Klasifikacija virusov je postopek poimenovanja virusov in njihovega umeščanja v taksonomski sistem, ki je podoben tistim, ki se uporabljajo za razvrščanje celičnih organizmov.

Virusi se razvrščajo glede na njihove značilnosti, kot so fenotip, morfologija, vrsta nukleinske kisline, način razmnoževanja, gostiteljski organizmi in bolezni, ki jih povzročajo. Za uradno taksonomsko klasifikacijo virusov skrbi Mednarodni odbor za taksonomijo virusov (ICTV), čeprav se lahko uporablja tudi Baltimorov klasifikacijski sistem, ki viruse deli v sedem skupin glede na način sinteze mRNA. ICTV določa posebna pravila za poimenovanje virusov in dodatna navodila za njihovo razvrščanje.

Od leta 2022 je v taksonomiji ICTV navedenih 11.273 poimenovanih vrst virusov (vključno z satelitskimi virusi in viroidi). Te vrste so razvrščene v 2.818 rodov, 264 družinah, 72 redih, 40 razredih, 17 vrstah, 9 kraljestvih in 6 realmih. Vendar pa je število poimenovanih virusov precej večje od uradno priznanih vrst, saj se v virologiji izraz "vrsta" nanaša na skupino sorodnih virusov, ki si delijo določene skupne lastnosti, kar se razlikuje od sistema razvrščanja pri drugih organizmih. Tudi uporaba izraza "kraljestvo" v virologiji ni enaka njegovi uporabi v drugih bioloških skupinah, kjer odraža skupine na visoki ravni in predstavljajo popolnoma ločene skupine organizmov (glej Kraljestvo (biologija))

Definicije

Definicija virusa Trenutno sprejeto in uradno definicijo 'virusa' je izvršni odbor ICTV sprejel novembra 2020 in ratificiral marca 2021 in je naslednja:

Definicija vrste Vrste so osnova vsakega biološkega sistema klasifikacije. Pred letom 1982 je veljalo, da virusov ni mogoče vključiti v koncept vrste Ernsta Mayrja, ker ne ustrezajo definiciji vrste, ki temelji na razmnoževanju. Leta 1982 je ICTV določila vrsto kot "skupino sevov" z edinstvenimi prepoznavnimi lastnostmi. Leta 1991 so to definicijo natančneje opredelili in določili, da je virusna vrsta politetični razred virusov, ki se razmnožujejo znotraj iste evolucijske linije in živijo v določenem ekološkem okolju.

Od leta 2021 (zadnja izdaja ICVCN) ICTV definira virusno vrsto tako: "Vrsta je najnižji taksonomski rang v hierarhiji, ki jo potrdi ICTV. Vrsta je monofiletska skupina MGE-jev (mobilnih genetskih elementov), ki se po svojih značilnostih razlikuje od drugih vrst na podlagi več različnih meril.". V pojasnilu je navedeno: "Merila za razlikovanje vrst znotraj istega rodu, določi ustrezna študijska skupina. Ta merila lahko vključujejo katere vrste organizmov virus lahko okuži (naravni in eksperimentalni gostiteljski spekter, katere celice ali tkiva napada (celična in tkivna tropičnost), kako nevaren je (patogenost), ali potrebuje posebne prenašalce (specifičnost vektorjev), kako se imunski sistem nanj odziva (antigenost) in koliko so si njihovi geni ali genomi podobni (genetska sorodnost). Uporabljena merila morajo biti objavljena objavljena v poročilu ICTV in jih mora ustrezna študijska skupina redno pregledovati."

Rangi pod vrsto (poimenovani virusi/virusni sevi/izolati) Obstaja veliko virusov, ki imajo svoje ime in jih pogosto imenujemo "virusni sevi", ti pa so razvrščeni pod taksonomskim rangom virusne vrste. ICVCN navaja primere virusa mozaika črnega očesa (blackeye cowpea mosaic virus) in virusa črtavosti kikirikija (peanut stripe virus), ki sta oba uvrščena v vrsto virus navadnega mozaika fižola (Bean common mosaic virus), slednji je član rodu Potyvirus, ki bo v prihodnosti prejel dvočlensko znanstveno ime Potyvirus [vrsta...]. Drugi primer sta virus SARS-CoV-1, ki povzroča hud akutni respiratorni sindrom (SARS) in virus SARS-CoV-2, povzročitelj pandemije COVID-19. Čeprav sta ta dva virusa različna, spadata v isto virusno vrsto, ki pripada rodu Betacoronavirus. Trenutno je ta vrsta znana kot hud akutni respiratorni sindrom povezan s koronavirusom, vendar bo po odločitvi ICTV iz leta 2021 tudi ta vrsta v prihodnosti dobila uradno dvočlensko ime. V skladu z ICVCN (poglavje 3.4), ICTV ne ureja imen [in definicij] taksonov pod rangom vrste; "Poimenovanje takšnih entitet ni odgovornost ICTV, temveč mednarodnih specializiranih skupin. Odgovornost študijskih skupin ICTV je, da preučijo, kako bi te entitete najbolje razvrstili v vrste." Na primer, virus, ki je povzročil pandemijo COVID-19, je leta 2020 poimenovala Coronaviridae Study Group (CSG) pri Mednarodnem odboru za taksonomijo virusov (ICTV) kot "SARS-CoV-2". V isti publikaciji je ta študijska skupina predlagala tudi pravila za poimenovanje posameznih izolatov tega virusa, ki "sledijo podobnemu formatu kot pri izolatih ptičjih koronavirusov, filovirusov in virusa influence" v obliki virus/gostitelj/lokacija/izolat/leto, z navedenim primerom kot "SARS-CoV-2/human/Wuhan/X1/2019".

Slovensko poimenovanje virusov V uradnem mednarodnem virusnem izrazoslovju so uradna imena virusov večinoma v angleškem jeziku. Virusi imajo lahko svoja domača imena. Ime je sestavljeno iz črke, npr. virus B, črk in števk, npr. virus H5N1, kratice, npr. virus HIV, lastnega imena, npr. virus Dobrava, virus Lassa, virus Ebola, virus Marbourg, virus Zahodnega Nila. V zadnjih primerih gre za imenovalne prilastke ob vrstnem imenu, ki jih pišemo z veliko začetnico. Nekatera lastna imena sčasoma lahko postanejo del jezika; pišemo jih z malo začetnico, npr. virus ebole, virus denge.

Slovensko poimenovanje rastlinskih virusov Slovensko poimenovanje rastlinskih virusov sledi načelu, da se za različne angleške izraze uporabijo različni slovenski izrazi, kar omogoča dosledno izrazoslovje tudi za nove viruse. Pri tem se izhaja iz uradnega imena virusa, pri čemer se upoštevajo že obstoječa slovenska imena iz literature.

V slovenskih besedilih je dovoljena uporaba kratice za ime virusa, pri čemer mora biti kratica pri prvi uporabi v besedilu razložena tako, da se zapiše slovensko ime virusa, v oklepaju pa mednarodno ime virusa, iz katerega kratica izvira, v poševni pisavi, vejico in kratico. Primer: virus pahljačavosti listov vinske trte (Grapevine fanleaf virus, GFLV).

Splošna pravila za poimenovanje virusov vključujejo naslednje:

Virus: Na prvo mesto se postavi beseda "virus". Bolezenska znamenja: Sledi opis bolezenskih znamenj, ki jih virus povzroča na gostiteljski rastlini (npr. mozaik, lisavost). Gostiteljska rastlina: Nato se navede ime gostiteljske rastline, na kateri je bil virus prvič najden in opisan. Ime rastline se uporablja v ednini, razen pri imenih, ki označujejo skupino (npr. citrusi, žita). Lastnosti virusa: Lastnosti virusov (npr. latentni, prikriti, kroglasti, nitasti) se postavijo pred besedo "virus". Črkovne ali številčne oznake: Če je virus poimenovan s črkami ali številkami (npr. A, X, Y, 1, 2, 3), se te oznake navedejo za besedo "virus". Brezpomenske oznake: Brezpomenske oznake (npr. hoja blanca, mirafiori, La Paz) se uporabljajo po enakem pravilu kot črkovne in številčne oznake, torej za besedo "virus". Zemljepisna lokacija: Ime zemljepisne lokacije se v slovenskem imenu virusa navede pred besedo "virus", pri čemer se upošteva slovenski pravopis. Vrstilni števnik: Če ima več virusov enako slovensko ime, se od drugega virusa dalje pred ime doda vrstilni števnik (npr. virus mozaika koruze in drugi virus mozaika koruze).

Primeri poimenovanja rastlinskih virusov, ki ponazarjajo različna pravila:

Virus rumenega mozaika fižola (Bean yellow mosaic virus, BYMV) – virus, poimenovan po bolezenskih znamenjih (rumeni mozaik) in gostiteljski rastlini (fižol). Prikriti virus ljuljke (Ryegrass cryptic virus, RGCV) – virus, poimenovan po lastnosti (prikrit) in gostiteljski rastlini (ljuljka). Virus A česna (Garlic virus A, GarV-A) – virus, poimenovan s črkovno oznako (A) in gostiteljsko rastlino (česen). Pakistanski virus kodravosti listov paprike (Pepper leaf curl Pakistan virus, PepLCPKV) – virus, poimenovan po zemljepisni lokaciji (Pakistan) in bolezenskih znamenjih (kodravost listov) ter gostiteljski rastlini (paprika). Reovirus iz rjavega riževega škržatka (Nilaparvata lugens reovirus, NLRV) - virus rastline poimenovan po živali.

Klasifikacija ICTV sličica|Primerjava taksonomije virusov 1991 in 2018b, ICTV Mednarodni odbor za taksonomijo virusov je v začetku 70. let 20. stoletja začel razvijati in uvajati pravila za poimenovanje in razvrščanje virusov, s čimer nadaljuje še danes. ICTV je edina organizacija, ki jo je Mednarodna zveza mikrobioloških društev pooblastila za razvoj, izboljševanje in vzdrževanje univerzalne taksonomije virusov po metodah, določenih v Mednarodnem kodeksu klasifikacije in nomenklature virusov (International Code of Virus Classification and Nomenclature). Sistem ima veliko skupnih značilnosti s sistemom klasifikacije celičnih organizmov, kot je struktura taksonov. Vendar pa obstajajo nekatere razlike, kot je, da se vsa taksonomska imena virusov pišejo v ležeči pisavi, za razliko od Mednarodnega kodeksa nomenklature za alge, glive in rastline in Mednarodnega kodeksa zoološke nomenklature.

Klasifikacija virusov se začne na ravni realm in se nadaljuje na naslednji način, s taksonomskimi priponami v oklepajih:

Kraljestvo (-viria) Podkraljestvo (-vira ) Kraljestvo (-virae) Podkraljestvo (-virites) Deblo (-viricota) Poddeblo (-viricotina) Razred (-viricetes) Podrazred (-viricetidae) Red (-virales) Podred (-virineae) Družina (-viridae) Poddružina ( -virinae ) Rod (-virus) Podrod (-virus) Vrsta

Vzporedno s sistemom dvočlenskega poimenovanja, ki je bila sprejet v celičnih vrstah, je ICTV leta 2021 uvedel pravilo, da se nove vrste virusov poimenujejo v dvočlenski obliki (rod vrsta, npr. Betacoronavirus pandemicum). Poleg tega je bilo določeno, da se bodo tudi obstoječa imena virusnih vrst postopoma nadomestila z dvočlenskimi imeni. V poročilu o stanju tega prehoda sredi leta 2023 je bilo zapisano: »...veliko število predlogov [v zvezi z nomenklaturo virusov, predloženih izvršnemu odboru ICTV (EC) v obravnavo] je preimenovalo obstoječe vrste zaradi skladnosti z nedavno odobrenimi dvočlenskimi imeni. Posledično ima 8.982 od skupno 11.273 vrst (80%) dvočlenska imena, preostalih 2.291 vrst pa bo preimenovanih do konca leta 2023."

Od leta 2021 se v taksonomiji virusov uporabljajo vsi rangi taksonov razen subrealm, podkraljestva in podrazreda. Trenutno priznani taksoni vključujejo: 6 realmov, 1 razred incertae sedis, 22 družin incertae sedis in 2 roda incertae sedis :

Realmi:

Adnaviria Duplodnavirija Monodnaviria Riboviria Ribozivirija Varidnavirija

Razredi Incertae sedis:

Naldaviricetes

Družine Incertae sedis: Alphasatellitidae Ampullaviridae Anelloviridae Avsunviroidae Bartogtaviriformidae Bicaudaviridae Brachygtaviriformidae Clavaviridae Fuselloviridae Globuloviridae Guttaviridae Halspiviridae Itzamnaviridae Ovaliviridae Plasmaviridae Polydnaviriformidae Portogloboviridae Pospiviroidae Rhodogtaviriformidae Spiraviridae Thaspiviridae Tolecusatellitidae

Rodovi Incertae sedis:

Dinodnavirus Rhizidiovirus

Klasifikacija virusov na podlagi strukture Predlagano je bilo, da podobnosti v sestavi in zgradbi virionov, ki jih opazimo pri določenih virusnih skupinah, ki okužijo gostitelje iz različnih domen življenja (npr. bakterijski tektivirusi in evkariontski adenovirusi ali prokariontski Caudovirales in evkariontski herpesvirusi), odražajo evolucijsko sorodnost med temi virusi. Zato je bilo predlagano, da bi se pri razvrščanju virusov poleg genetskih in drugih lastnosti upoštevale tudi strukturne značilnosti za določanje višjih taksonomskih rangov – t.i. strukturno osnovane virusne linije (structure-based viral lineages). – ki bi lahko dopolnile klasifikacijsko shemo ICTV iz leta 2010.

ICTV je postopoma dodajal višje taksonomske range na podlagi sorodnosti v zgradbi virusnih beljakovin. V letu 2019 je ICTV določil štiri realme glede na prisotnost specifičnega proteina z značilno zgradbo.

Baltimorova klasifikacija