Mlynský potok pomenúva niekoľko vodných tokov na Slovensku:
v povodí Bodrogu Mlynský potok (prítok Cejkovského potoka) Mlynský potok (prítok Chotčianky)
v povodí Hornádu Mlynský potok (prítok Lúčanského potoka) alternatívny názov Valalického kanála
v povodí Ipľa Mlynský potok (prítok Ipľa) Mlynský potok (prítok Olvára)
v povodí Nitry Mlynský potok (prítok Cabajského potoka) Mlynský potok (prítok Handlovky)
v povodí Oravy Mlynský potok (prítok Bobrovca) Mlynský potok (prítok Bielej Oravy) Mlynský potok (prítok Oravy) Mlynský potok (prítok Polhoranky)
v povodí Váhu Mlynský potok (prítok Belej) Mlynský potok (prítok Čiernej vody) Mlynský potok (prítok Turca) Mlynský potok (prítok Rovnianky) horný tok Pivovarského potoka