Географија Малезије бави се физичком и људском географијом Малезије, земље југоисточне Азије. Постоје два главна дела ове земље, полуострвска Малезија на западу и источна Малезија. Поред тога, постоје бројна мања острва која окружују обе копнене масе. Полуострво Малезија налази се на најјужнијем делу малајског полуострва, јужно од Тајланда, северно од Сингапура и источно од индонежанског острва Суматра, Источна Малезија обухвата већи део северног дела острва Борнео, са копненим границама које се деле са Брунејима на северу и индонежанским Борнеом који је на југу.
Клима лево|мини|283x283пиксел|Малезија се налази у екваторијалном региону и има тропску прашумску климу. Смештена у близини екватора, клима Малезије је категорисана као екваторијална, врућа и влажна током целе године. Просечна количина падавина је годину дана, а просечна температура је . Клима на полуострву и истоку се разликују, јер на климу на полуострву директно утиче ветар са копна, за разлику од поморских временских прилика Истока. Малезија је изложена ефекту Ел Нињо, који смањује кише у сушној сезони. Глобално загревање ће вероватно имати значајан утицај на Малезију, повећавајући ниво светског мора и кише, повећавајући ризике од поплава и водећи до великих суша.
Малезија се суочава са две сезоне монсунских ветрова, југозападним монсуном од краја маја до септембра и североисточним монсуном од октобра до марта. Североисточни монсун, пореклом из Кине и Тихог океана, доноси више падавина у поређењу са југозападним монсуном, који потиче из пустиња Аустралије. Март и октобар чине прелазе између два монсуна.
На локалну климу утиче присуство планинских ланаца у читавој Малезији, а клима се може поделити на ону на висоравни, низијама и приобалним регионима. Обале имају сунчану климу, са температурама између 23 °C и 32 °C, а киша се креће од 10 до 30 cm месец дана. Низије имају сличну температуру, али следе препознатљивији образац киша и показују веома висок ниво влажности. Висоравни су хладније и влажније и показује веће температурне разлике. Велика количина облачности је присутна изнад висоравни, које имају ниво влажности који не пада испод 75%.
Највиша температура забележена је у месту Чупинг, Перлис, 9. априла 1998. године износила је . Најнижа температура (званична) забележена је на планини Кинабалу, Сабах, 28. октобра 2018. године са -2,4 °C. Највише снежних падавина забележено у годину дана било је на планини Кинабалу, Сабах, 1975, 1990. и 1993. године. Највише кише забележено у једном дану било је 608 mm у Кота Бхару, Келантан, 6. јануара 1967. Највише кише забележено у години било је у Сандакану, Сабах 2006. године. У међувремену, најмање кише забележено у години било је у Тавау, Сабах 1997. Највлажнији град у Малезији је Кучинг, Саравак са просечном кишом од са 279 кишних дана годишње. Најсушније место у Малезији је у Ситиавану, Перак, са просечном количином падавина од само 1,787 mm годишње.
Геологија десно|мини|324x324пиксел|Топографија полуострва Малезије. Малезија је тектонски неактивна. Најстарије стене у земљи датирају од пре 540 милиона година и углавном су седиментне. Најчешћи облик стена је кречњак, настао током палеозојске ере. Кречњак положен у источној Малезији током терцијарног периода од тада је еродирао и таква ерозија формира басене седиментних стена богатих нафтом и природним гасом. Планински ланци у Малезији настали су кроз орогенезу која је започела у мезозојској ери.
Укупна копнена површина Малезије износи , 66. по величини држава на свету по површини. Једина је земља која садржи копно и на Азији и на Малајском архипелагу. Полуострво Малезија чини , или готово 40% копнене површине земље, док Источна Малезија покрива , или 60%. Од укупне површине земљишта, или 0,37% чини вода као што су језера, реке или друге унутрашње воде. Малезија има укупну обалу од , а полуострвска Малезија има , док Источна Малезија има обале.
Малезија има 29. најдужу обалу на свету. Два различита дела Малезије, међусобно одвојена Натунским морем, деле углавном сличан пејзаж по томе што и западна (полуострвска) и источна Малезија имају обалне равнице које се уздижу до брда и планина. лево|мини|255x255пиксел|Топографија малезијског Борнеа. Полуострво Малезија покрива јужну половину малајског полуострва, и простире се на од севера ка југу, а његова максимална ширина је . Надморске висине је преко . Отприлике половина полуострва Малезије покривена је гранитом и другим магматским стенама, трећину више покривају слојевите стене старије од гранита, а остатак наплавина.Encyclopædia Britannica. The Land (West Malaysia).
Луке су доступне само на западној страни полуострва, а најплодније земљиште настаје када речне долине излазе у море. Обалне равнице које се граниче са тесним мореузима Малака најгушће су насељена подручја Малезије и садрже главни град Малезије Куала Лумпур.
Источна Малезија, на острву Борнео, има обалу од . Подељен је између приморских крајева, брда и долина и планинске унутрашњости. Постоје само два велика града, Кучинг и Кота Кинабалу. Већи део јужног Саравака чине обалне низије, које се померају на низ висоравни које иду ка северу, завршавајући се у планинским регионима Сабах.
Планински венци десно|мини|273x273пиксел|Планина Кинабалу, највиша тачка Малезије, налази се у Сабаху. Малезија је углавном равна, са многим планинским ланцима, али скромне висине раштркане на њеној територији. Изузетка је Crocker Range, највиши планински ланац у Малезији смештен у држави Сабах, који државу дели на пола. Он укључује планину Кинабалу, највишу планину у земљи, као и планину Тамбујукон, трећу по висини у земљи. Планина Кинабалу, на , највиша је планина у Малезији, која 55% виша од планине Трусмади као друга највиша у Малезији и заштићена је као Национални парк Кинабалу, место Унескове светске баштине.
Планински ланци на истоку прате стазе север-југ или североисток-југозапад, а највиши ланци чине границу између Малезије и Индонезије. Планине садрже многе шиљасте врхове кречњака. У ланцу Трусмади, такође у Сабаху, налази се планина Трусмади. Брдо Бомбалаи у Сабаху једини је активни вулкан у Малезији.
Полуострво Малезија садржи бројне планинске венце који се пружају паралелно од севера према југу дуж полуострва. Главни планински ланац су планине Титивангса, које деле полуострво између његове источне и западне обале. У њему се налази планина Корбу, други највиши врх на полуострву. Ове планине су јако пошумљене и углавном су састављене од гранита. Распрострањеност је порекло неких речних система полуострва Малезије. Источно од овог ланца налази се венац Бинтанг. Највиши врх на полуострву је планина Тахан, смештена на ланцу Тахан.
Пећине Бројне пећине пролазе кроз земљу због крашког пејзажа узрокованог кречењем воде која еродира. Пећине Мулу у источној Малезији су највеће пећине на свету. Налазе се између ланца Пенамбо и Брунеја и чине главну туристичку атракцију. На дугачка и висока Саравачка комора је највећа пећинска комора на свету. Остале познате пећине су Јеленска пећина и Лангова пећина.
Острва мини|294x294пиксел|Плажа на острву Реданг у Јужнокинеском мору. Малезија садржи бројна острва, од којих је највеће Банги острво у Сабаху, који има површину од . Следе острво Бетруит у Сараваку, Лангкави у Кедаху и острво Пенанг. Највеће острво које се дели са другом државом је Борнео, а следи острво Себатик. Поред тога, Малезија се налази унутар светске дистрибуције коралних гребена. Гребени се обично могу наћи око острва Сипадан, Свалов Реф и острва Реданг. Острво Сипадан, подморска планина, једино је океанско острво у Малезији.
Шуме мини|276x276пиксел|Рекреативна шума на реци Бантанг у округу Сегамат, Јохор. Малезијске шуме сврставају се у тропске кишне шуме. Отприлике 58,2% малезијског земљишта покривено је шумом. Велика количина низијске шуме присутна је испод надморске висине од . Источна Малезија, као и већина Борнеа, раније је била покривена низинским кишним шумама Борнеа са преко 2000 врста дрвећа. Међутим, већи део је очишћен, због повећања сече шуме од 1960-их и повећања променљиве обраде. Преко 80% шума Саравака је оборено, а сеча дрва широм Источне Малезије загадила је водене токове, повећала ерозију и оштетила пољопривреду. Неке државне владе су сада предузеле мере да зауставе деградацију прашуме.
Малезијске прашуме су направљене од разних врста, углавном Dipterocarpaceae, мочвара и мангрова. Већину шума чине Dipterocarpaceae, чије врсте су усредсређене у Малезији. Има преко мангрова у Малезији. Нека подручја су означена као шумски резервати, државни паркови или национални паркови. Управљање овим резерватима је под контролом одељења за дивље животиње и националног парка, шумског одељења Саравака, шумарског одељења Сабах, Сабах фондације и Сабах паркова. Од 2000. године постоје две локације светске баштине под природном категоријом: Национални парк Кинабалу и Национални парк Гунунг Мулу.
Екорегије Малезија је подељена на неколико еколошких региона тропских шума.
Полуострво Малезија је дом полуострвских малезијских кишних шума, горских кишних шума, тресетних мочварних шума и полузелених кишних шума.
Источна Малезија дом је низинских кишних шума Борнео, планинских кишних шума, тресетних мочварних шума, слатководних мочварних шума југозападног Борнеа и шума Сундаланд..
На западној обали полуострва Малезије чести су мангрове обале Мјанмара. Индогринске мангрове обрубљују источну обалу полуострва Малезије. , July/August 2007,
Екстремне тачке Најјужнија тачка Малезије налази се у округу Сериан, у граду Саравак. Рт Танџунг Пијаи на јужном врху Јохора је најјужнија тачка на полуострву, а самим тим и целе континенталне Евроазије. Најисточнија тачка налази се на врху полуострва Дент у округу Лахад Дату у Сабаху. Најсевернија тачка налази се на северном врху острва Банги. Најзападнија тачка је острво Перак, стена од пешчара која је део државе Кедах.
Водене површине десно|безоквира|288x288п Између полуострвске Малезије и Источне Малезије налази се море Натуна, највеће водено тело око Малезије. Са западне обале Пенинсулара постоји Малајски мореуз према југу, и Андаманско море према северу. Малајски мореуз, који се налази између Суматре и полуострва Малезије, вероватно је најважнија транспортна стаза на свету. Ова мора су маргинална мора Индијског океана.
Поред источне обале полуострва Малезије налази се Јужнокинеско море, док се мали део на северу налази у Тајландском заливу. Они чине део маргиналних мора Тихог океана. Јохоров мореуз, са југа полуострва, делује као поморска граница Малезије и Сингапура. У источној Малезији, западне обале Сабаха и Саравака окренуте су ка Јужнокинеском мору. Североисточна обала Сабаха окренута је према Сулуском мору, док је југоисточна окренута према Целебеском мору.
Малезија захтева 12 наутичких миља () као његове територијалне воде, које се протежу у корални троугао. Такође има ексклузивну економску зону од на основу наутичких миља од обалске основне линије. Територијални захтев за Малачки мореуз деле Малезија и Индонезија у складу са уговором потписаним 1970. године познатим као Уговор између Републике Индонезије и Малезије о одређивању граничних линија територијалних вода двеју нација на Малачком мореузу.
Језера десно|безоквира|285x285п Језеро Бера у Пахангу једно је од највећих језера у Малезији и једно од два природна језера у Малезији са језером Чини. Језеро Педу удаљено је 12 km од дугог језера које се налази 5 km од малезијско-тајландске границе и језера Кењир је највеће вештачко језеро у југоисточној Азији.
Реке Постоји много система река који се налазе око Малезије. Најдужа је река Рајанг у Сараваку, дужине 760 km. Друга по дужини је река Кинабатанган у Сабаху, дужине . Најдужа река на полуострву Малезије је река Паханг дужине .
Дивљина Малезија је мегадиверсна земља, са великим бројем врста и високим нивоом ендемизма. Ове шуме садрже рафлезије, највећи цвет на свету. Чишћење низинских кишних шума Борнеа проузроковало је повлачење дивљих животиња у планинске кишне шуме у унутрашњости.
Природне катастрофе