Tento článok sa zaoberá systematikou baktérií.
Názvy taxónu baktérie Vedecké názvy taxónu baktérie a niektorých jeho starších veľkých skupín sú uvedené v článku baktérie.
Rozsah pojmu a zaradenie v systéme Rozsah pojmu baktéria sa menil v závislosti od času aj autora. Pojem „baktérie“ môže teda v závislosti od použitého systému označovať: v minulosti: prokaryoty prokaryoty okrem siníc, rickettsií v širšom zmysle (= rickettsií v užšom zmysle, bartonel a chlamýdií) a prípadne mykoplaziem, niekedy aj okrem spirochét a občas aj okrem aktinomycét (Rickettsie, bartonely, chlamýdie a mykoplazmy sa v takýchto systémoch považovali za vírusy alebo organizmy na prechode medzi baktériami a vírusmi; spirochéty sa považovali za živočíchy alebo organizmy na prechode medzi baktériami a živočíchmi; aktinomycéty sa považovali za huby alebo za organizmy na prechode medzi baktériami a hubami.nižšie rastliny. In: Pyramída (encyklopedický časopis)) prokaryoty (prípadne okrem siníc) vrátane nebunkovcov, najmä vírusov prokaryoty okrem siníc prokaryoty okrem archeónov a siníc (Tento variant je pomerne zriedkavý. Synonymum: Eubacteriophyta) dnes: prokaryoty okrem archeónov (Synonymum:Eubacteria) Vysvetlivka: Termín prokaryoty tu zahŕňa klasické baktérie (vrátane rickettsií, bartonel, chlamýdií, mykoplaziem, spirochét, aktinomycét), archeóny a sinice (vrátane prvozelených rias).
O variantoch zaradenia baktérií v systéme živých organizmov pozri Systém živých organizmov.
Vnútorný systém Uvádzame príklady delenia baktérií (Z tu uvedených delení baktérií niektoré do pojmu baktérie zahŕňajú sinice a/alebo archeóny, iné ich nezahŕňajú):
Tradičné systémy Podľa 8. vydania Bergey's Manual of Determinative Bacteriology (1974) (Delenie na 19 častí plus cyanobaktérie) ríša prokaryoty (Procaryotae): oddelenie cyanobaktérie [G-] (v neskorších systémoch uvádzané aj ako „oxygénne fototrofné baktérie“) oddelenie baktérie: časť 1 fototrofné baktérie [G-] (v neskorších systémoch uvádzané aj ako „anoxygénne fototrofné baktérie“) rad Rhodospirillales časť 2 kĺzavé baktérie (iný slovenský názov: kĺzajúce baktérie) [G-] rad myxobaktérie (Myxobacterales) (v neskorších systémoch uvádzané aj ako „fruktifikujúce kĺzavé baktérie“) rad Cytophagales (v neskorších systémoch uvádzané aj ako „nefotosyntetizujúce nefruktifikujúce kĺzavé baktérie“) časť 3 pošvovité baktérie (iné slovenské názvy: pošvaté baktérie, opuzdrené baktérie, baktérie v spoločnej pošve) [G-] časť 4 pučiace baktérie a/alebo príveskovité baktérie [G-] časť 5 spirochéty [G-] rad spirochéty (Spirochaetales) časť 6 špirálovité a zakrivené baktérie [G-] (v neskorších systémoch uvádzané aj ako „aeróbne/mikroaerofilné pohyblivé vibrioidné/helikálne gramnegatívne baktérie“ + „nepohyblivé (alebo ojedinele pohyblivé) gramnegatívne zakrivené baktérie“) časť 7 gramnegatívne aeróbne paličky a koky [G-] (vrátane časti toho, čo sa neskôr označovalo ako archebaktérie) časť 8 gramnegatívne fakultatívne anaeróbne paličky [G-] časť 9 gramnegatívne anaeróbne baktérie [G-] (v neskorších systémoch uvádzané aj ako „anaeróbne gramnegatívne rovné, ohnuté alebo závitnicovité paličky“ + „baktérie disimilačne redukujúce sulfát a síru“) časť 10 gramnegatívne koky a kokobacily [G-] (v neskorších systémoch uvádzané ako súčasť gramnegatívnych aeróbnych paličiek a kokov – pozri vyššie) časť 11 gramnegatívne anaeróbne koky [G-] časť 12 gramnegatívne chemolitotrofné baktérie [G-] (v neskorších systémoch nazývané „aeróbne chemolitotrofné baktérie a súvisiace organizmy“) časť 13 baktérie produkujúce metán [G+] (v neskorších systémoch uvádzané ako súčasť archebaktérií) časť 14 grampozitívne koky [G+] časť 15 paličky a koky tvoriace endospóry [G+] (v neskorších systémoch nazývané „grampozitívne paličky a koky tvoriace endospóry“) časť 16 grampozitívne nesporulujúce paličkovité baktérie [G+] (v neskorších systémoch nazývané „pravidelné nesporulujúce grampozitívne paličky“) časť 17 aktinomycéty a príbuzné organizmy [G+] (v neskorších systémoch uvádzané aj rozdelené na viacero častí) koryneformná skupina baktérií rad aktinomycéty (Actinomycetales) – vrátane napr. mykobaktérií a nokardiovitých baktérií časť 18 rickettsie [G-] rad rickettsie (Rickettsiales) rad chlamýdie (Chlamydiales) časť 19 mykoplazmy [G-] trieda Mollicutes rad mykoplazmy (Mycoplasmatales)
Poznámky: Tie časti, ktoré nemajú uvedené rady, sa delia buď priamo na čeľade alebo priamo na rody. G- znamená gramnegatívne, G+ znamená grampozitívne Vyššie je zahrnuté aj to, čo sa neskôr označovalo ako archebaktérie, a to konkrétne jednak pod názvom „baktérie produkujúce metán“ a jednak ako súčasť „gramnegatívnych aeróbnych paličiek“.
Toto delenie baktérií na 19 skupín („častí“) je založené na rôznych charakteristikách ako Gramovo farbenie, tvar bunky, usporiadanie buniek do kolónií, požiadaviek na kyslík, pohyblivosti, či výživových a metabolických vlastnostiach.
V úvode tejto knihy je uvedené alternatívne základné delenie (chápané ako akýsi návrh do budúcnosti), a to takéto: ríša prokaryoty (Procaryotae): oddelenie fototrofné prokaryoty (Photobacteria) trieda modrozelené fotobaktérie – t.j. vyššie uvedené prvé oddelenie (cyanobaktérie) trieda červené fotobaktérie – t.j. časť vyššie uvedenej časti 1 (fototrofné baktérie) trieda zelené fotobaktérie – t.j. časť vyššie uvedenej časti 1 (fototrofné baktérie) oddelenie prokaryoty indiferentné voči svetlu (Scotobacteria) trieda baktérie [v užšom zmysle] – t.j. vyššie uvedené časti 2 až 17 trieda obligátne vnútrobunkové Scotobacteria v eukaryotických bunkách (Rickettsiae) – t.j. vyššie uvedená časť 18 (rickettsie) trieda Scotobacteria bez bunkových stien (Mollicutes) – t.j. vyššie uvedená časť 19 (mykoplazmy)
Zdroje tejto kapitoly: (Poznámka: V texte je chybne uvedený rok vydania 1984, správne má byť 1974)Obsah vydania úryvky sú dostupné na Google Books slovenské názvy sčasti podľa:
Podľa 1. vydania Bergey's Manual of Systematic Bacteriology (19841989) (delenie na 33 sekcií)
ríša Procaryotae (prokaryoty): oddelenie Gracilicutes (gramnegatívne baktérie okrem mykoplaziem a archebaktérií) trieda Scotobacteria (gramnegatívne nefotosyntetizujúce baktérie) sekcia 1 spirochéty rad spirochéty (Spirochaetales) ďalšie taxóny sekcia 2 aeróbne/mikroaerofilné pohyblivé vibrioidné/helikálne gramnegatívne baktérie sekcia 3 nepohyblivé (alebo ojedinele pohyblivé) gramnegatívne zakrivené baktérie sekcia 4 gramnegatívne aeróbne paličky a koky sekcia 5 fakultatívne anaeróbne gramnegatívne paličky (inde nazývané: gramnegatívne fakultatívne anaeróbne paličky) sekcia 6 anaeróbne gramnegatívne rovné, ohnuté alebo závitnicovité paličky sekcia 7 baktérie disimilačne redukujúce sulfát a síru sekcia 8 anaeróbne gramnegatívne koky sekcia 9 rickettsie a chlamýdie rad rickettsie (Rickettsiales) rad chlamýdie (Chlamydiales) sekcia 20 aeróbne chemolitotrofné baktérie a súvisiace organizmy (inde nazývané: gramnegatívne chemolitotrofné baktérie) sekcia 21 pučiace a/alebo príveskovité baktérie sekcia 22 pošvovité baktérie sekcia 23 nefotosyntetizujúce nefruktifikujúce kĺzavé baktérie rad Cytophagales rad Lysobacterales rad Baggiatoales ďalšie taxóny sekcia 24 fruktifikujúce kĺzavé baktérie rad myxobaktérie (Myxobacteriales/Myxococcales) trieda Anoxyphotobacteria (gramnegatívne fotosyntetizujúce baktérie neprodujujúce kyslík) sekcia 18 anoxygénne fototrofné baktérie trieda Oxyphotobacteria (gramnegatívne fotosyntetizujúce baktérie produjujúce kyslík, t.j. sinice/cyanobaktérie a prvozelené riasy/prochlorofyty) sekcia 19 oxygénne fotosyntetizujúce baktérie (inde nazývané: oxygénne fototrofné baktérie) skupina cyanobaktérie rad Chroococcales rad Pleurocapsales rad Oscillatoriales rad Nostocales rad Stigonemales skupina/rad prochlorofyty/prvozelené riasy (Prochlorales) oddelenie Firmicutes (grampozitívne baktérie okrem archebaktérií) trieda Firmibacteria (grampozitívne jednoduché paličky a koky) sekcia 12 grampozitívne koky sekcia 13 grampozitívne paličky a koky tvoriace endospóry sekcia 14 pravidelné nesporulujúce grampozitívne paličky trieda Thallobacteria (grampozitívne vetviace sa baktérie, t.j. aktinomycéty a príbuzné organizmy) sekcia 15 nepravidelné nesporulujúce grampozitívne paličky sekcia 16 mykobaktérie sekcia 17 nokardiovité (iný slovenský názov: nokardioformné baktérie) – porov. komentár k sekcii 26 sekcia 26 nokardiovité aktinomycéty (iný slovenský názov: nokardioformné aktinomycéty) – tu ide zrejme o duplicitu k sekcii 17, ktorá vznikla tým, že sekcie 17 a 26 vyšli v dvoch rôznych zväzkoch sekcia 27 aktinomycéty s multilokulárnymi sporangiami sekcia 28 aktinoplanety (iný slovenský názov: aktinoplanéty) sekcia 29 streptomycéty a príbuzné rody sekcia 30 maduromycéty sekcia 31 termomonospóry a príbuzné rody sekcia 32 termoaktinomycéty sekcia 33 iné rody – t.j. rody Glycomyces, Kibdelosporangium, Kitasatosporia a Sascharothrix oddelenie Tenericutes (prokaryoty bez bunkovej steny) trieda Mollicutes sekcia 10 mykoplazmy rad mykoplazmy (Mycoplasmatales) niekoľko rodov oddelenie Mendosicutes (prokaryoty s nezvyčajnou bunkovou stenou) trieda Archaebacteria sekcia 25 archebaktérie skupina metanogénne archebaktérie rad Methanobacteriales rad Methanococcales rad Methanomicrobiales skupina archebakteriálni sulfátoví reducenti rad Archaeoglobales skupina extrémne halofilné archebaktérie rad Halobacteriales skupina archebaktérie bez bunkovej steny rad Thermoplasmales skupina extrémne termofilní sulfátoví metabolizéri rad Thermoproteales rad Thermococcales rad Sulfolobales sekcia 11 endosymbionty (zvláštna skupina)
Základ tohto systému tvorí delenie na 33 sekcií; týchto 33 sekcií vlastne predstavuje len rozpracovanejšiu verziu vyššie spomínaných 19 „častí“ z 8. vydania Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. Tieto sekcie sa buď delia priamo na rody alebo sa delia na čeľade (a tie na rody) alebo sa delia na rady (a tie na čeľade a tie na rody) alebo sa delia na skupiny (a tie na spomínané rody resp. čeľade resp. rady). Toto delenie je založené na podobných (teda nie fylogenetických) princípoch ako vyššie uvedené delenie z 8. vydania Bergey's Manual of Determinative Bacteriology.
Rozdiel medzi (33) „sekciami“ tohto systému a (19 resp. 20) „časťami“ vyššie uvedeného systému podľa 8. vydania Bergey's Manual of Determinative Bacteriology spočíva (popri niektorých štylistických úpravách názvov) v tom, že: časť „špirálovité a zakrivené baktérie“ (časť 6) bola rozdelená na dve sekcie (sekcie 2 a 3) časť "gramnegatívne koky a kokobacily“ (časť 10) bola včlenená do gramnegatívnych aeróbnych paličiek a kokov (sekcia 4) časť „kĺzavé baktérie“ (časť 2) bola rozdelená na dve sekcie (sekcie 23 a 24) časť „gramnegatívne anaeróbne baktérie“ (časť 9) bola rozdelená na dve sekcie (sekcie 6 a 7) časť „aktinomycéty a príbuzné organizmy“ (časť 17) bola rozdelená na 11 samostatných sekcií (všetky sekcie v triede Thallobacteria) archebaktérie (predtým časť 13 plus jedna súčasť časti 7) teraz tvoria 1 samostatnú skupinu (sekcia 25) sinice a prvozelené riasy, ktoré predtým tvorili špecifický taxón (prvé oddelenie), teraz tvoria normálnu sekciu (sekcia 19) pribudla nová sekcia „endosymbionty“ (sekcia 11)
Zdroje tejto kapitoly:Systém uvedený pod názvom Krieg & Holt (1984-1989) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology na čiastočne dostupné na Google Books , obsah je aj tu (Poznámka: Namiesto „trieda“ sa tu z neznámych dôvodov používa názov „pododdelenie“.)
Podľa 9. vydania Bergey's Manual of Determinative Bacteriology (1994) (delenie na 35 skupín) V tomto vydaní je vlastne použitý modifikovaný systém z vyššie uvedeného 1. vydania Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Formálne oddelenia sú tu nahradené nasledujúcimi skôr neformálnymi „kategóriami“: gramnegatívne eubaktérie, ktoré majú bunkové steny (zodpovedá oddeleniu Gracilicutes) grampozitívne eubaktérie, ktoré majú bunkové steny (zodpovedá oddeleniu Firmicutes)