Svenska kyrkans historia räknar sin bakgrund till kristnandet av Sverige under medeltiden. Den svenska kyrkan lagstadgades och betecknades som evangelisk-luthersk statskyrka i Sverige vid Uppsala möte 1593 under riksföreståndare hertig Karl. Reformationen fullbordades slutligen efter dennes avsättningskrig mot Sigismund. Namnet Svenska kyrkan kodifierades genom dissenterlagstiftningen på 1800-talet.
Från 800-talet till reformationen
miniatyr|S:t Sigfrids källa vid Husaby kyrka, dit många åker i tron att det var platsen för Olof Skötkonungs dop. Kristendomen infördes i Sverige i dess katolska form från 800-tal till sent 1000-tal av människor som kommit i kontakt med kristendomen i andra länder. Det skedde både genom handel och genom att kristna tagits till Sverige som trälar. Redan tidigare hade dock katolska missionärer från Tyskland och England verkat i landet. Ansgar, som ibland kallas ”Nordens apostel”, kom till Birka omkring 830 och grundade vad man anser vara den första kristna församlingen i Sverige. Fynd av en kristen gravplats i området kring Varnhems klosterkyrka från 800-talet tyder dock på att kristendomen kan ha kommit tidigare till Sverige.
Det första tydliga tecknet på att kristendomen fått fotfäste i större skala är Olof Skötkonungs dop, omkring år 1008. Den förste omnämnde biskopen i Sverige var Thurgot i Husaby som dog omkring år 1030. Enligt Adam av Bremen fick Olof Skötkonung vid tinget i Uppsala ett ultimatum, att respektera den gamla tron och blotandet vid templet i Uppsala mot att han valde ett landskap som fick bli kristet; han valde Västergötland och i samarbete med ärkestiftet Hamburg-Bremen, som var ansvarigt ärkebiskopssäte för missionen i Norden, bildades Skara stift, vilkets första biskop vigdes 1014.
I ett påvligt dokument från 1120 nämns Skara, ”Liunga kaupinga” (Linköping), "Tuna" (Eskilstuna), Strängnäs, Sigtuna och ”Arosa” (Västerås eller möjligen Östra Aros, det vill säga Uppsala) som biskopssäten. Senare under 1100-talet omnämns även Växjö och Åbo stift; dessutom flyttar Sigtuna till Uppsala. Stiften var från och med 1104 underställda ärkestiftet i Lund som då var danskt. Det dröjde till 1164 innan Sverige fick en egen kyrkoprovins med ärkebiskop i Uppsala; Uppsala kyrkoprovins var dock fortfarande formellt underställd Lund och förblev så fram till reformationen. Någon praktisk betydelse hade detta dock inte mot slutet av medeltiden.
Under 1100- och 1200-talen etablerade sig flera olika klosterordnar i Sverige: Alvastra, Nydala och Varnhems kloster grundades av cistercienserna medan dominikaner och franciskaner öppnade konvent i bland annat Visby och Skara.
Den katolska kyrkans viktigaste person i Sverige under 1300-talet var utan tvekan heliga Birgitta. Hennes uppenbarelser fick stor betydelse över hela Europa, både andligt och politiskt. Hon lyckades med tiden utverka tillstånd av påven att grunda Den helige Frälsarens orden, vilket ledde till klosterbygge i Vadstena efter hennes död.
Reformationen
Vid riksdagen i Västerås 1527 gavs kungen makt att dra in kyrkliga egendomar, och reformkatolska ideal möjliggjorde även lutherska teologers verksamhet.
Den ledande teologen bland reformatorerna i Sverige blev Olaus Petri, predikant i Storkyrkan i Stockholm. Redan år 1525 tog han steget att gifta sig. Tillsammans med en rad okända översättare skapade Laurentius Andreæ och Olaus Petri en svensk bibeltext som vilade på Luthers tyska och Erasmus av Rotterdams latinska bibelöversättning. År 1526 utgavs Nya testamentet på svenska, och 1529 en svenskspråkig kyrkohandbok med gudstjänstordningar för dop, vigselgudstjänst, kyrktagning, de sjukas smörjelse, begravningsgudstjänst och bikt av dödsdömda. 1531 publicerade han Den svenska mässan.
Relationen till kyrkan i Rom skakades år 1530 då Gustav Vasa utsåg Laurentius Petri (Olaus yngre bror) till ärkebiskop av Uppsala utan påvlig bekräftelse. Laurentius Petri biskopsvigdes av en tidigare biskop, något som inte skedde i Danmark. (Frågan om apostolisk succession är omdebatterad, och har senare kommit att betyda mycket för relationen med anglikanerna i Borgågemenskapen.) Kyrkan i Sverige bröt definitivt med påven när den kanoniska rätten avskaffades vid ett kyrkomöte i Uppsala 1536. Den befintliga kyrkoprovinsen, med dess stift och församlingar, omvandlades till ett självständigt trossamfund, vars kyrkobyggnader och egendomar förblev i stiftens och församlingarnas ägo.
Fram till 1535 kan Gustav Vasas kyrkopolitik karaktäriseras som reformkatolsk. Mellan 1539 och 1543 orienterade han sig mot de tyska kyrkornas mönster, bland annat under inflytande av Conrad von Pyhy, och bröderna Petri föll i onåd. Olaus Petri dömdes till döden 1540, men benådades. Från och med 1544 gynnade kungen åter en av bröderna Petri präglad inhemsk utveckling. Gustav Vasas privata teologiska hemmahörighet har av Carl-Gustaf Andrén karaktäriserats som ”bibliskt förankrad lekmannafromhet” snarare än luthersk, och under hans regeringstid behöll Svenska kyrkan en stor bredd bland prästerskapet. Hans söner skulle orientera sig i riktningar som kyrkan i längden inte skulle acceptera.
På kontinenten fick kalvinismen inflytande på 1560-talet, vilket bland annat påverkade kung Erik XIV och hans yngre bror hertig Karl, men denna avvisades av Svenska kyrkan vid ett kyrkomöte som hölls i Stockholm 1565. En inhemsk bekännelseskrift och kyrkoordning sammanställdes av Laurentius Petri 1571 och antogs vid ett kyrkomöte i Uppsala 1572: Den Svenska Kyrkoordningen.
Erik XIV:s bror kung Johan III föredrog reformkatolicismen, och försökte därför erhålla påvens tillåtelse att den Svenska kyrkan vid en eventuell återförening skulle kunna behålla gifta präster, gudstjänst på folkspråket, kommunion under båda gestalterna, samt en teologi baserad på kyrkofäderna snarare än på Tridentinska mötet. Dessa förhandlingar strandade. Däremot genomdrev Johan III ett tillägg till Den Svenska Kyrkoordningen, den så kallade Nova Ordinantia 1575 och en ny gudstjänstordning, den så kallade Röda boken 1576. I hertig Karls hertigdöme (Mariestads superintendentur) kom dessa böcker inte i bruk, och prästerskapet i hans landskap tog intryck av lutheranerna i norra Tyskland. Vid Uppsala möte 1593 antogs Augsburgska bekännelsen som rikets lära, och man beslutade sig för att återgå till Den Svenska Kyrkoordningen. De tre trosbekännelserna från den tidiga kyrkan behölls. Svenska kyrkan blev så ett evangelisk-lutherskt trossamfund. Det katolska prästerskapet tvingades konvertera eller lämna landet.
Under 1600-talet präglades Svenska kyrkan av luthersk ortodoxi, och från och med 1680-talet allt starkare band till statsmakten. Diakonvigningar föll ur bruk på 1660-talet, och samtidigt föll biskopens konfirmation av katekesungdomen ur bruk. Till bekännelseskrifterna lade man Martin Luthers lilla katekes och senare även Konkordieboken. 1686 års kyrkolag bestämde kyrkans verksamhet till 1993.
Väckelserörelserna och förändrad roll Under 1600-talets senare hälft, 1700-talet och tidigt 1800-tal nådde flera väckelser Sverige. Först pietismen i olika former, som nådde Sverige under 1600-talets senare hälft. Senare herrnhutismen (Evangeliska brödraförsamlingen har funnits i Stockholm sedan 1744). Väckelserörelserna gav upphov till inomkyrkliga lågkyrkliga rörelser såsom Læstadianismen 1844, den nyevangeliskt inriktade Evangeliska fosterlandsstiftelsen (EFS) 1856, folkkyrkodrivande ungkyrkorörelsen 1901 och den mer sentida karismatiskt inriktade Oasrörelsen 1989.
Religionsfrihet Emellertid ledde inte sällan väckelserna till konflikter med de lutherskt ortodoxa och enhetssamhället, varpå konventikelplakatet infördes 1726. En konsekvens av detta blev att radikalpietister och utländska missionärer, bland annat för metodismen (som börjat nå Sverige 1830), utvisades ur landet. Stugmöten utan prästs medverkan förbjöds, med undantag för 1800-talets byabön ledd av bonde som var bönpräst i nykolonialiserad norrländsk glesbygd. Många norrländska bönpräster blev sedermera lekmannapredikanter eller ordförande i EFS-föreningar, och byabönen fick betydelse för norrländsk väckelse.Sven Hansson, Byabön och bönbyar i gamla Ume socken, SCRIPTUM NR 41, Rapportserie utgiven av Forskningsarkivet vid Umeå Universitet, maj 1996, sid 35. Under 1800-talet började det lutherska enhetssamhällets dominans att brytas sönder. Bildandet av frikyrkoförsamlingar tog sin början 1848 då Sveriges första baptistförsamling grundades. Baptister kunde förlora sin anställning, det förekom stenkastning vid de första baptistiska dopförrättningarna och baptisternas barn tvångsdöptes ibland av Svenska kyrkan. Konventikelplakatets avskaffande 1858 ledde till mildrad religionslagstiftning och möjlighet för svenska medborgare att tillhöra andra trossamfund än Svenska kyrkan, något som tidigare varit möjligt enbart för utlänningar under Gustav III. Det dröjde sedan ända till 1951, då Lagen om religionsfrihet infördes, innan man kunde gå ur Svenska kyrkan utan att gå med i ett annat religiöst samfund som var godkänt av staten. Svenska kyrkan förlorade folkbokföringsuppdraget 1991 och dopet blev medlemsgrundande 1996.
Folkkyrkan Detta mönster av sönderbrytning inom Svenska kyrkan utmanades under 1800-talets slut och 1900-talets början av olika folkkyrkoteologier. Olof Holmström, vars folkkyrkoprogram låg till grund för bland annat verksamheten i Allmänna svenska prästföreningen och Svenska kyrkans diakonistyrelse, fick ett omfattande inflytande inom församlingsrörelsen. I Svenska kyrkan fick sådana tankar bred uppslutning bland såväl lekfolket som prästerskapet. I relation till församlingsrörelsen står den senare uppkomna ungkyrkorörelsen. Denna drevs av förgrundsgestalterna ärkebiskop Nathan Söderblom, biskop Einar Billing, biskop J.A. Eklund och Uppsalastudenten Manfred Björkquist. Rörelsen kom som gensvar på frikyrkliga väckelserörelsers uppkomst, samt socialdemokratins krav att avskaffa statskyrkan,Per Ewert, Landet som glömde Gud. Hur Sverige under 1900-talet formades till världens mest sekulariserade land. Norma 2022. . vilken senare grundades på den sekulära övertygelsen att religion var en privatsak. Ungkyrkorörelsen ämnade att ena det svenska folket under en och samma folkkyrka med mottot ”Sveriges folk – ett Guds folk” och med signaturpsalmen "Fädernas kyrka": en öppen kyrka som rymde alla och på så vis kunde skapa en gemenskap över samhällsgränserna.Den svenska folkkyrkans arkitekt ur Svenska Dagbladet Den genomförde bland annat "studentkorståg" 1909–1911 runtom i Sverige och var starkt betingad i Uppsala Kristliga Studentförbund som grundades 1901. Ungkyrkorörelsen bidrog till ett nytt framtidshopp för kyrkan.'Ungkyrkorörelsen' ur Nationalencyklopedin Senare forskning har mot bakgrund av kontinuitetsperspektivet med församlingsrörelsen ifrågasatt ungkyrkorörelsens och särskilt studentkorstågens inflytande. Folkkyrkotanken blev sedermera den värdegrund som Svenska kyrkan antog.
Högkyrklighet Högkyrkliga rörelser i olika former har traditionellt varit starka inom Svenska kyrkan, jämfört med andra lutherska samfund. Medan det är inkorrekt att sätta likhetstecken mellan högkyrklighet och Oxfordrörelsen eller Kyrklig förnyelse så är även dessa sammanhang onekligen delar av högkyrkligheten. Grunden för detta är att såväl gammalkyrkligheten och den svenskkyrkliga grenen av Luthersk ortodoxi har kallats för luthersk högkyrklighet. Den nya högkyrkligheten, även kallad nylutheranism ("Lundahögkyrklighet"), uppstod i Lund omkring Anton Niklas Sundberg, Ebbe Gustav Bring och Wilhelm Flensburg. Dessa satte kyrkan i förgrunden för frälsningen, framför tron och Ordet. Samma rörelse förekom i Tyskland runt Vilmar, Löhe och Kliefoth. De båda sistnämnda är idag stora inspirationskällor för den amerikanska Missourisynoden bland annat i deras förståelse av ämbetet.
Uddo Lechard Ullmans arbete med den nya kyrkohandboken 1894 blev viktigt för den liturgiska förnyelsen.