мини|десно|300п|Пентагонова стратешка мапа рата против тероризма 2010.

Исламизам у Босни и Херцеговини у савременом смислу ријечи је присутан од времена распада Југославије.Политика: Вирус тероризма је одавно захватио БиХ По својој дефиницији, исламски тероризам је намјенска употреба незаконитог физичког и духовног насиља чији је циљ остварење политичких, идеолошких и вјерских циљева радикалних муслимана. Према оцјени Европола (Агенција за обезбјеђење Европске заједнице), исламски тероризам је највећа пријетња за већину земаља Европске уније.Политика: Еуропол: Исламски тероризам и даље највећа претња 13. 01. 2011.

Историја до 1991. Радикални ислам у модерном смислу ријечи своје коријене на подручју бивше Југославије вуче из времена пропасти Османског царства када у појединим муслиманским круговима долази до отпора било каквим промјенама. Расположење муслиманског становништва које је имало повлашћен положај у Османском царству је било негативно према било каквим промјенама које би довеле до смјене Османског царства и увођења модерног и равноправног и слободног друштвеног уређења. Само Османско царство је било предмет великог броја критика током читавог 18. вијека од стране великих сила попут Велике Британије, Русије, Француске и других. Критике су се посебно односиле на обесправљени положај хришћана у Османском царству. Османско царство је тек Париским миром 1856. признало равноправност муслимана и хришћана.

Хаџи Лојин терор Тако су на основу критика о обесправљеном положају хришћана пред сам крај владавине Османског царства Срби у Сарајеву први пут од пада под Османску власт добили од султана дозволу за обнову и изградњу цркве. До тада је у Сарајеву постојала само Стара црква. Саборна црква у Сарајеву је грађена у периоду од 1863. до 1871, а посвећење храма је заказано на Малу Госпојину 1871. године. У мају 1871. године је у Саборну цркву са 40 присталица ујахао Хаџи Лојо вичући да „власи никада без мртвих глава неће посветити цркве и у њој зазвонити“.Саборна црква у Сарајеву: Из успомена г. Петра Будимлића: Како је освештана нова Српска црква у Сарајеву Терор је над хришћанима, односно Србима спровођен све вријеме изградње саборног храма. Тек након већег броја посредовања конзула Руског царства, а посебно након посредовања Русије у прољеће 1872, султан Абдул Азиз је из Једрена у Сарајево послао Хамди-пашу са 1.200 војника како би могао да обезбиједи освештење Саборне цркве. Освештењу храма уз велико обезбјеђење су присуствовали сви конзули страних држава који су за овај догађај стигли из Београда, а султанов изасланик са својих 1.200 војника за обезбјеђење свечаности је напустио Сарајево два дана касније.

Аустроугарска мини|лево|50п|Шуцкори

Југославија мини|десно|250п|Мухамед Амин ал Хусеин поздравља смотру СС Ханџар дивизије у новембру 1943. Вријеме постојања Краљевине Југославије је пропраћено оснивањем радикалних исламских организација од којих је најпознатија панисламистичка организација Млади муслимани.

Млади муслимани

Млади муслимани су основани 1939. године пред Други свјетски рат. Ова панисламистичка организација је током Другог свјетског рата била повезана са јерусалимским муфтијом Амином ел Хусеином који је био оснивач квислиншке СС Ханџар дивизије. Један од активиста Ханџар дивизије је био и Алија Изетбеговић који је седамдесетих постао вођа Младих муслимана и аутор Исламске декларације.Andrew Bostom: Our Kosovo Folly: More Fulfillment of Izetbegovic’s “Moderate” Vision? Након ослобођења Југославије, ослободилачке власти хапсе и изводе на суђење припаднике Младих муслимана. У већем броју акција власти ликвидирају 13 вођа организације Млади муслимани. Алија Изетбеговић је ухапшен 1946. и осуђен на три године затвора, а хапшења осталих припадника трају током периода од 1945, па до 1949. године. Млади муслимани 20. и 21. фебруара у Сарајеву одржавају велики пленум Младомуслиманског Покрета након чега југословенске власти од 1. до 12. августа 1949. у Сарајеву организују суђење припадницима организације. Током процеса Младим муслиманима 1949. власти су ликвидирале седам вођа ове панисламистичке организације. Исламска вјерска заједница на свом вакуфском сабору 14. августа у Сарајеву доноси резолуцију у којој се каже:

Млади муслимани 1970. године илегално штампају Исламску декларацију аутора Алије Изетбеговића. Након повратка једног дијела вођа Младих муслимана из Исламске Републике Иран, југословенске власти 1983. покрећу судски процес (Сарајевски процес 1983) против ове групе панисламиста и исламских фундаменталиста у којој су припадници са Алијом Изетбеговићем као вођом осуђени за покушај разбијања Југославије, непријатељску пропаганду, стварања Исламске Републике Босне, штампања и растурање Исламске декларације итд. Група 14 Младомуслимана је прво осуђена на укупно 89, а након тога укупна казна је смањена на 48 година затвора. Млади муслимани су поново проглашени за терористичку организацију.

Након изласка из затвора, припадници организације Млади муслимани 1989. оснивају Муслиманску странку у Југославији (МСУЈ) која је била активна врло кратко, а 26. маја 1990. оснивају Странку демократске акције са Алијом Изетбеговићем на челу.

Алија Изетбеговић Алија Изетбеговић је током Другог свјетског рата био члан панисламистичке организације Млади муслимани и присталица СС Ханџар дивизије.The New York Times Company: Alija Izetbegovic, Muslim Who Led Bosnia, Dies at 78, 20. October 2003 Након оснивања СС Ханџар дивизије, Алија Изетбеговић је радио на регрутацији нових припадника Ханџар дивизије.The Centre for Peace in the Balkans: Alija Izetbegovic (President of Bosnian Muslims) Unwritten History Alija Izetbegovic, Vojin Joksimovich The National Interest: Alija Izetbegovic, 1925-2003, October 22, 2003 При крају Другог свјетског рата југословенске власти га хапсе 1. марта 1946. године и осуђују на три године затвора због учешћа и припадности панисламистичкој организацији Млади муслимани као и ради оснивања исламског журнала „Муџахид“ (Муџахедин). Године 1970. издаје Исламску декларацију за шта му је између осталог суђено 1983. током Сарајевског процеса. Као главнооптужени, Алија Изетбеговић је осуђен на 14 година затвора. Казну је служио нешто више од 5 година од 1983. до 1988. Крајем 1988. је пуштен из затвора након чега на позив Адила Зулфикарпашића одлази у Цирих, а након тога оснива Муслиманску странку у Југославији (МСУЈ) која је била активна врло кратко. На дан 26. мај 1990. Алија Изетбеговић заједно са другим припадницима Младих муслимана оснива Странку демократске акције. Исте године је у Сарајеву 14. децембра 1991. одржана обновитељска скупштина Младих муслимана.

Међународни исламски терористи Закир Рехман Лахви,Глас Српске: Ухапшен инструктор терориста из БиХ 10.12.2008. Абу Абдел Азиз, Ал Харби Теуфик, Имад ал-Хусеин (Абу Хамза).

Муџахедини

мини|десно|150п|Муџахединска застава Историја Муџахедини су у модерном смислу ријечи настали током рата у Авганистану (1979—1989) када као посљедица Хладног рата долази до конфронтације интереса Совјетског Савеза и Сједињених Америчких Држава која се испољила у подршци двије супротстављене фракције. У пропагандном рату САД је совјетску подршку промарксистичком режиму у Авганистану прогласила за борбу против ислама. Ова оптужба је довела на фокусирања муслиманске јавности на рат у Авганистану, као и конфронтације на вјерском нивоу. На овај начин је рат који је имао политичку основу представљен као вјерски сукоб који је окупио исламисте из разних земаља и удружио их у исламски свети рат (џихад). Између осталих исламиста, САД је подржавала и учешће Осаме бин Ладена и Талибана у борби против Совјетског Савеза. Након повлачења Совјетског Савеза 1989, рат се наставио између локалних фракција све до марта 1992. када на власт долазе Талибани и уводе Шеријатски закон, те на тај начин успостављају исламско друштвено уређење као супротност модерном демократском и секуларном друштвеном уређењу. Бин Ладенова терористичка група Ал Каида је била савезник талибана. Исламски ратници, односно муџахедини су током рата у Авганистану постали искусни и организовани у међународне исламске организације око којих су окупљани.

Након Авганистана муџахедини се на позив својих вођа у љето 1992. премјештају у Федерацију БиХ да би наставили исламски свети рат (џихад). Главнина муџахедина је потицала из Саудијске Арабије, Јемена, Алжира, Египта, Пакистана, затим у мањем броју Туниса, Ирака, Либана, Либије, Палестине и нешто из Јордана и Индонезије. Један број муџахедина су чинили Муслимани (касније Бошњаци).

Селафизам и панисламизам Филозофија исламских ратника је базирана на идеји да су сви муслимани браћа, да је сваки сукоб у коме учествују муслимани вјерски сукоб и да други муслимани треба да помогну својој браћи у том сукобу. Циљ међународног исламистичког покрета је успостављање исламског уређења путем исламског светог рата (џихада) који спроводе Алахови свети ратници (муџахедини). По мишљењу америчког стручњака за исламски тероризам Џона П. Шиндлера, веза између муслиманског политичког и вјерског вођства у Сарајеву и међународног исламског тероризма оличеног у Ал Акиди и муџахединима почива на исламском вјерском учењу салафизма. Селафизам као вид радикалног или изворног исламског учења је у смислу модерног покрета настао у Египту средином 19. вијека, а путем веза између покрета локалних (Млади муслимани) и египатских исламиста је пренесен међу муслимане на простору бивше Југославије. Салафизам као исламско учење је врло близак вехабизму, иако се позивају на исте принципе изворног тумачења Курана (враћање изворном исламу), ове двије групе се дистанцирају једни од других. Једна од већих организација која представља ово учење је Муслиманско братство чији слоган гласи „Куран је наш устав“. Селафизам се противи свакој иновацији и забрањује теолошку дискусију позивајући се да оно што је написано у Курану не може да се тумачи, него мора да се стриктно прихвати онако како је написано, односно буквално. Селафије се противе сваком националном утицају на тумачење и практиковање ислама и при томе заговарају изворни ислам који треба да се свуда тумачи и практикује једнако. Они испред националних интереса стављају интересе ислама, те су као такви противници арапског национализма који тумаче као идеју која разједињује муслимане. Идејно су поборници панисламизма јер заговарају исламско друштво без нација, односно једну велику исламску државу за све муслимане свијета. Ово је уједно и главна панисламистичка идеја Исламске декларације. Селафије одбацују западни систем вриједности попут идеологије демократије, социјализма и капитализма, затим концепт политичких партија, економије, националних устава и друго, а као супротност западном систему вриједности заговарају исламско уређење и исламски закон (шеријат), који је по њима виши закон у односу на било који други свјетовни или државни закон. Амерички стручњак за исламски тероризам Џон П. Шиндлер сматра да су Младомуслимани од свог оснивања непрестано заговарали исламски свети рат (џихад). Он сматра да су радикални муслимани рат који је почео у априлу 1992. доживљавали као борбу за муслиманску вјеру (џихад), а исти став су имали и лидери Странке демократске акције са Алијом Изетбеговићем на челу. Грегори Р. Копли, уредник америчког часописа „-{Defense & Foreign Affairs}-“ је написао да је муслиманска влада Алије Изетбеговића заједно са Странком демократске акције коју је назвао радикалном исламском партијом, од свог оснивања 1990. године уско повезана са Ал Каидом и низом других исламских терористичких организација, као и интелигенцијом Исламске Републике Иран.

Долазак муџахедина