Следи списак масакра и масовних егзекуција који су се догодили у Југославији током Другог светског рата. Подручја која су некада била део Југославије сада су делови Босне и Херцеговине, Хрватске, Косова, Србије, Словеније, Северне Македоније и Црне Горе; погледајте спискове масакра у тим земљама за више детаља.
Починиоци Већину масакра починиле су југословенске фракције током грађанског рата, док су бројне масакре починиле и окупационе снаге Осовине.
Усташе
Након инвазије на Југославију, марионетска држава Независна Држава Хрватска (НДХ) створена је од стране сила Осовине на подручјима већег дела данашње Хрватске и Босне и Херцеговине. Усташе су тежиле стварању етнички чисте државе истребљењем Срба, Јевреја и Рома кроз геноцидну политику. Према усташким званичницима, стварање етнички чисте Велике Хрватске осигурало би безбедност Хрвата од Срба. Према подацима немачког Министарства иностраних послова, током стварања државе број Срба износио је приближно 1.925.000. Највећи усташки геноцидни масакри извршени су у Босанској Крајини и у местима у Хрватској где су Срби чинили велики део становништва, укључујући Банију, Кордун, Лику и северну Далмацију. Између 300.000–350.000 Срба убијено је у масакрима и концентрационим логорима као што су Јасеновац и Јадовно. Само у Јасеновцу убијено је око 100.000 Срба, Јевреја и Хрвата антифашиста.
Четници
Четници су желели да створе етнички чисту Велику Србију тврдећи да је то неопходно ради опстанка Срба у подручјима под контролом Осовине/Усташа, насилно „чистећи” та подручја од Хрвата и муслимана., Koenemann Verlagsgesellschaft mbH, Koeln, (1997), ; Неколико историчара сматра четничке акције против муслимана и Хрвата геноцидом. Процене броја смртних случајева које су изазвали четници у Хрватској и Босни и Херцеговини крећу се од 50.000 до 68.000, док је у региону Санџака регистровано више од 5.000 жртава. Уништено је око 300 села и мањих градова, заједно са великим бројем џамија и католичких цркава. Четнички масакри над бошњачким становништвом догодили су се у источној Босни, која је, према историчару Марку Атили Хору, била „релативно нетакнута” од стране усташа до пролећа 1942. године. Историчар из Босне и Херцеговине Енвер Реџић има другачије мишљење и тврди да источна Босна уопште није била у релативном миру током периода 1941–1942. Он пише да су у лето 1941. убиства Срба већ почела и попримила шире размере у источној Босни, те да је антисрпска пропаганда усташа до тада имала успеха међу локалним муслиманима и Хрватима.: "In the summer of 1941 the genocide against the Serbs in eastern Bosnia acquired broader proportions in the areas of Birce, Vlasenica, Zvornik, ... There are grounds to claim that Ustasha anti-Serbian propaganda had success among Muslim and Croat populations of this area..." Бошњаци муслимани, посебно у источној Босни, чинили су велики контингент усташких јединица у региону и имали велику улогу у геноциду над етничким Србима у том подручју који је почео 1941. године. Бошњаци су се касније у току рата придружили и Вафен-СС јединицама које су биле озлоглашене по својој суровости према српском становништву. Српско становништво у региону Подриња (источна Босна) значајно је опало као резултат ових масакра и етничког чишћења. Хор тврди да касније поменути масакри нису били чинови освете, већ „израз геноцидне политике и идеологије четничког покрета.”
Југословенски партизани Југословенски партизани починили су различите масакре, нарочито као део „левих скретања” против идеолошких противника и осумњичених сарадника. На крају рата, партизани су спровели „чистке” у Србији (1944–45) и масакрирали десетине хиљада осумњичених сарадника током Блајбуршке предаје на крају и непосредно након рата. Етничке мањине, као што су Италијани (наиме истарски и далматински Италијани), биле су прогањане током масакра у фојбама у Јулијској крајини, Кварнеру и Далмацији, док су етнички Немци такође масакрирани током прогона Немаца у Југославији.
Окупационе снаге Осовине Немачке, италијанске, мађарске и бугарске окупационе снаге учествовале су у злочинима над југословенским становништвом у виду масовних убистава цивила и талаца као одмазда за нападе партизана и отпор. Злогласни примери укључују крагујевачки масакр који су починиле немачке снаге, као и албанске Вафен-СС јединице, које су убиле више од 400 православних цивила у Андријевици, Новосадску рацију коју су починиле мађарске снаге, и злочине италијанских снага, као што је масакр у Подхуму.
Списак