Народни музеј Ниш је прва је установа те врсте основана 1. априла 1933. године од стране група заљубљеника окупљена око те године основаног Музејског друштва, чији су најистакнутији чланови били и његови оснивачи – Адам Оршић Славетић, Рудолф Братанић, Боривоје Гојковић, Александар Ненадовић и Боривоје Поповић.
Као установа комплексног типа, у својим фондовима музеј данас има око 40.000 експоната из области историје и историје уметности, археологије, етнологије, културне историје и нумизматике и две спомен збирке, Стевана Сремца и Бранка Миљковића. У његовом саставу су и конзерваторско-препараторске радионице, фото лабораторија и библиотека (са преко 10.000 књига).
Поред зграде у улици Генерала Милојка Лешјанина 14 и зграде у Николе Пашића 59 (где се налази и стална археолошка поставка), у саставу Музеја су и археолошки локалитет Медијана, историјски споменик Ћеле Кула, изложбени простор Галерија Синагога, Концентрациони логор на Црвеном крсту и нише у Тврђави које се користе као сувенирница.
Иако постоји скоро осамдесет година, Музеј није добио своју наменску зграду, и званично се налази на две адресе у улицама; Генерала Милојка Лешјанина 14 и Николе Пашића 59
Музеју је је 2023. године додељен Сретењски орден другог реда.
Музеј је добитник награде града Ниша „11. јануар“ (2013), две изложбе су биле проглашаване за културни догађај године – Од неолита до средњег века и Бранко Миљковић – поезија као суштина. Марина Влаисављевић је добила награду „Михајло Валтровић“ за изложбу Бој на Чегру. Предисторија Музејска делатност у Нишу зачета је током 19. века, након повећаног интересовања страних путописаца за Србију и након добијања унутрашње самоуправне границе добијене хатишерифом из 1830. и 1833. године. Прикупљајући податке о прошлости Србије они су полако почели да презентују своја истраживања још у време Османлија. Међу њима су били најзначајнији Ламартин који је 1833. објавио податке о Ћеле-кули, а седам година и Немац Ами Буе, који је писао етнографском богатству југоисточне Србије и нишког краја.
Историја мини|Kућа Христодулуових у којој је 22. октобра 1933. званично отворен Музеј, под именом Историјско – етнографски музеј града Ниша мини|Зграда у улици Николе Пашића 59, где је смештена археолошка збирка. мини|Оснивачки и надзорни одбор Музејског друштва из 1933. Народни музеј у Нишу основала је 1. априла 1933. године група нишких музеолошких ентузијаста окупљена око (исте године године, основаног) Музејског друштва, под именом Историјски музеј.
Првих месеци постојања Музеј је привремено био смештен у згради Учитељског дома. Прву музејску изложбу приказану у овом објекту видело је неколико хиљада посетилаца.
Шест месеци након свог оснивања (22. октобра 1933), музеј је пресељен у кућу Христодулуових тада називану и Христодулов конак. Тада је и званично отворен под именом Историјско – етнографски музеј града Ниша.
Музеј између два светска рата У периоду од 1934—1939. године, иако без регулисаног питања финансирања, Управа музеја организовала је археолошке истраживачке радове, који су у неколико наврата у различитом трајању, изведени на простору Ниша и околине. У истраживањима је учествовао већи број еминентних археологије тог периода – Никола Вулић, Јован Ковачевић, Боривоје Поповић и Владимир Фјукс.
У том периоду изграђена је зграда музеја на Медијани и покренуто издавање Моравско археолошког гласника. Артефакти музеја били су разврстан у седам збирки (нумизматика, праисторија, антика, средњи век, збирка уметничких слика и збирка оружја).
Музеј у току Другог светског рата Други светски рат прекинуо је једну од најпродуктивнијих етапа у развоју музеја. У току савезничко бомбардовању Ниша, огромну штету претрпео је град и његово становништво а 2. септембра 1944. године, и зграда музеја која је страдала од директног поготка бомбе, која је том прилико уништила велики број прикупљених артефаката.
Немачки нацистички окупатор је опљачкао збирку накита, збирку кујуџијских радова и друге вредне предмете из Етнографског музеја у Нишу.
Музеј од 1945 до данас Првобитна зграда музеја обновљен је 1945. године, али не и њена етнографска збирка артефаката која је у ратном вихору потпуно изгубљена, док су друге збирке биле преполовљене.
Назив Народни музеј Ниш, ова установа добила је 1947. Њен први задатак је био да обнови музејске поставке и анимира свест код грађана о потреби за сакупљањем старина. Поред откупа и поклона, настао је период у коме су се музејске збирке, поред откупа, поново попуњавале и путем археолошких истраживања.
Музеј је 1950. године пресељен у нове просторије у улици Станка Пауновића (данас улици Милојка Лешјанина) у којима се налази и данас. У овој згради смештено је историјско одељење под називом Музеј НОБ-а, а у згради бивше банке, једноспратној згради саграђеној 1894. године у нео-класичном стилу, у улици Петог конгреса (данас улици Николе Пашића), изложена је стална археолошка поставка музеја.
Године 1951. основана је Уметничка галерија у некадашњој Синагоги, а наредне године отворено је меморијално одељење Мија Станимировић, чија је поставка уклоњена 1957. године. Стална поставка спомен музеја на логору Црвени крст отворена је 1967. године.
У овом периоду даљем ширењу музеолошке презентације Народног музеја највише су допринели познати научни радници из Београда, међу којима су предњачили Ђорђе Мано Зиси, Милутин Гарашанин и Миодраг Грбић. Они су покренули нову сталну археолошку поставку музеја 1965. године.
Од последица НАТО бомбардовања 7. априла 1999. поново је оштећен.
0Године 2002. Музеј добија име које и данас носи – Народни музеј Ниш.
Задаци музеја Основни задаци Народног музеја су прикупљање, чување и презентација културних вредности у духу музеолошких принципа, који пре свега обухватају прикупљање, чување, документовање, изучавање и презентацију музејских вредности из ширег окружења и прибављање сазнања о историјским контекстима њиховог настанка.
Музеј се брине о чувању и унапређењу културног наслеђа као и о ширењу општих културних вредности и испуњавању васпитно – образовних задатака, кроз идеје и доживљаје које ствара. Он тако служи као извор знања, активног образовања и комуникацијски центар који афирмише вредности Нишког краја и његовом општем развоју.
Музеј се бави и издавање публикација. Пре свега научно-стручног гласила Музеја под називом „Зборник“ у коме радове објављују не само радници Музеја већ и велики број сарадника из других установа и музеја. Поред овог гласила музеј такође сваке године објављује и велики број различитих публикација, из области археологије, историје, уметности итд.
Музејске збирке Од свог оснивања нишки музеј је установа комплексног типа са археолошком, етнографском, историјском и уметничком збирком, одељењем књижевне заоставштине, едукације, документације и конзервације. Музеј поседује фотолабораторију и библиотеку са преко 14 000 публикација, међу којима је велики број старих и ретких издања.
У музеју се налази и већи број средњовековних предмета из периода након ослобађања од Турака 1878-1941, као и етнолошка збирка посвећена обичајима и свакодневном животу из Понишавља.
Прву збирку слика музеј је основао захваљујући дародавцима. Међу неколико дародаваца који налази се и име Моше Шоамовића.Драгољуб Ж. Мирчетић, Један век ликовне уметности у Нишу, Народне новине, Ниш, XIX-XX век, 1976, 10. Захваљујући његовој личној донацији Музеј поседује колекцију цртежа његових савременика, које су биле изложене у кући Христодулових у којој је био смештен Музеј. Добар део ових радова је страдао 2. септембра 1944. године за време бомбардовања Ниша. Данас се у Збирци историје уметности чува осамнаест дела, од чега седамнаест цртежа рађених оловком и један портрет урађен уљем на картону и две колорисане фотографије заведене у студијску збирку.Наташа Дрча, Зборник Народног музеја у Нишу, 1, Ниш, 1985, 90-91.
Народни музеј у Нишу био примарно је био надлежан, од 1964 – 1969. године, за рад новоосноване Ликовне колоније Сићево, као непосредан организатор рада Колоније и њених традиционалних јесењих изложби, донираних и откупљених радова учесника Колоније. У организацији Народног музеја, у прва пет сазива, у Сићевачкој колонији боравило је шездесет уметника из свих крајева Југославије, укључујући и четири из иностранства.
Из тог периода, у богатом ликовном фонду нишког Музеја („Збирка савремене уметности”), чува се осамдесет осам уметничких дела насталих у Ликовној колонији Сићево, у периоду од 1964. године, када је и обновљен рад некадашње колоније, до 1970. године, од када старање о организовању Колоније и излагању радова преузима на себе новооформљена Галерија савремене ликовне уметности у Нишу.
У својим фондовима Народни музеј Ниш има преко 40 000 предмета, из области археологије, историје и историје уметности, а поседује и две спомен збирке, Стевана Сремца и Бранка Миљковића. Народни музеј се стара и о културним добрима од изузетног значаја: археолошко налазиште Медијана, споменик Ћеле кула и меморијални музеј „12. фебруар”.
Археолошка збирка Археолошка збирка има експонате из времена праисторије који су пронађени у околини града. Највећи број експоната је из касноантичког времена са археолошког локалитета Медијана који се налази у Нишу. Византијски и средњовековни период су такође заступљени (као што су портрет византијске царице и стари српски накит из 12. века са локалитета Св. Пантелејмон).Дрча С., 2004 Археолошко благо Ниша од неолита до средњег века, Српска академија наука и уметности, Београд.Мирковић Л., 1954 – 1955 Старохришћанска гробница у Нишу, Старинар V – VI, Београд
Збирка историје уметности Збирка историје уметности садржи 858 слика, скулптура, цртежа и графика. Ова збирка настала је у Народни музеј у Нишу када је он био примарно је био надлежан, од 1964 – 1969. године, за рад новоосноване Ликовне колоније Сићево. Тада је у прва пет сазива, у Сићевачкој колонији боравило је шездесет уметника из свих крајева Југославије, укључујући и четири из иностранства, који су за собом оставили 858 уметничких дела.
Историјска збирка Историјска збирка постоји од оснивања музеја 1933. године. Први музеј је и радио под називом историјско – етнографски музеј града Ниша. Прва музејска поставка између осталих имала је и збирку оружја. Већина експоната из ове збирке страдала је у савезничком бомбардовању почетком септембра 1944. године када је погођена зграда музеја.
После Другог светског рата ова збирка поседује предмете из нишког краја током минулих мирнодопских и ратних периода.
Етнографска збирка
Спомен збирке У оквиру музеја се може посетити и спомен збирка предмета везаних за живот и дело писца Стевана Сремца и песника Бранка Миљковића.
Објекти У саставу Музеја су следећи објекти: Уметничка галерија у некадашњој синагоги, Логор Црвени крст, Археолошки локалитет Медијана и Ћеле-кула. Археолошки локалитет Медијана Медијана, римска Медијана () данас археолошки локалитет у источном делу Ниша, на пола пута за Нишку Бању, у време владавине цара Константина Великог, римско насеље или комплекс летњих резиденција типа урбаних вила и велико пољопривредно газдинство, отвореног типа, покрај пута, који је од Наиса водио ка истоку, према Сердици и даље према Константинополису. Насеље је настало на самом крају 3. или почетком 4. века.К. Јиречек, Војна цеста, Зборник Константина Јиречека I, 91–92.Зиројевић О. 1970 Цариградски друм од Београда до Софије, Зборник Историјског музеја Србије 7, Београд, 3-196.