Mercury-Atlas 6 (alebo podľa lode Friendship 7) bol prvý americký pilotovaný orbitálny kozmický let. Zároveň išlo o tretí kozmický let s ľudskou posádkou v rámci programu Mercury. Štart letu sa uskutočnil 20. februára 1962 a vyniesol na obežnú dráhu prvého Američana, ktorým sa stal John Glenn. Pri predchádzajúcich pilotovaných letoch programu totiž kozmické lode leteli len po balistických dráhach. Program letu pôvodne počítal s fotografovaním v infračervenej a ultrafialovej oblasti spektra. Astronaut mal tiež zaznamenať viacero pozorovaní voľným okom. Glenn mal tiež pozorovať počasie žltým filtrom a zjesť väčšiu dávku potravín. Z tohto plánu sa však nakoniec nesplnilo takmer nič. Väčšinu času musel Glenn stráviť tým, že sa plne sústredil na manuálne stabilizovanie polohy kabíny. Hlavným výsledkom misie tak bolo overenie novej kozmickej lode na obežnej dráhe.
Posádka John Glenn (1), pilot
Záložná posádka Scott Carpenter, pilot
Prípravy na let thumb|upright|left|Scott Carpenter (vľavo) a John Glenn (vpravo) pózujú pred maketou kozmickej lode Mercury na Cape Canaveral, 29. november 1961
Dňa 29. novembra 1961, po úspešnom orbitálnom lete Mercury-Atlas 5 so šimpanzom Enosom na palube, NASA informovala verejnosť, že na prvý americký pilotovaný orbitálny kozmický let Mercury-Atlas 6 poletí astronaut John Glenn a jeho náhradníkom bude Scott Carpenter. NASA tiež oznámila, že pilotom ďalšej misie Mercury-Atlas 7 bude Deke Slayton a jeho náhradníkom Wally Schirra. Kozmická loď Mercury (výr. č. 13) prišla na Cape Canaveral ešte 27. augusta 1961. Nosná raketa Atlas LV-3B bola dodaná na kozmodróm večer 30. novembra. NASA pôvodne plánovala vypustiť na obežnú dráhu prvého astronauta v rovnakom roku ako Sovietsky zväz. Štart bol pôvodne naplánovaný na 19. decembra 1961, ale 7. decembra došlo k odkladu kvôli problémom s chladiacim a orientačným systémom kozmickej lode Mercury (výr. č. 13), ktorú Glennove deti s pomocou slovníkov pomenovali Friendship 7 (Priateľstvo 7). Glenn sa s náhradníkom Carpenterom už medzitým presunuli do ubytovacích priestorov pre astronautov v hangári S na Cape Canaveral. Každý víkend John odchádzal domov do Arlingtonu vo Virgínii za manželkou Annie a ich dvoma deťmi, synom Johnom Davidom a dcérou Carolyn Ann. John Glenn a Scott Carpenter trénovali v simulátore, trávili veľa času nad letovým plánom a udržiavali sa vo fyzickej kondícii. Obaja boli dobrými kamarátmi. Carpenter bol medzi sedmičkou astronautov tak trocha outsiderom a jediným bližším človekom mu bol Glenn. Jednu vec však Carpenter na Glennovi nemal rád, a to vášeň pre beh. Glenn bol zvyknutý na každodenný intenzívny beh a Carpenter, ktorý nemal beh príliš v obľube, sa zo srandy sťažoval, že ho unavuje držať s Johnom tempo. Zatiaľ čo kabíny Alana Sheparda a Gusa Grissoma vyzdobil nápisom s menom lode technik s papierovou šablónou a farbou v spreji, Glenn oslovil Ceceliu „Cece“ Bibby, mladú výtvarníčku, ktorá bol zamestnankyňou firmy Chrysler, jedného z dodávateľov NASA. Bibby sa tak stala jedinou ženou, ktorá vstupovala do tzv. bielej miestnosti na vrchole obslužnej veže a jej krasopisný nápis „Friendship 7“ sa stal notoricky známy. Bibby potom ešte po dohode s ostatnými astronautmi ako žartík pridala obrázok sporo odetej ženy na vnútornú stranu krytu periskopu.
Ďalší pokus o štart bol naplánovaný na 16. januára 1962, ale 3. januára bol zrušený kvôli problémom s nádržou na pohonné látky nosnej rakety Atlas. Dňa 23. januára Glenn absolvoval predletovú lekársku prehliadku, ale štart sa musel odložiť kvôli ďalšiemu technickému problému ešte predtým, než si šiel obliecť skafander. O štyri dni neskôr, 27. januára, Glenn podstúpil lekársku prehliadku pred štartom, obliekol si skafander a nasledujúcich päť hodín strávil v kabíne Friendship 7, kým došlo k zrušeniu štartu kvôli nízkej oblačnosti nad Cape Canaveral. Počas pokusu o štart 27. januára sa odohrala ešte jedna nepríjemnosť. Pred Johnovým domom v Arlingtone vo Virgínii sa objavil viceprezident USA Lyndon B. Johnson a chcel vstúpiť dovnútra spolu s kamerami, aby mohol pred televíznymi divákmi „podporiť“ Glennovu ženu Annie, ktorá ale trpela veľmi vážnou koktavosťou. Okrem toho bola vystresovaná z neustálych odkladov štartu Johnovho letu. Neodbytné žiadosti Johnsona a televíznych štábov rezolútne odmietla. Keď sa po vystúpení z kabíny John dozvedel o celej situácii, podporil svoju ženu v jej rozhodnutí a vyvolal tak menšiu roztržku s niektorými politikmi. Ďalší pokus o štart sa mal uskutočniť 1. februára, ale 30. januára musel byť zrušený, pretože sa zistilo, že pri pokuse o štart 27. januára došlo k úniku paliva do tepelnej izolácie rakety, čo spôsobilo pozastavenie ďalších pokusov. Prepracovanie izolácie rakety Atlas trvalo do 12. februára a počasie predpovedané na 13. február vyzeralo pochmúrne, a tak ďalší pokus o štart bol stanovený na 14. februára, ale aj v ten deň došlo k odkladu kvôli zlému počasiu. Nepriaznivé meteorologické podmienky znemožnili štart aj 15., 16. a 18. februára. V tom čase si už médiá aj Sovieti kládli otázku, či sa Glenn po toľkých odkladoch štartu ešte dokáže sústrediť a či by ho radšej nemal nahradiť Carpenter.
Priebeh letu thumb|upright|left|Štart Mercury-Atlas 6 s Johnom Glennom na palube, 20. február 1962
V utorok 20. februára 1962 o 02:20 miestneho času Glenna prebudil lekár William K. Douglas. „Okay, mariňák, vstávaj a žiar,“ povedal Douglas. „Dnes je ten deň.“ Tak ako všetci ostatní, aj on dúfal, že v tento deň už John Glenn konečne odštartuje. Neustále odklady už všetkým liezli na nervy. Po sprche a rannej hygiene si Glenn obliekol biely župan a spolu s Dr. Douglasom, astronautom Dekom Slaytonom a manažérom operácií na Cape Canaveral a vedúcim divízie predletových operácií Merrittom Prestonom sa usadil k raňajkám, ku ktorým si dal dve vajíčka, filet mignon, toast so želé, pomarančový džús a šálku Postumu, náhradu kávy bez kofeínu. O 03:05 podstúpil poslednú lekársku prehliadku pred štartom. Potom si obliekol skafander, opustil hangár S a o 05:01 odišiel v špeciálne upravenom prívese na štartovací komplex 14. Ešte pred odjazdom na štartovaciu rampu Glenn zavolal svojej žene Annie, ktorá bola vtedy doma v Arlingtone vo Virgínii s ich dvoma deťmi, a podľa ich starého zvyku ju ubezpečil: „Neboj sa,“ povedal John. „Nezabudni, idem len do obchodu na rohu po balíček žuvačiek.“ Túto frázu John používal vždy, keď ho čakala nejaká nebezpečná úloha, či už počas druhej svetovej vojny v Tichomorí, počas kórejskej vojny alebo keď mal pilotovať nové neodskúšané lietadlo. Ako vždy aj teraz mu Annie odpovedala: „Nebuď dlho preč...“ O 06:03 Glenn nastúpil do kabíny kozmickej lode Friendship 7. Po malých problémoch s poklopom kabíny sa odpočítavanie postupne blížilo k nule. Niekoľko sekúnd pred štartom Scott Carpenter z bunkra riadenia štartu, odkiaľ mal na starosti komunikáciu s kabínou, ohlásil: „Godspeed, John Glenn...“ Misia Mercury-Atlas 6 nakoniec úspešne odštartovala 20. februára 1962 o 09:47:39,002 miestneho času (14:47:39,002 svetového času) pomocou nosnej rakety Atlas LV-3B zo štartovacieho komplexu 14 na Cape Canaveral. Kozmická loď Friendship 7 bola úspešne navedená na obežnú dráhu a Glenn vtedy ohlásil: „Nula G a cítim sa dobre!“ Autopilot otáčal jeho kabínu a John mohol niekoľko minút sledovať už nepotrebný nosič Atlas, ktorý sa pomaly vzďaľoval. Ako nečakané rozveselenie vyletela po chvíli z jedného z vakov s vybavením plyšová myš, čo bol žartík Alana Sheparda. Vyskúšal aj manuálne riadenie lode, pričom zistil, že indikátory polohy nesúhlasia so skutočnou polohou kozmickej lode v priestore. Nad Indickým oceánom Glenn pozoroval svoj prvý západ slnka z obežnej dráhy, ktorý opísal ako „nádherný“. Obloha vo vesmíre bola podľa neho veľmi čierna s tenkým pásom modrej farby pozdĺž horizontu. Povedal, že slnko zapadlo rýchlo, ale nie tak rýchlo, ako očakával. Päť alebo šesť minút sa intenzita svetla pomaly znižovala. Žiarivé oranžové a modré vrstvy sa rozprestierali 45 až 60° po oboch stranách Slnka a postupne sa zužovali smerom k horizontu. Glenn monitoroval systémy kozmickej lode a po vletení do orbitálnej noci otvoril priezor svojej prilby a osviežil sa niekoľkými dúškami jablkového džúsu. Krátko pred vletením do osvetlenej časti obežnej dráhy pozoroval drobné svetielkujúce prachové častice okolo kabíny. Pomenoval ich „svetlušky“. Žiariace body sa pohybovali súbežne s kabínou a zmizli po východe slnka. Glenn vôbec nevedel, odkiaľ tieto svietiace častice pochádzali, rovnako aj riadiace stredisko. Neskôr sa ukázalo, že išlo o zamrznuté pary z výparníka na trupe lodi.Burgess 2015, s. 99 – 100.
thumb|John Glenn v kabíne lode Friendship 7 počas prvého obletu Zeme
Na konci prvého obletu Zeme zlyhala jedna z malých trysiek, ktoré zaisťovali polohu kabíny v priestore. Autopilot nebol schopný túto situáciu kompenzovať, a tak Glenn musel prejsť na manuálne riadenie polohy. Nepredstavovalo to pre neho problém a mohol aspoň dokázať, že človek je schopný dlhší čas riadiť svoju kozmickú loď. Na začiatku druhého obletu sa na konzole Dona Arabiana, operátora v riadiacom stredisku, rozsvietila kontrolka označená ako „Segment 51“, ktorá signalizovala odpojenie tepelného štítu. Tepelný štít bol s kabínou spojený látkovým valcom nazývaným „pristávací vak“ a pár minút pred pristátím na morskú hladinu sa mal uvoľniť a klesnúť dole. Slúžil na tlmenie nárazu na hladinu a následne fungoval ako morská kotva. Operátori sledovacích staníc sa Glenna postupne nenápadne pýtali, v akej polohe je na jeho palubnej doske spínač odhodenia pristávacieho vaku. Neskôr riadiace stredisko Glenna žiadalo, aby skúsil prepnúť spínač pristávacieho vaku do polohy „auto“. Glennovi došlo, o čo vlastne ide. Operátori na zemi sa domnievajú, že vak sa odistil zo svojej letovej pozície. Pokiaľ by sa po zapnutí do polohy „auto“ rozsvietila na palubnej doske zelená kontrolka, znamenalo by to, že tepelný štít nie je zaistený. Ak je však v systéme nejaký skrat, ale štít zatiaľ drží na svojom mieste, po prepnutí do polohy „auto“ sa môže stať čokoľvek, vrátane toho, že sa doteraz zabezpečený štít uvoľní. Glenn prepol páčkový spínač z prostrednej polohy do krajnej, ale našťastie sa nič nestalo a kontrolka zostala tmavá. Napriek tomu pretrvávali pochybnosti, prečo kontrolka na pulte operátora v riadiacom stredisku svieti. Glenn tak dostal inštrukcie, aby po zážihu brzdiacich rakiet nechal tieto rakety na svojom mieste. Tri laná, ktorými boli pripútané brzdiace rakety, obopínali tiež kryt a pridržiavali ho. Kým boli na kabíne tieto laná, držal tam aj tepelný štít. Pôvodný program však počítal s ich odhodením ešte mimo atmosféru. Nikto nevedel, aké nebezpečné môže byť, keď brzdiace rakety zostanú na kabíne pri prelete atmosférou.
thumb|left|Pohľad na Zem fotografovaný Glennom z kozmickej lode Friendship 7