Спроби ліквідації церкви у 1939-41 роках Російська імперія систематично здійснювала спроби ліквідації Берестейської унії ще за часів поділу Речі Посполитої у XVIII столітті. Радянська влада, не приховуючи своїх намірів, поновила ці спроби після окупації західноукраїнських земель у вересні 1939 р., що до цього входили до складу Польщі.

Пропагандистський наступ супроти греко-католицької церкви розпочав журнал «Комуніст», який 9 жовтня 1939 року звинуватив її структури у співпраці з «польською буржуазією» та антирадянській агітації. В той же час було закрито 20 греко-католицьких видань і розпочато вилучення релігійної літератури з бібліотек і книгарень. Були закриті семінарія і монастирські новіціати. 22 жовтня 1939 обрані на псевдодемократичних виборах Народні збори України проголосували за декрет про націоналізацію всіх греко-католицьких будов, включно із церквами і монастирями. Функціонування греко-католицьких організацій було заборонено, а священики проголошені «суспільно непридатними» i обкладені високими податками, до 15 тисяч рублів щорічно. Митрополит особисто зустрічався з Микитою Хрущовим з приводу тих обтяжень, досягнувши невеликого послаблення.

Митрополит Андрей Шептицький видав 9 жовтня 1939 пастирський лист, в якому підкреслив трудність нової ситуації для церкви і підкреслив необхідність виховання дітей та молоді в дусі греко-католицької віри. Кількома місяцями пізніше він звернувся до священиків, щоб відкрито не виступали на боці жодної з політичних сил, аби уникнути подальших репресій. Шептицький дозволив також відправляти служіння у приватних будинках і пом'якшив засади відпущення для ченців на перебування поза монастирем. Проте насправді темп атеїзації суспільства не відповідав сподіванням сталінської влади, що й схилило владу до підвищення видатків на антирелігійну кампанію, яка провадилася засобами зв'язку, комсомолом і Спілкою войовничих безвірників. Збільшено і натиск на школи з вимогою введення у програми атеїстичних предметів, а також було проголошено робочими днями традиційні релігійні свята.

Паралельно з атеїстичною кампанією також почалися спроби впровадження впливу на Галицьких теренах Російської православної церкви. 17 жовтня 1939 Пантелеймон Рожновський був призначений єпископом Гродненським з дорученням проводити місіонерську діяльність в Західних Білорусі та Україні. В середині наступного року Микола Ярушевич став екзархом волинським. 28 жовтня 1940, незважаючи на опозицію навіть православних ієрархів, що застерігали від труднощів при можливій акції релігійного навертання, московський патріархат виразно задекларував бажання ліквідувати греко-католицизм.

Експансія Російської православної церкви та атеїзація краю була перервана початком німецько-радянської війни 22 червня 1941 року.

Поновлення наступу на УГКЦ у 1944—1945

Влітку та восени 1944 року радянська армія зайняла Східну Галичину, а також Закарпаття з греко-католицькою єпархією в Мукачево-Ужгороді, а невдовзі розширило гегемонію і на всі прилеглі території, де мешкали українці-уніати — Ряшівщину, Лемківщину та Пряшівщину. У листі до кардинала Тісеранта (березнь 1944) Шептицький висловлював великі побоювання у зв'язку з поверненням радянських окупантів. Спочатку радянська влада не приділяла уваги питанням атеїзації. Зокрема було дозволено урочисто поховати Шептицького, який помер 1 листопада того ж року та участь в похороні представників нової влади. Проте вже в квітні 1945 Й. Сталін затвердив план з 10-ти пунктів, опрацьований діячами української компартії, котрий закладав ліквідацію Греко-католицької церкви та посилення православних структур в Україні. Поновилися атаки на священиків у пресі. Радянська преса атакувала цілу історію та традиції Греко-католицької церкви, а також поновила звинувачення у націоналізмі та організації антирадянського руху опору. Особливо відзначився своїми статтями Ярослав Галан, працівник журналу Вільна Україна.

11 квітня 1945 р. НКВС заарештував митрополита Йосипа Сліпого, наступника Шептицького, а також 4 галицьких єпископів: Григорія Хомишина, Івана Лятишевського, Никиту Будку i Григорія Лакоту. В час, коли єпископи та інші духівники, які відмовились від «переходу» на православ'я, були звинувачені в уявних політичних злочинах і заслані до концтаборів (де жоден, окрім митрополита не вижив), НКВС створило «добровольчий» рух «возз'єднання» () з Російською Православною Церквою. Цей рух, окрім удаваної опори на священиків, що добровільно прагнули об'єднання, спирався також на офіційну підтримку священиків, яких змушували до цього, зокрема і тортурами. Майже одразу після завершення арештів ієрархів Російська православна церква призначила Михайла Оксюка єпископом Львівським і Тернопільським, виразно рекомендувавши скоординувати свої дії з «рухом народних мас за об'єднання Церкви».

«Ініціативна група» 28 травня була створена так звана «Ініціативна група з возз'єднання Греко-католицької церкви з Православною», на чолі якої став священик Гаврило Костельник. Цього дня було написано два листи. Перший був звернений до уряду радянської України з проханням схвалення і визнання права Групи для проведення «об'єднувальної» кампанії. Другий лист інформував греко-католицьке духовенство про те, що група була створена «за бажанням народних мас» i «не визнає жодного адміністративного керівництва Греко-католицької церкви». 18 червня 1945 Павло Ходченко, республіканський уповноважений Ради Російської православної церкви, відповів від імені уряду УРСР, визнаючи «Ініціативну групу» як єдиний тимчасовий церковний орган адміністрації, уповноважений керувати всіма справами греко-католицьких парафій, які тоді існували на теренах Західної України — і здійснення справи возз'єднання з Російською православною церквою.

Ініціативна група була уповноважена «узгоджувати з урядом всі правові питання, пов'язані з керуванням греко-католицькими парафіями». Лист також інструктував Ініціативну групу надсилати Ходченку «списки всіх деканів, ректорів та настоятелів, котрі відмовилися визнати юрисдикцію Ініціативної групи». Лист Ходченка є єдиним офіційно опублікованим документом, що підтверджує безпосередню участь уряду в процесі знищення уніатської церкви. Формально, однак, ця акція не узгоджувалась навіть з положеннями радянської конституції та тогочасного законодавства стосовно релігії.

Проти розпорядження Ходченка запротестувала група греко-католицьких ієрархів, що залишалися ще на волі, на чолі з архімандритом Климентом Шептицьким. У листі до Вячеслава Молотова вони посилались на положення в радянському праві про свободу віросповідання, вказували на маніпулювання фактами з історії Греко-католицької церкви, до яких припускалася «Ініціативна група», домагалися звільнення митрополита Сліпого та інших ув'язнених духівників. Одночасно запевняли, що греко-католики не мають наміру проводити антиурядову діяльність. Однак ці дії не принесли жодних результатів. НКВС і надалі проводив арешти священиків, особливо звертаючи свою увагу на василіянів. До кінця червня кількість ув'язнених перевищила 200 осіб.

«Ініціативна група» провадила також так зване «політичне перевиховання» греко-католиків. У серпні 1945 р. було розповсюджено 5 тис. екземплярів брошури Костельника антипапського характеру, що засуджувала Берестейську унію та закликала до переходу на російське православ'я. Під час багатьох приватних зустрічей зі священиками Костельник стверджував, що справа обмежиться лише формальним переходом під Російську православну церкву, але буде збережена можливість відправляти обряди без жодних змін, і що тільки такий вихід є найкращим для вірян. Одночасно представники «Ініціативної групи» систематично інформували владу про священиків, які опиралися переходу. Ці священики, — оскільки вони не погодилися на підписання документу, що свідчив про їхній перехід у православ'я — були не тільки автоматично усунуті зі своїх парафій, але й найчастіше також арештовані. Таке поєднання різних форм тиску «Ініціативна група» вважала ефективним — у жовтні 1945 Костельник оцінював, що до кінця року максимум лише сотня священиків буде негативно ставитися до «реуніфікації». Але він визнавав, що серед осіб, які погодилися на перехід, є багато таких, хто вчинив це через страх або прагнучи продовжити свою душпастирську діяльність під приводом підкорення владі.

Роботу ініціативної групи особисто контролював тодішній голова КПУ Микита Хрущов. Про це свідчить, зокрема, його лист від 17 грудня 1945 р. Й. Сталіну, в якому писалося:

Львівський собор 1946 року

Кульмінація «об'єднувальної» кампанії настала на так званому Львівському соборі в березні 1946 р., коли збори обраних ієрархів «анулювали» Берестейську унію (цей з'їзд не був узгоджений з канонічним правом). Крім того, що сталінська влада ніколи формально не ліквідувала Греко-католицьку церкву, до 1949 р. насильно влито в Російську православну церкву Греко-католицьку церкву на Закарпатті, та аналогічно здійснено «об'єднання» в греко-католицькій єпархії Пряшева у східній Словаччині. У 1948 р. ліквідовано унію в Румунії та запроваджено православ'я також в 10 українських греко-католицьких парафіях в районах, що межували із Закарпаттям. Греко-католицька церква була де факто також скасована в Польщі в 1947—1949 рр.

Греко-католицька церква в УРСР після II світової війни була представлена 4 єпархіями з 2326 парафіями, понад 4000 храмів і близько 3,5-4 млн вірян. Душпастирські послуги надавали 8 єпископів та близько 2400 священиків. 4 єпархії утримували богословські академії, 4 духовні семінарії з 565 слухачами, а також 35 чоловічих монастирів з 155 ченцями та 347 браттями і 123 жіночі монастирі з 979 черницями.

Насильницьке «об'єднання» не закінчило існування Греко-Католицької Церкви. Вижила вона у формально православних структурах як «підпільна» Уніатська церква, в ГУЛАГу, у вигнанні і в підпіллі на теренах Західної України. Однак право на легальне функціонування отримала лише на переломі 1989—1990 рр.

Греко-Католицька Церква після смерті Сталіна Смерть Сталіна в березні 1953 р., боротьба за владу після нього та кампанія так званої десталінізації розпочата Микитою Хрущовим мали значний вплив на Українську греко-католицьку церкву. Через кілька місяців після смерті диктатора, митрополит Йосип Сліпий, для котрого 8-річний вирок закінчився в квітні 1953 р., за наказом Берії, був переведений з табору в Мордовії до Москви. Шукаючи союзників в боротьбі за владу в Україні та в інших неросійських республіках, Берія виступив проти русифікації Західної України. Його посланці розпочали таємні переговори з Й. Сліпим стосовно нормалізації стосунків з Ватиканом та легалізації Греко-католицької церкви на Західній Україні. Розмови з митрополитом були раптово перервані після арешту Берії. Й. Сліпий не прийняв пропозиції КДБ про зречення від вірності Папі Римському взамін на волю і високе положення в Російській православній церкві, був знову засуджений до заслання в Красноярський край, де перебував в незрозумілому статусі напівв'язня аж до наступного арешту у 1958 р. У 1955-1956 рр, у зв'язку з ліквідацією Хрущовим системи таборів ГУЛАГ, кількасот греко-католицьких священиків і ченців було звільнено з таборів та дозволено їм повернутися в Західну Україну.