Босански санџак је османска административна јединица другог нивоа која је постојала на просторима Босне и Рашке од 1463. године до административних реформи из средине 19. века. Први босански санџак-бег је био Иса-бег Исаковић. Након пада Јајачке бановине сједиште Босанског санџака је било у Јајцу. Главни град је касније помјерен у Сарајево, Бању Луку, Травник и на крају поново у Сарајево. Босански санџак у почетку био дио Румелијског пашалука, а оснивањем Босанског пашалука 1580. године улази у његов састав и постаје његова централна провинција. Исти статус је имао и од 1867. у Босанском вилајету.
Пропаст Босне и стварање Босанског Санџака Оснивање Босанског санџака
После пада Србије (1459) на правцу главног турског надирања налазила се краљевина Угарска, али је претходно требало покорити Босну да би се осигурао леви бок (према Млетачкој републици и хабзбуршкој Аустрији). Упутивши јаке коњичке снаге преко Дунава у јужну Угарску, султан Мехмед II Освајач је са главнином у пролеће 1463. продро у Босну преко Скопља, Косова и Сјенице. Због продора турских помоћних снага све до Темишвара, угарске снаге нису могле да се ангажују у одбрани Босне, у којој су Турци, због расула које је завладало међу феудалцима и њиховом војском, освојили за кратко време преко 100 градова (тврђава), међу којима Бобовац, Травник, Јајце и Кључ. Упоредо са освајањем Босне, Турци су заузели и знатан део територије херцега Стефана, који се с војском склонио у приморје. Босанска држава уништена је за око 6 недеља, а краљ Стефан Томашевић и најистакнутији великаши побијени. У градовима су Турци оставили своје посаде, а главнина војске се повукла, а са њом и снаге из Херцеговине, што је омогућило херцегу Стефану са синовима Влатком и Владиславом да запоседне изгубљене области.
Угарска противофанзива
Новоосвојене земље султан је 1463. претворио у Босански санџак са седиштем у Врхбосни (Сарајеву). Турска се тако дубоко уклинила између своја два јака противника, Угарске и Млетачке републике. Због непосредне опасности која им је претила, Мађари и Млечани склопили су војни савез против Турака 12. новембра 1463. После одласка турске главнине, Мађари су првих дана октобра продрли у Босну: под командом краља Матије Корвина прешли су главном колоном Саву код Градишке, избили до Кључа и Јајца, а слабијим снагама, под командом Имреа Запоље, кренули долином Врбаса. Половином октобра Матија је опсео Јајце, и 26. децембра 1463. принудио турску посаду на предају. Тог лета и јесени херцег Стефан са синовима освојио је 9 градова у источној Босни и сву југозападну Босну (Раму са Прозором, Ускопље и Ливно) чиме је затворио прилазе Јајцу с југа. Због пада Јајца предало се још 28 градова у доњој Босни; турски посед свео се, углавном, на Подриње, средњу и доњу Босну. Почетком лета 1464. султан је поново упао у Босну, безуспешно опседао Јајце од 12. јула до 22. августа, док је Махмуд-паша пустошио Хрватску (модрушку жупанију). Да би овладао североисточном Босном, Матија Корвин је у октобру 1464. продро на њено подручје са 17.000 коњаника и 7.000 крсташа и безуспешно опседао Зворник. У међувремену је Имре Запоља заузео Сребреник. Турци су сада задржали језгро Босне са Врхбосном (Сарајевом), Бобовцем и другим градовима, а Мађари Доње Краје и Усору од којих су основали Јајачку и Сребреничку бановину. Прва је обухватала слив Врбаса до ушћа са градовима: Јајце, Бањалука, Гребен, Сокол, Језеро, Венчац, Ливач, Комотин, Бочац и Звечај, а друга Сребреник и неколико мање значајних градова. Оне су, ослањајући се на Мачванску (Шабачку) бановину, представљале непрекидну граничну зону на десној обали Саве од Београда преко Тузле до Јајца, као брану турским продорима у Угарску. Хрватска је и даље остала изложена ударима из турског клина који је долином Сане дубоко залазио у област доње Уне, с упориштима у Каменграду и Кључу.
Пад Херцеговине и оснивање Херцеговачког Санџака
У јулу 1465. султан је, да би надокнадио губитке у северној Босни, упутио против Херцеговине јаче снаге под командом босанског санџак-бега Иса-бега Исхаковића, који ју је до краја године готово читаву освојио, изузев Новог са Драчевицом и Доње Неретве где се у Почитељу одржала мађарска посада упућена у помоћ херцегу.
Освојене области у Херцеговини Турци су у почетку претворили у један вилајет који су прикључили Босанском санџаку, а почетком 1470. основали су посебан Херцеговачки Санџак (у саставу Румелијског пашалука) са седиштем у Фочи. Преостале области (узан појас територије у Приморју са Новим и Рисном у Драчевици) наследио је син херцега Стефана, Влатко Вуковић Косача (1466-82), који се у борби против Турака ослонио на Угарску и на напуљског краља Фердинанда Арагонског. Турци су заузели Почитељ 20. септембра 1471.
Босански санџак Дауд-бег продро је у пролеће 1480. преко Хрватске у Штајерску, а одатле у Мађарску, све до Ђура, опленивши цело подручје, пошто је претходно преварио краља Матију и добио од њега слободан пролаз преко хрватског земљишта на подручје цара Фридриха. Да се освети, прешао је у јесен сам краљ Матија у Босну са једном војском, а другу је повео капетан доње Угарске Павле Канижи у Србију. Ова друга војска продре без много сметњи све до Крушевца, одакле преведе до 60.000 српских душа на мађарско подручје. Краљ Матија се зауставио код Гребена у близини Јајца. Један његов одред од 3—4000 људи, који су водили деспот Вук, јајачки бан Петар Доци (прослављени Дојчин Петар »варадински бан«) и хрватско-далматински бан Ладислав Егервари, прогонећи Турке, допро је све до Сарајева, па је ушао и у сам тај град око 8—10. новембра 1480, и ту три дана пленио и харао. После првог изненађења Турци су се прибрали, организовали отпор и потисли нападаче, којима, уосталом, није ни био циљ да изазову праву борбу, него да изврше један казнени препад. Краљ Матија је у свом извештају папи претерано, са самохвалисањем, представио тај поход као неки велики успех, који да је направио пустош у Босни и потпуно обезглавио Турке, док је он у ствари био само једна смела ратничка авантура без икаквих трајнијих последица.
Борбу око престола у Турској, која је настала после смрти Мехмеда Освајача (умро 5. маја 1481) између његових синова Бајазита и Џема, покушао је да искористи Влатко Херцеговић да прошири своју територију, али узалуд. Босански санџак Дауд-паша, пресрео је Влатка код Невесиња и потпуно га разбио, па се херцег повукао у Нови под заштиту мађарске посаде и неколико бродова напуљског краља Фердинанда. У децембру 1481. је херцеговачки санџакбег Ајаш () опсео Нови, који му се предао 28. јануара 1482. Од читаве Херцеговине остао је слободан од Турака само Кош на острву Посредници (код данашњег Опузена) у којем се (од 1471) налазила мађарска посада, вероватно до 1490.
Херцег Влатко спасао се са својим људима на савезничку, напуљску флоту. Умро је после неколико година (1489) на острву Рабу, где су му Млечани дали последње уточиште. Његов брат Ахмед-паша Херцеговић постао је 1481. зет новога султана, Бајазита II (који је брзо савладао брата Џема), и имао је дугу и успешну каријеру. Освајањем Босне Турци су уништили последњу државу на Балкану.
Административна подела и организација војске Прелазни период и исламизација Доласком Турака почео је и процес исламизације становништва, при чему су значајну улогу одиграле предности које су имали муслимани у односу на хришћане (ослобађање од харача, неограничене могућности напредовања, имовинска сигурност). Турци су из тактичких разлога, плашећи се незадовољства босанског становништва и акције ситног племства, које је такође било незадовољно окупацијом, обновили крајем 1465. босанско краљевство са домаћим владаром на челу-Матијом Котроманићем (последњи пут се помиње 1476). Био је то јединствен случај у Царству. Ускоро су и Мађари на територији Босне коју су освојили именовали Николу Илочког (1471-77) за босанског краља. Турци су са собом довели у Босну и велики број муслиманских и хришћанских спахија из Скопског крајишта, међу којима је вероватно било и људи из Босне, првенствено исламизованих млађих представника феудалне класе одведених приликом ранијих упада. Вилајети и нахије мини|Босански санџак и околне територије око 1600. године. Османско друштвено уређење са јаком централном влашћу, изразито војничког карактера, разликовало се од затеченог уређења средњовековних држава, где је владар делио власт са властелом и великашима. У освојеним областима основна војно-административна јединица била је вилајет, који се састојао из више жупа или нахија. На челу вилајета био је вилајетски субаша (војвода), а на челу нахије-нахијски субаша (војвода).
Босански санџак се у почетку делио на 4, а касније на више мањих вилајета. Вилајет који је у почетку обухватао краљеве земље, подељен је на три мања: Сарај (Врхбосна) са седиштем у Сарајеву (5 нахија), Брод са седиштем у Зеници (2 нахије) и Неретву са седиштем у Коњицу (2 нахије). Земље Павловића и Ковачевића образовале су вилајете Павле и Ковач. Први се одржао до 19. века, а други је прикључен вилајету Павле и Зворничком санџаку. Упоредо је проведена и судско-административна подела на кадилуке, која се углавном подударала са вилајетима. Од рашке области образован је вилајет-кадилук Нови Пазар са нахијама: Звечан, Рас, Јелеч и Сјеница. Стабилизацијом турске власти, подела на кадилуке остала је у оквиру цивилне управе, а вилајетско уређење постепено је губило свој ранији војно-политички значај и задржано је само у спахијско-тимарској организацији. Крајем 15. века Босански санџак имао је 5 спахијско-тимарских вилајета: Нови Пазар (4 нахије), Павле (9 нахија), Сарај (3 нахије), Брод (8 нахија) и Неретва (4 нахије). Херцеговачки и Зворнички санџак мини|Херцеговачки санџак око 1600. године. Најстарији вилајети у Херцеговини били су Дрина (3 нахије), Пријепоље (Милошево), Благај и Неретва, а крајем 15. века Херцеговачки санџак имао је вилајете: Соко (5 нахија), Бистрицу (4 нахије) и Загор или Загорје (10 нахија).
Зворнички санџак, са седиштем у Зворнику, основан је око 1480. од 5 нахија које су до тада биле у саставу Смедеревског санџака као један вилајет и две нове, Орсат и Брвеник. Овај санџак је формиран ради одбране пограничних области од Мађара. Касније, њему су припале још Сребреничка бановина (1512) и Мачва (1521). Зворнички санџак обухватао је вилајете: Зворник (5 нахија), Брвеник (4 нахије), Корај (13 нахија) и Бејурделен (Шабац-6 нахија). Због војног значаја Босанског санџака, неки санџаци у Србији, као Приштински и Вучитрнски, били су током ратних операција везани за њега.
Војна организација Највиши представник власти у санџаку био је санџакбег-до почетка 16. века звао се крајишник или војвода. Санџакбег Босанског санџака руководио је освајачким акцијама према Хрватској и Далмацији. У односу на суседне санџаке он је био први међу једнакима, па су му се за ратне операције они потчињавали само по налогу Порте или румелијског беглербега. За решавање важнијих војних, политичких и управних питања санџакбег је имао саветодавно веће или диван.
Војна организација Босанског санџака није се могла битно разликовати од османлијског војно-феудалног уређења, али је имала понеку посебну црту. Основну снагу босанске провинцијске војске сачињавале су спахије, које се појављују у запоседнутом делу Босне још пре 1463. Они су са собом водили у рат и пратњу (џебелије), чији је број зависио од величине тимара. На гласу су биле босанске акинџије, познате по многобројним пљачкашким упадима у суседне мађарске и млетачке земље у 15. и почетком 16. века. Акинџије је касније потиснуо нови војнички ред-делије. Међу старије војничке редове у Босни спадају и војнуци, којих је у Босанском крајишту од 1455. било око 300. Од средине 16. века они постепено губе значај, док, најзад, нису заједно са акинџијама сведени на степен раје. Уз акинџије и војнуке, као лаке коњанике у Босни, сусрећемо и сејмене (пешаке).