Молдавски покрет отпора током Другог светског рата супроставио се Румунији и Немачкој, као део већег Совјетског партизанског покрета. Молдавска Совјетска Социјалистичка Република (МССР), данашња Молдавија, створена је у августу 1940. године након совјетске анексије, а поново је враћена од стране Румуније током операције Барбароса. Молдавски отпор прошао је преко нове административне границе: током периода од 1941. до 1944. Бесарабија је поново била уврштена у састав Румуније као полуаутономна губернија, док су подручја преко Дњестра била под управом одвојене губерније Придњестровље. Убрзо након немачко-румунске инвазије у јуну – јулу 1941. године, Комунистичка партија Молдавије (КПМ) наредила је стварање партизанске мреже. Наредба је била у великој мери неефикасна у стварању организованог покрета због брзог распада совјетских територијалних структура у Бесарабији. Неки рани организатори одлучили су да напусте своје положаје, а совјетске покушаје да се инфилтрирају искусни партизани преко линије фронта често је осујећивала специјална обавештајна служба. Ипак, партизанске формације су извршавале велике нападе на румунску инфраструктуру, на Бендер и околину. Док су румунски документи идентификовали категорије локалног становништва под утицајем комунистичких идеја као пасивну компоненту отпора, различити модерни историчари указују на укупну непопуларност комунизма у Бесарабији због чега је покрет био маргинализован.
Никита Салогор, млађи секретар КПМ-а, добио је задатак да успостави партизански огранак у Бесарабији и Придњестровљу из свог седишта у Лењинску. Повезана са КПМ-ом и Централним штабом партизанског покрета, нова герилска снага била је мултинационална, а Румуни или Молдавци углавном су били недовољно заступљени, док су неке партизанске групе увек биле активне против румунске војске у Бесарабији, а до 1944. већина јединица Централног штаба које су успоставили у Молдавији бориле су се против Вермахта и Украјинске устаничке армије у Рајхскомесаријату Украјини. Међу њиховим командантима били су Василиј Андрејев, Иван Алешин, Николај Михаилович Фролов и Герасим Руди.
Од 1943. године, са преокретом стања на Источном фронту, повећала се партизанска активност, као и репресија румунских и немачких снага. Две румунске контраобавештајне јединице, центри Б и Х, премештене су у Бесарабију да им помогну у напорима. Северна Бесарабија је пала под Совјетима током Дњепарско-карпатске офанзиве почетком 1944. године, која је излагала југ даљем продирању СМЕРШ-а, а молдавске партизанске јединице помагале су Црвеној армији. Након совјетског напредовања у Румунији, Молдавска ССР је у потпуности успостављена и СМЕРШ је могао започети лов на оне Молдавце који су учествовали у противпартизанским напорима. Њихов прогон је такође био изазван масакрима над заробљеним партизанима од стране војски Осовине које су се повлачиле, у логорима постављеним у Тираспољу и Рибници.
Совјетска историографија и пропагандно писање признали су молдавски антинацистички отпор, који је описан у новели ,,Млада Гарда“ Александра Фадејева. Разни антисовјетски и постсовјетски аутори у неким случајевима су описивали партизане као терористе. Постоје неке трајне контроверзе око улоге мањина, посебно оних бесарабијских Јевреја који су били на мети холокауста, а чији је допринос генерално био умањен у совјетским изворима. Супротно томе, румунски писац Константин Виргил Георгију увео је полемичке тврдње према којима су све партизанске групе већином чинили Јевреји.
Активности Почеци Почетком 1941. румунски кондуктор Јон Антонеску започео је потпуну припрему за сукоб са Совјетима због враћања Бесарабије и северне Буковине. У мају, након што је обавештен о операцији Барбароса, Антонеску је изразио своју „апсолутну веру“ у нацистичку Немачку, сматрајући планирану анексију Бесарабије као чин одмазде и компоненту „светог рата“ против комунизма. Антонескуова припрема обухватала је извештаје различитих обавештајних агенција о томе како би Црвена армија могла да организује одбрану. Четврта румунска армија, смештена у Бакауу, посматрала је совјетске војнике који су били стационирани у Молдавском ССР-у и извештавала је са поверењем да су регрути били необучени и увек на ивици предаје. Специјална обавештајна служба (ССИ) вратила је песимистичнију пресуду, која је подразумевала помињање совјетске тенденције ширења рата на непријатељску територију. ССИ агенти су упозорили да би Совјети такође могли да убиру благодати мирнодопске пропаганде, „привукавши [радничку и сељачку масу из непријатељске војске, као и [цивилно] становништво, на страну револуције."
Дана 30. јуна 1941. године, осам дана након почетка инвазије сила Осовине, Централни комитет КПМ издао је писмо локалним партијским комитетима са упутствима за стварање подземних организација и партизанског покрета иза непријатељских линија. Препоручено је да се особље за подземни рад бира између предратних чланова тајне бесарабијске комунистичке организације, а да партизанске групе укључују људе који добро познају језик и локалне услове. У писму се саветује да се предузму крајње мере предострожности ради очувања завере, посебно у бесарабијским регионима, и да партизанске групе и партизански одреди у почетку треба да обухватају само до 10-15 особа. У складу са овим упутствима, КПМ је донео одлуку о стварању три подземна партијска одбора, 13 подземних партијских организација и 8 партизанских одреда у деловима републике источно од Дњестра, док је на бесарабијским територијама предвидео 139 партизанских одреда и известан број подземних партизанских група. Свеукупно је доделило 1.479 појединаца за организационе задатке у вези са партизанским покретом. Црвена армија и тајна полиција, или НКВД, започели су задатак наоружавања локалног становништва, али нису успели да успоре темпо напада Осовине. У међувремену, „бесарабијска“ или „молдавска“ антинацистичка ћелија формирана је у нацистичкој Француској, након поделе у Румунској комунистичкој партији. Ова група, која је имала неодлучни статус пре наци-совјетског рата 1941. године, чинила је Бесарабијску унију, која је усмеравала подршку француском покрету отпора и прикупљала средства за нападе на немачке циљеве.
У Бесарабији је брзи напредак трупа Осовине довео до брзог распада владиних структура и мрежа КПМ-а. Извори румунске војске известили су да је већина локалног становништва отворено поздравила нову администрацију, дубље анализе жандармерије изразиле су забринутост због „бесарабијског начина размишљања“, сугеришући да је совјетска индоктринација умањила у региону прорумунски осећај. Међутим, како је приметио историчар Игор Кашу, многи кадрови КПМ-а одлучили су се да не евакуишу регион, преферирајући румунску окупацију: "[они] су доживели стаљинистички терор 1930-их и знали су шта могу очекивати повратком совјетске администрације." Званичне совјетске процене сугеришу да је 100.000 Молдаваца, укључујући око 2.200 КПМ кадрова, побегло у Украјинску ССР. Према Кашуу, овај број је вештачки висок и искључује оне који су се вратили у Бесарабију „кад је опасност од совјетске репресалије избледела." У августу 1941. године, Централни комитет КПМ-а послао је комесара Луку Диаченка, бившег министра шумарства МССР-а, на територију под контролом Румуније, где је требало да организује активан отпор. Диаченко је узвраћао поруке изјављујући да није погодан за тај задатак и да му је због тога одузето чланство у странци. Још један активиста послат да организује партизане био је Пинкус Туркеничи, који се такође одлучио да одбије задатак због чега му је суђено за дезертерство. Организациони рад ћелија МССР морао је тајно да се одвија под непријатељском окупацијом, неки од предвиђених партизанских одреда и подземних организација никада нису постали активни.
Разне групе су биле потврђене као активне иза линије фронта Осовине против румунске војске и ратне администрације. Већ у јулу 1941. расуте групе партизана и „банде наоружаних цивила“ напале су оклопне бригаде Четврте армије, наносећи им само минималну штету. Дана 6. јула комсомолска омладина из Шаптебанија, укључујући бесарабијске Јевреје и Молдавце, реорганизована је у ћелију отпора. Двојица његових чланова, браћа Мордар, пуцала су и убила немачког војника, а потом су убијени у Петрушенију. А. Н. Романенко је око 14. јула формирао једну малу јединицу у Војнови, која је вероватно била одговорна за рушење железничког моста у оближњемy Буковцу, пре него што су је прорумунски цивили издали и заробили.
thumb|440px|Припадници Јуденрата из Балција чекају егзекуцију (15. јула 1941). Бернард Валтер (трећи слева, у белом оделу) био је једини преживели са ове слике Румунски извештаји указују на неколико случајева пуцњаве усмерене на немачко особље и камионе око Балција. Током једног таквог препада, партизани Василе Кожокару и Николај Кавчук успешно су разоружали патролу Вермахта и побегли са њиховим пушкама. Дана 15. јула члановима Јуденрата из Балција наређено је да предају све комунисте за које су знали да се крију у локалном гету, али су одбили да им се повинују. Уследила је одмазда: 66 Јевреја, укључујући 20 таоца Јуденрата, убијени су од стране Шуцштафела. После још једног партизанског напада 19. јула, немачка команда наредила је локалној полицији да задржи 75 мушкараца као таоце, а сви су потом погубљени.
Трупе стациониране у Кишињеву такође су биле на мети партизанских напада, почевши од када је Валеријан Триколич бацио гранату на румунску батерију у Пушкиновом парку. Извештавано је и о саботажи током првих дана окупације, где су радници уништавали индустријску опрему у фабрици керамичких плочица у Кишињеву и запалили градску фабрику сапуна. Формиране су неке групе које су биле у великој мери независне од КПМ група које су заговарале совјетски патриотизам, а понекад су биле попуњене комсомолском омладином. Основане су у Берлинцима, Белавинцима и Синђереју, док су Јевреји у Бриченију формирали самоодбрамбену јединицу која је спречила погром. Последња група, која се састојала од 47 људи, учествовала је у пуцњави са румунским трупама 22. јула.
Неуспех Окупаторске власти су одговориле појачавањем репресија. Стварајући свој гувернатор Придњестровље, румунске власти успоставиле су у Тираспољу велики концентрациони логор за војнике Црвене армије и заробљене партизане. Дугорочно гледано, ово је имало нежељени ефекат гурајући локално становништво да се организује у подземне мреже како би помогло затвореницима да побегну, понекад користећи мито да пригуше ,,будност“ румунских стражара. У августу је шеф румунске полиције у Бесарабији Павел Епуре утврдио да су комунисти који су остали на слободи „дезоријентисани и паралисани“ - према историчару Пјотру Шорникову, ова процена је била тачна, али највише због тога што су КПМ-ови кадрови обавештени о масовним поразима са којима се сусрела Црвена армија. Дана 28. јула, румунски генерал Николаје Чуперка издао је ултиматум локалном становништву, захтевајући од свих појединаца који се баве подземним активностима да се предају или ризикују извршење по кратком поступку. Неколико дана касније, генерал Николаје Паланђану известио је о појачаним нападима на румунске трупе и војне конвоје и наредио чешљање села и шума у потрази за „комунистичким агентима“, указујући на то да они који су ухваћени у нападима на војску треба да буду стрељани. Репресивне мере тада су биле усмерене према локалном становништву које је помагало или штитило партизане, док је онима који су помагали у заробљавању партизана обећана награда од 10 до 25 хиљада леја и парцела земљишта.