Naustajaure kan syfta på ett antal insjöar i Sverige:

Naustajaure (Arjeplogs socken, Lappland), sjö i Arjeplogs kommun, (16 km²) Naustajaure (Jokkmokks socken, Lappland), sjö i Jokkmokks kommun, (7,5 km²)

Kategori:Listor över Sveriges insjöar baserat på namn