Flarksjön kan syfta på ett antal insjöar i Sverige:
Flarksjön (Los socken, Hälsingland), sjö i Ljusdals kommun, (17,1 ha) Flarksjön (Ytterhogdals socken, Hälsingland), sjö i Härjedalens kommun, (57,2 ha) Lill-Flarksjön, sjö i Skellefteå kommun, Stor-Flarksjön, sjö i Skellefteå kommun, (15,6 ha) Se även Flarken Flärksjön
Kategori:Listor över Sveriges insjöar baserat på namn