Mustjõgi kan syfta på följande platser: Estland

Põltsamaa jõgi, flod, Mustjõgi (Jägala), vattendrag i landskapen Harjumaa och Lääne-Virumaa, Mustjõgi (Endla järv), vattendrag i landskapen Lääne-Virumaa och Jõgevamaa, Mustjõgi (Gauja), vattendrag i landskapen Valgamaa och Võrumaa,

Se även Mustoja