Фауна Шкотске је углавном типична за северозападни европски део палеарктичког појаса, иако су неки од већих сисара у земљи били истребљени изумирањем у историјском периоду, а људска активност је такође довела до увођења различитих врста дивљих животиња. Разноврсна шкотска умерена станишта подржавају 62 врсте дивљих сисара, укључујући популацију дивљих мачака, значајан број сивих и обичних фока и најсевернију колонију великих добрих делфина на свету.Matthews Многе популације птица вресишта, укључујући црног и шкотску јаребицу, живе овде, а земља има међународно значајна гнездилишта за морске птице као што је северна ганета.Fraser Darling and Boyd (1969) pp. 7, Сури орао је постао национални симбол,Benvie а белорепи орлови и рибари су недавно поново колонизовали земљу. Шкотски крстокљун је једина ендемска кичмењачка врста у Уједињеном Краљевству.In the past, this claim has been made on behalf of other species such as the red grouse (now considered to be a sub-species of willow ptarmigan) and Irish stoat (Mustela erminea hibernica), also now considered to be a sub-species of stoat. Loxia scoticas position as a true species is a matter of debate but the current consensus is that it does have this status (see for example Miles and Jackman (1991) pp. 21–30 and Benvie (2004) p. 55.) The position of the freshwater fish the vendace Coregonus vandesius is disputed, with many authorities considering it to be a synonym of Coregonus albula.Adams, William Mark (2003) Future Nature. British Association of Nature Conservationists p. 30. Retrieved 14 July 2009. This source lists the UK's endemic species as being "14 lichens, 14 bryophytes, 1 fern, 21 higher plants, 16 invertebrates and 1 vertebrate (the Scottish crossbill)."Perhaps because endemic vertebrates are all but absent from the UK neither SNH nor JNCC appear to provide a definitive "list" but it is clear that the Scottish crossbill is the only endemic bird, (Gooders (1994) p. 273. and "Scottish Crossbill: Loxia Scotica" (pdf) JNCC. Retrieved 7 July 2009.) and that there are no endemic freshwater fish (Maitland, P. and Lyle A.A. (1996) "Threatened freshwater fishes of Great Britain" in Kirchofer, A. and Hefti, D. . Basel. Birkhauser.) or mammals ("The British Mammals list" ppne.co.uk. Retrieved 7 July 2009.) in Britain. There are too few amphibians and reptiles native to the UK for there to be any doubt that no endemic species exist. The position is implied, although not stated by SNH in their Information and Advisory Note Number 49 "Priority species in Scotland: animals" Retrieved 7 July 2009. See also Myers, Norman (2003) "Conservation of Biodiversity: How are We Doing?" (pdf) The Environmentalist 23 pp. 9–15. Retrieved 7 July 2009. This publication confirms there is only one "endemic non-fish vertebrate species" in the British Isles, although it fails to identify the species concerned. Мора око Шкотске спадају међу биолошки најпродуктивнија на свету; процењује се да укупан број шкотских морских врста премашује 40.000. Дарвинови гребени су значајно подручје дубокоморских хладноводних коралних гребена откривено 1998. године. У унутрашњости, готово 400 генетски различитих популација атлантског лососа живи у шкотским рекама. Од 42 врсте риба које се налазе у слатким водама земље, половина је стигла природном колонизацијом, а половина људским уношењем. Само шест врста водоземаца и четири копнена гмизавца су аутохтоне у Шкотској, али тамо живе бројне врсте бескичмењака које су иначе ретке у Уједињеном Краљевству (УК).Miles and Jackman Процењује се да око 14.000 врста инсеката, укључујући ретке пчеле и лептире заштићене плановима очувања, настањује Шкотску. Агенције за заштиту природе у УК забринуте су да климатске промене, посебно њихови потенцијални утицаји на планинске платое и морски живот, угрожавају велики део фауне Шкотске.See for example Johnston, I. (29 November 2006) "Sea change as plankton head north'". Edinburgh. The Scotsman. This report quotes James Lovelock's concern that global warming will "kill billions" of people over the coming century. Станишта thumb|right|шкотски борова шума, Дисайд Шкотска ужива разноврсна умерена станишта, укључујући листопадне и четинарске шуме, као и вресишта, планинска, естуарна, слатководна, океанска и тундраска пејзажна подручја. Око 14% Шкотске је под шумама, великим делом у плантажама, али пре него што су људи крчили земљу, она је подржавала много веће бореалне каледонске и листопадне шуме.Although no one denies that past forests were much larger, they disagree about the timing and causes of the reduction. Many writers, from the 16th century author Hector Boece to the 20th century naturalist Frank Fraser Darling, believed that the woods were much more extensive in Roman times than today. However, it is now thought that deforestation of the Southern Uplands, caused by climate and by people, was well underway when the legions arrived. See Smout Иако знатно смањени, значајни остаци аутохтоних шума шкотског бора могу се пронаћи. Вресишта и тресетишта покривају 17% Шкотске. Кејтнес и Сатерленд имају једно од највећих и најочуванијих подручја покривеног тресетишта на свету, које подржава карактеристичну заједницу дивљих животиња. Око 75% земљишта Шкотске класификовано је као пољопривредно (укључујући и нека вресишта), док урбана подручја чине око 3%. Обала је дуга , а број острва са копненом вегетацијом је скоро 800, од чега се око 600 налази уз западну обалу. Шкотска поседује више од 90% запремине и 70% укупне површине слатке воде у Уједињеном Краљевству. Постоји више од 30.000 слатководних лохова и 6.600 речних система. Под окриљем Европске уније и њене Директиве о стаништима, 244 локалитета у Шкотској који покривају више од прихваћени су од стране Европске комисије као Посебна подручја очувања (SAC)."SACs in Scotland" Joint Nature Conservation Committee. Retrieved 29 September 2018. Quoting the Scottish Office. . The Scottish Office, Edinburgh. Retrieved 2 January 2007. Мора Шкотске спадају међу биолошки најпродуктивнија на свету и садрже 40.000 или више врста. Двадесет четири SAC-а су морска подручја, а још девет су приобална са морским и неморским елементима. Ови морски елементи обухватају површину од око . Дарвинови гребени, који покривају око , разматрају се као први офшор SAC."Offshore" in this context means not incorporating any land.. Сисари Шкотска је била у потпуности прекривена ледом током Плеистоценских глацијација.Save for the Atlantic outlier of St Kilda. Maclean Како се постглацијална клима загревала и лед повлачио, сисари су мигрирали кроз предео. Међутим, отварање Ламанша (са порастом нивоа мора) спречило је даље миграције, тако да копнена Велика Британија има само две трећине врста које су стигле до Скандинавије. Хебридска острва уз западну обалу Шкотске имају само половину врста које се налазе у Британији.Murray Шездесет две врсте сисара живе дивље у и око Шкотске, укључујући 13 врста које се налазе у приобалним водама. Сматра се да популације трећине копнених врста сисара опадају услед фактора као што су загађење животне средине, фрагментација станишта, промене у пољопривредним праксама, нарочито прекомерна испаша, и конкуренција уведених врста. Ниједна врста сисара није јединствена за Шкотску, иако је мишић са Сент Килде, Apodemus sylvaticus hirtensi, ендемска подврста шумског миша која достиже двоструку величину у односу на сроднике са копна,Benvie а оркнијска волухарица или cuttick, Microtus arvalis orcadensis, која се налази само у архипелагу Оркни, подврста је обичне волухарице. Могуће је да су је рани насељеници донели пре око 4.000 година. Постоји више познатих припитомљених шкотских раса сисара укључујући Highland Cattle, Shetland Pony, Eriskay Pony, Soay Sheep и Scottish Terrier. Месоједи thumb|Европска дивља мачка (Felis silvestris) Заступљеност породице ласица (Mustelidae) у Шкотској типична је за Британију у целини, осим што твор недостаје, а Шкотска је главно упориште у УК за куну боровку,Corbet and Ovenden иако је чистоћа ове врсте угрожена пуштањем америчких куна у северној Енглеској.Benvie Шкотска је домаћин јединих популација шкотске дивље мачке (Felis silvestris silvestris) на Британским острвима, чији се број процењује на између 400 и 2.000 јединки, као и подврсте црвене лисице Vulpes vulpes vulpes, која је крупнија од чешће V. v. crucigera и има два различита облика.Matthews Дивља мачка је угрожена због недовољне законске заштите и сада се сматра врстом у озбиљном ризику од изумирања.Benvie Hull Године 2013. објављено је да ће острво Càrna обезбедити уточиште и узгојну станицу ради заштите ове врсте."Remote island plan to help save Scottish wildcats from extinction". (23 September 2013) Glasgow. The Herald. Retrieved 25 September 2013. Истребљивање популације подивљалих америчких норки, које су доведене у Британију ради фарми крзна педесетих година 20. века, спроводи се у оквиру Hebridean Mink Project и Scottish Mink Initiative, који настоје да створе зону без норки на великом подручју од Wester Rossа до Taysideа.Haworth, Jenny (3 February 2009) "National cull may exterminate UK mink". Edinburgh. The Scotsman.Ross, John (12 May 2011) "Wildlife Groups agree £1m plan to wipe out American mink nuisance". Edinburgh. The Scotsman. Осим повремених залуталих јединки, међу фокама су заступљене само Phocidae, односно безушне фоке. Две врсте, сива фока и обична фока, присутне су уз обалу Шкотске у међународно значајном броју. Године 2002. популација сиве фоке у Шкотској процењена је на 120.600 одраслих јединки, што представља око 36% светске популације и више од 90% популације УК. Шкотска популација обичне фоке износи 29.700, што је око 90% УК и 36% европског укупног броја. Глодари, инсективори и лагоморфи thumb|Црвена веверица (Sciurus vulgaris) Од црвених веверица у УК, 75% се налази у Шкотској. Ова врста се суочава са претњама које укључују конкуренцију уведене сиве веверице, а „Scottish Strategy for Red Squirrel Conservation“ пружа оквир за подршку њеном дугорочном очувању.The Scottish Wildlife Trust have announced a four-year project to commence in the spring of 2009 called "Saving Scotland's Red Squirrels". See "A new era for Scotland's red squirrels?" in Scottish Wildlife (November 2008) No. 66. Edinburgh. Истраживања из 2007. године приписала су раст популације куне боровке помоћ овом програму селективним предаторством над сивим веверицама.Watson, Jeremy (30 December 2007) "Tufty's saviour to the rescue". Scotland on Sunday. Edinburgh. Шкотска нема популацију јестивог пуха ни лесковог пуха, нити жутовратог миша, а распрострањеност жетвеног миша ограничена је на јужни део земље. Миш са Сент Килде и оркнијска волухарица (види горе) су ендемски, али су у осталом распореду популације слични остатку копнене Британије.Corbet and Ovenden (1984) pp. 152, Колоније црних пацова данас се вероватно налазе само на острву Inchcolm у Firth of Forth, након успешног програма искорењивања на Shiant Isles. Копнене популације инсективора углавном су сличне остатку Британије. Недавни кораци NatureScotа, Scottish Executiveа и Royal Society for the Protection of Birds ради уклањања европских јежева са Outer Hebrides, где је њихово увођење изазвало пад међународно значајних популација гнездећих барских птица као што су пјешчар, прстенаста пловерка и црвеноноги спрудник, изазвали су значајне контроверзе, а одстрел јежева је обустављен 2007. године. Ухваћене животиње се сада премештају на копно. Програм је смањио ову популацију; само две јединке су ухваћене 2007. године.Ross, John (3 November 2007) "3,2,1 ... and then there were none". Edinburgh. The Scotsman. Од лагоморфа у Шкотској су заступљени само зечеви и кунићи. Планински зец је једини аутохтони представник породице зечева и доминантна је врста у већем делу планинске Шкотске. Европски зец и европски кунић су такође присутни, при чему су куниће у Британију донели Римљани али нису постали широко распрострањени у Шкотској све до 19. века. Парнокопитари thumb|Шкотски јелен мужјак (Cervus elaphus scoticus)