Naturhistoriska museet kan syfta på:
Naturhistoriska riksmuseet – ett biologiskt och geologiskt museum i Stockholm Naturhistoriska museet, Helsingfors – ett museum i Främre Tölö i Helsingfors Göteborgs Naturhistoriska museum – ett naturhistoriskt museum i Göteborg Muséum national d'histoire naturelle – Frankrikes naturhistoriska riksmuseum Naturhistoriska riksmuseet, Bagdad – ett irakiskt naturhistoriskt museum i Bagdad
Se även Naturhistoriskt museum