Геноцид над Србима у Независној Држави Хрватској био је систематски прогон са циљем истребљења Срба који су током Другог светског рата починили хрватски фашисти (усташе) на територији квислиншке Независне Државе Хрватска (НДХ) од 1941. до 1945. године. Извођена је кроз егзекуције у логорима смрти, као и кроз мучења, масовна убиства, етничко чишћење, депортације, присилне конверзије и ратна силовања. Овај геноцид је извршен истовремено са Холокаустом у НДХ као и геноцидом над Ромима, комбиновањем нацистичке расне политике са крајњим циљем стварања етнички чисте Велике Хрватске.
Идеолошка основа усташтва сеже у 19. век. Неколико хрватских националиста и интелектуалаца успоставило је теорије о Србима као инфериорној раси. Наслеђе из Првог светског рата, као и противљење групе националиста уједињењу у заједничку државу Јужних Словена, утицало је на етничке тензије у новоформираној Краљевини Срба, Хрвата и Словенаца (од 1929. Краљевина Југославија). Шестојануарска диктатура и међуетнички односи 1920-их и 1930-их резултирали су успоном шовинистичких, сепаратистичких и крајње десничарских покрета. То је кулминирало успоном усташа, ултранационалистичке, односно шовинистичке и терористичке организације коју је основао Анте Павелић. Покрет је финансијски и идеолошки подржавао Бенито Мусолини, а учествовао је у убиству краља Александра I Карађорђевића.
Након инвазије Сила Осовине на Југославију у априлу 1941, успостављена је фашистичка, марионетска држава позната као Независна Држава Хрватска (НДХ), која се састојала од комплетних територија данашње Хрватске и Босне и Херцеговине, као и делова данашње Србије, Црне Горе и Словеније, којима су владале усташе. Циљ усташа је био стварање етнички хомогене Велике Хрватске елиминацијом свих нехрвата, при чему су Срби били примарна мета, али и Јевреји, Роми и политички неистомишљеници. Почињени су масакри великих размера и изграђени концентрациони логори, од којих је највећи био Јасеновац, познат по високој стопи смртности и варварским, антихуманим и монструозним поступцима који су се у њему дешавали. Штавише, НДХ је била једина марионетска држава Осовине која је успоставила концентрационе логоре смрти, посебно за децу. Режим је систематски убио око 200.000 до 500.000 Срба. Протерано је 300.000 Срба, док је још најмање 200.000 присилно покатоличено, од којих је већина деконвертована после рата. Сразмерно броју становника, НДХ је била један од најсмртоноснијих европских режима који је спровео кампању једног од најсмртоноснијих геноцида икада.
Миле Будак, Никола Мандић, Андрија Артуковић и други високи функционери НДХ, након рата су осуђени за ратне злочине од нових југословенских власти. Команданти концентрационих логора Љубо Милош и Мирослав Филиповић ухваћени су и стрељани, док је надбискуп и кардинал Алојзије Степинац, проглашен кривим за присилне конверзије. Многи други су побегли, укључујући и вођу усташа Анту Павелића, највише у Латинску Америку. Геноцид није на одговарајући начин истраживан након рата, јер послератна југословенска влада није охрабривала независне научнике из забринутости да ће етничке тензије дестабилизовати нови комунистички режим.
Данас, Србија обележава 22. априла државни празник посвећен жртвама геноцида и фашизма, Црна Гора и Република Српска су прогласили своје дане сећања, док Хрватска одржава званичну комеморацију на Спомен-подручју Јасеновац. Српска православна црква је канонизовала жртве геноцида и за светитеље су проглашени Свети српски новомученици јасеновачки, Свети мученици пребиловачки и Света деца мученици, јастребарски и сисачки.
Историјска позадина мини|усправно|десно|Анте Старчевић (1823—1896) био је хрватски политичар, провинцијални књижевник и публициста и, заједно са Еугеном Кватерником, оснивач Странке права утемељена на идеологији хрватског државног права. Још за живота назван је — као политички вођа и главни идеолог хрватског национализма — Оцем Домовине.
Идеолошка основа усташтва сеже у 19. век када је Анте Старчевић основао Странку права, као и када је Јосип Франк из ње отцепио своју екстремну фракцију и формирао своју Чисту странку права. Старчевић је извршио велики идеолошки утицај на хрватски национализам усташа. Био је заговорник хрватског јединства и независности и био је истовремено антихабзбуршки, јер је Старчевић видео главног хрватског непријатеља у Хабзбуршкој монархији, и био је антисрпски настројен. Замишљао је стварање Велике Хрватске која би обухватила територије насељене Бошњацима, Србима и Словенцима, сматрајући Бошњаке и Србе Хрватима који су прешли у ислам и православно хришћанство. У својој демонизацији Срба тврдио је „како су Срби опасни по своје идеје и свој расни састав, како им је у крви склоност ка заверама, револуцијама и државним ударима”. Старчевић је Србе назвао „нечистом расом”,, „номадским народом” и „родом робова, најодвратнијих звери”, док је суоснивач његове странке Еуген Кватерник негирао постојање Срба у Хрватској, видећи њихову политичку свест као претњу. Писац Милован Ђилас наводи Старчевића као „оца расизма” и „идеолошког оца” усташа, док су неки усташки идеолози Старчевићеве расне идеје довели у везу са расном идеологијом Адолфа Хитлера.
Франкова странка је прихватила Старчевићев став да су Срби препрека хрватским политичким и територијалним амбицијама, а агресивни антисрпски ставови постали су једна од главних карактеристика странке. Следбеници ултранационалистичке Чисте странке деснице били су познати као франковци и они ће постати главни скуп чланова каснијих усташких покрета. Након пораза Централних сила у Првом светском рату и распада Аустроугарске империје, на јужним територијама Царства формирана је привремена држава која се придружила Савезницима, Краљевини Србији, и формирала Краљевину Срба, Хрвата и Словенаца (касније позната као Југославија), којима је владала српска династија Карађорђевић.
Историчар Џон Пол Њуман је објаснио да су утицај франковаца, као и наслеђе Првог светског рата, утицали на усташку идеологију и на њихове будуће геноцидне намере. Многи ратни ветерани су се у различитим ранговима борили на разним фронтовима и на „победничкој” и „пораженој” страни рата. Србија је претрпела највећу стопу жртава на свету, док су се Хрвати борили у аустроугарској војсци, а двојица од њих су били војни гувернер Босне и Херцеговине и комисионер окупиране Србије. Обојица су подржали планове Аустро-Угарске о денационализацији у земљама насељеним Србима и подржали идеју да се припитомљена Србија укључи у Царство. Њуман је навео да су аустроугарски официри „непоколебљивим противљењем Југославији дали нацрт за хрватску радикалну десницу, усташе”. Франковци су кривили српске националисте за пораз Аустроугарске и противили се стварању Југославије, коју су идентификовали као параван за Велику Србију. Масовна хрватска национална свест појавила се након успостављања заједничке државе Јужних Словена и била је усмерена против нове Краљевине, тачније против српске превласти у њој.
лево|усправно|мини|Анте Павелић (1889—1959) је био један од оснивача и вођа фашистичког усташког покрета и ратни злочинац.
После окупације Југославије, нацистички окупатор поставља га на чело марионетске Независне Државе Хрватске, са титулом поглавника.
Хрватски интелектуалци с почетка 20. века Иво Пилар, Ћиро Трухелка и Милан Шуфлај утицали су на усташки концепт нације и расног идентитета, као и на теорију о Србима као инфериорној раси. Пилар, историчар, политичар и правник, ставио је велики нагласак на расни детерминизам тврдећи да су Хрвати били дефинисани „нордијско-аријевским” расним и културним наслеђем, док су се Срби „укрштали” са „балканско-романским Власима”. Трухелка, археолог и историчар, тврдио је да су босански Муслимани етнички Хрвати, који су, према њему, припадали расно супериорној нордијској раси, док су Срби припадали „дегенерисаној раси” Влаха. Усташе су пропагирале теорије историчара и политичара Шуфлаја, за кога се верује да је тврдио да је Хрватска била „један од најјачих бедема западне цивилизације дуги низ векова”, за који је тврдио да је изгубљен кроз уједињење са Србијом при формирању Југославије 1918. године.
Излив хрватског национализма после 1918. године био је једна од главних претњи стабилности Југославије. Током 1920-их, Анте Павелић, адвокат, политичар и један од франковаца, појавио се као водећи гласноговорник хрватске независности. Године 1927. тајно је контактирао Бенита Мусолинија, диктатора Италије и оснивача фашизма, и изнео му своје сепаратистичке идеје. Павелић је предложио независну Велику Хрватску која би требало да обухвати читав историјски и етнички простор Хрвата. У том периоду Мусолини је био заинтересован за Балкан са циљем изолације Југославије, јачањем италијанског утицаја на источној обали Јадранског мора. Британски историчар Рори Јоманс тврди да постоје индиције да је Павелић размишљао о формирању неке врсте националистичке побуњеничке групе још 1928. године.
У јуну 1928. Стјепана Радића, вођу највеће и најпопуларније хрватске странке Хрватске сељачке странке (ХСС), смртно је ранио у саборници Пуниша Рачић, вођа црногорских Срба, бивши четник и посланик владајуће странке Српска народна радикална странка. Рачић је такође убио још двојицу посланика ХСС и ранио још двојицу. Убиства су изазвала насилне студентске протесте у Загребу. Покушавајући да сузбије сукоб између хрватских и српских политичких партија, краљ Александар I је прогласио диктатуру са циљем успостављања „интегралног југословенства” и јединствене југословенске нације. Увођење краљевске диктатуре довело је до изражаја сепаратистичке снаге, посебно међу Хрватима и Македонцима. Усташко — хрватски револуционарни покрет појавио се као најекстремнији покрет од њих.
Усташе су настале крајем 1929. или почетком 1930. године међу радикалним и милитантним студентским и омладинским групама, које су постојале од касних 1920-их. Тачније, покрет су основали новинар Густав Перчец и Анте Павелић. Они су били вођени дубоком мржњом према Србима и српству и тврдили су да су „Хрвати и Срби били одвојени непремостивим културним јазом” који их је спречавао да икада живе једни уз друге.< Павелић је оптужио владу у Београду да пропагира „варварску културу и циганску цивилизацију”, тврдећи да шире „атеизам и зверски менталитет у божанској Хрватској”. Присташе усташа планирали су геноцид годинама пре Другог светског рата, на пример, један од главних Павелићевих идеолога, Мијо Бабић, писао је 1932. године да ће усташе „очистити и исјећи све што је труло из здравог тијела хрватског народа”. Усташе су 1933. представиле „Седамнаест начела” која су формирала званичну идеологију покрета. Начела су истакла јединственост хрватске нације, промовисала колективна права над индивидуалним правима и објавила да ће људи који нису Хрвати по „крви” бити искључени из политичког живота.
Да би објаснили шта су видели као „машину терора”, а коју су појединци редовно називали „неким ексцесима”, усташе су, између осталог, цитирале политику међуратне југословенске владе коју су описали као српску хегемонију која је „коштала живота хиљада Хрвата”. Историчар Јозо Томашевић објашњава да тај аргумент није тачан, тврдећи да је између децембра 1918. и априла 1941. око 280 Хрвата убијено из политичких разлога, те да се не може утврдити конкретан мотив убистава, јер се могу довести у везу и са сукобима током аграрне реформе. Штавише, навео је да су и Србима била ускраћена грађанска и политичка права током краљевске диктатуре.