Analýza molekulárneho rozptylu (alebo molekulárnej variancie, skratka AMOVA z ) je štatistický model slúžiaci na hodnotenie molekulárnej variability zvyčajne v rámci biologického druhu.Excoffier, L.; Smouse, P. E.; Quattro, J. M. (1992). "Analysis of molecular variance inferred from metric distances among DNA haplotypes: application to human mitochondrial DNA restriction data". Genetics, 131(2): 479–491. Názov a model sú inšpirované metódou ANOVA. Metódu v roku 1992 vyvinuli Laurent Excoffier, Peter Smouse a Joseph Quattro na Rutgersovej univerzite.
Po vyvinutí metódy AMOVA vytvoril Excoffier počítačový program na vykonávanie týchto analýz. Tento program funguje v operačnom systéme Windows, nazýva sa Arlequin a je voľne dostupný na Excoffierovej webovej stránke. Existujú aj implementácie v jazyku R v balíkoch ade4 a pegas, ktoré sú dostupné v repozitári CRAN (Comprehensive R Archive Network). Ďalšia implementácia sa nachádza v programe Info-Gen, ktorý takisto funguje v systéme Windows.
Ďalší bezplatný štatistický balík GenAlExPeakall, R.; Smouse, P. E. (2012). GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research—an update. Bioinformatics, 28, 2537–2539. je zameraný na výučbu aj výskum a umožňuje vykonávať a porovnávať komplexné genetické analýzy priamo v bežne používanom rozhraní programu Microsoft Excel. Tento softvér umožňuje výpočet analýz, ako je AMOVA, ako aj porovnanie s inými typmi úzko súvisiacich štatistík vrátane F-štatistík či Shannonovho indexu.
Referencie
Externé odkazy Webová stránka Arlequin 3 Online výpočet AMOVA pre dáta Y-STR Webová stránka Info-Gen Webová stránka GenAIEx
Zdroj
Kategória:Molekulárna biológia