahradená novými imigrantmi a v najvyšších postoch potom Španielmi/Portugalčanmi z polostrova (peninsulares).
Najvyšším španielskym koloniálnym úradom bola Rada pre Indiu (Casa de las Indias, 1524) v ktorej bolo 9 až 12 členov pochádzajúcich z najvýznamnejších španielskych šľachtických rodín. Rada pre Indiu sídlila v Španielsku pri kráľovskom dvore a nebolo neobvyklé, že jej členovia nikdy nový kontinent sami nenavštívili.Bailey, H.-Nasatir,A., Latin America. The Development of Civilization. Michigan Un. Press 1973, s.173. Do jej právomoci patrili všetky záležitosti kolónii ako bol výber nových vicekráľov, guvernérov a sudcov, vydávanie zákonov, obchodných licencií a povolení na emigráciu do Ameriky, rovnako ako záležitosti inkvizície a misií. Rada ako taká pripravovala dobrozdania pre kráľa, ktorého potvrdenie dávalo rozhodnutiu všeobecnú platnosť.
Podriadeným orgánom bola Casa de la Contratación (Kontratačný úrad) sídliaca v Seville (založená v roku 1503), do ktorej právomocí spadali najmä obchodné záležitosti a moreplavba. Casa bola pravdepodobne organizovaná podľa janovského vzoru.Lockhardt. J.-Schwartz, S.B.: Early Latin America. A History of Colonial Spanish America and Brazil. Cambridge Un. Press. Cambridge 1983, s.64. thumb|Až do 18. storočia bola španielska časť Južnej Ameriky sústredená do jedného viceráľovstva Peru rozdeleného do 6 audiencií: 1. Panama, 2. Santa Fé de Bogota, 3. Quito, 4. Lima, 5. La Plata de Los Charcas, 6. Čile Najvyšším správnym a politickým orgánom bol v Južnej Amerike vicekráľ (vicerey), ktorý predstavoval španielskeho kráľa v kolóniách. Vicekráľ spravoval rozsiahle oblasti Južnej Ameriky spojené do vicekráľovstva (virreinato) a bol obklopený rozsiahlym dvorom. V prvom období kolonizácie boli v španielskej Amerike dve vicekráľovstvá: v roku 1535 založené Nové Španielsko (Nueva Espaňa), ktoré zahŕňalo územie Mexika v Severnej Amerike, Strednú Ameriku a Karibské ostrovy a časť Venezuely v Južnej Amerike, a v roku 1542 zriadené Vicekráľovstvo Peru, ktoré zahŕňalo všetky ostatné územia v Južnej Amerike okrem tých portugalských. Až v 18. storočí boli zriadené dve ďalšie vicekráľovstvá, čím sa zmenšili územia dvoch pôvodných, príliš rozsiahlych vicekráľovstiev: Nová Granada (1717) v oblastiach dnešnej Panamy, Kolumbie, Ekvádoru a Venezuely, a Laplatské vicekráľovstvo (1776) zahŕňajúce dnešnú Argentínu, Paraguaj, Uruguaj a Bolíviu. Popri vzniku nového vicekráľovstva Nová Granada prišlo k ďalšiemu územnému deleniu kolónii do tzv. intendencias.
Vicekráľovstvá boli rozdelené do menších správnych jednotiek, ktoré sa členili buď do guvernie (gobernaciones), generálného kapitanátu, alebo do audiencie. Guvernia mala vládny (či správny) charakter, generálny kapitanát vojenský a audiencia súdny. V rámci guvernie existovali menšie obvody alcadía mayor, alebo corregiemento. Obecne možno nižšiu správu v španielskej Južnej Amerike charakterizovať ako pomerne nejednotnú. Vlastnú správu mali domorodí obyvatelia a inú správu koloniálne mestá, ktoré boli organizované a stavané podľa európskych vzorov. Mestá boli spravované mestskými radami (cabildo).
Španielska koloniálna správa a organizácia sa počas troch storočí svojej existencie samozrejme menila. Jej najvýznamnejším rysom bol dôraz na centralizáciu, ktorý korešpondoval so začínajúcim ideálom a praxou španielskeho absolutizmu, ktorý a začal formovať práve v čase španielskej koloniálnej expanzie v Južnej Amerike za kráľa Filipa II.