Миколаїв як сучасне місто виникло завдяки кораблебудуванню. Спочатку він будувався як кораблебудівна верф. Протягом XIX століття Миколаїв був центром кораблебудування на Чорному морі, а також центром управління Чорноморським флотом. Входить до історико-географічного району Північне Причорномор'я.
Поселення кімерійців та стародавні часи Детальніше в статті: Місто людей кімерійських
Перші відомі поселення на теренах сучасної Миколаївської області з'явилися на берегах річок Південний Буг та Інгул (у середній течії) наприкінці пізнього палеоліту (близько 20 тис. років тому)Україна і Світ: Славетні міста. — К.: «Кріон», 2011. — С. 130.
В добу пізньої бронзи (XII—VIII ст. до н. е.) на місці сучасного Миколаєва вже було величезне як на ті часи місто, котре не поступалося розмірами навіть легендарній Трої. В місці злиття Південного Бугу з Інгулом було знайдено залишки укріпленого городища, яке увійшло до наукових праць під сучасною назвою «Дикий Сад». Як воно називалося мовою його засновників, невідомо. Втім, дослідники вже запропонували ототожнити це городище з тим самим «містом мужів кімерійських», про яке йдеться у епізоді «Одіссеї» Гомера (записана в VII ст. до н. е.), та оповідає про подорож Одіссея на край світу.
На високому мисі, над Бузьким лиманом, на площі близько 3 га (а колись городище мало ще більші розміри) збереглися рештки цитаделі та укріплень, будівель, знайдено давні поховання. Виявлено досить великий рів (шириною 5 і глибиною до 2 м), залишки невисокої стіни із саману (будівельний матеріал із глинистого ґрунту з соломою, висушеного на сонці) на кам'яному фундаменті. Через рів було прокладено два мости на кам'яних опорах, що умовно отримали назви «південний» та «північний». Під час будівництва жител та інших споруд також використовували камінь — з нього складено фундаменти під стіни, що зводилися із саманних блоків.
Мешканці містечка займалися хліборобством, випасали худобу. Жили тут і ремісники, у тому числі ливарники, котрі виготовляли не лише прикраси, але й зброю. Культурний шар містить уламки відповідних ливарних форм. А влітку 2008 р. на городищі було знайдено рідкісний скарб з 12 сокир-кельтів.
На території городища також виявлено храмове приміщення сонцепоклонників (прото-мітраїстів) і кілька ям із залишками ритуальної їжі. Місце розташування пам'ятки та деякі знахідки дозволяють інтерпретувати її як давнє місто-порт на торговельному шляху, що пов'язував басейни Чорного та Балтійського морів через річки Західний Буг та Південний Буг.
Опираючись на встановлені факти, дослідники відзначають — цілком правомірно стверджувати, що городище «Дикий сад» було містом зі складною соціальною організацією та зачатками державності, своєрідною «столицею» території від Дунаю до Дніпра і від узбережжя Чорного моря до півночі сучасних Миколаївської, Одеської та частково Херсонської областей. А ці землі у ІІ тис. до н. е. були досить густонаселеними — нині відомо понад 1000 селищ та городищ різних розмірів. Так що Край був здатним виставити не один корабель з добре озброєними воїнами. Тому деякі вчені навіть припускають участь воїнів «Дикого саду» у Троянській війні.
Існування ж на півострові, де розташоване сучасне м. Миколаїв, давнього міста-порту є підставою для перегляду дати заснування міста.
Така практика є нормою в сучасному світі. Так, в 1982 р. за результатами археологічних досліджень було переглянуто вік Києва. То, можливо, Миколаїв невдовзі буде визнано найстарішим містом України.
Найдавніша історія місцевості, де зараз розташований Миколаїв, пов'язана з подіями у південній місцині сучасного міста — Вітовці. Ці землі, за даними досліджень археологічних розкопок, були заселені починаючи від залізної доби. Тут були стани кімерійців або скіфів, що залишили по собі кургани.
Від IV сторіччя до Р. Х. тут оселяються греки, поселення яких відомі біля Сіверсового маяка та сіл Лупареве і Лимани.
У 200—400-ті роки н. е. простежується перебування давніх слов'ян — антів.
Київська Русь та Середньовіччя Збереглися свідчення, що на початку 2-го тисячоліття н. е. на землях сучасного Миколаєва існував християнський Дівочий монастир, що був зруйнований навалою монголів у 1233—36 роки. Саме від XIII століття сучасна Миколаївщина майже повністю являла Дике Поле.
Власне свою назву історична місцевість міста Вітовка отримала від литовського князя Вітовта (на давніх мапах означене Вітольд Гаммані), що звів тут 1399 року Вітовтівський замок (фортецю) і митницю для контролю торгівлі з татарами. Отже на час владарювання князя Вітовта (ще при житті він отримав назву — Великий) і поширення кордонів Великого Князівства Литовського до Чорного моря, держава мала потужну армію і величезний матеріальний та людський ресурс.
Іноземних послів і мандрівників вражали темпи будівництва фортець та оборонних укріплень. беручи до уваги сусідство з кочівниками — фортифікаційні споруди були обов'язковою складовою нових поселень. Переважно, фортеці з каменю споруджували протягом місяця. Необхідність створення низки укріплених поселень на південних кордонах держави стала причиною заснування Вітовки як адміністративної одиниці на південному пограниччі Великого князівства Литовського у 1399 році.
Власне топонімічна назва селища «Виноградна Криниця» на мапах інженера Боплана зайвий раз доводить, що поселення на місці майбутньої Вітовки існувало ще з часів Київської Русі, як і дівочий монастир на піщаній косі поблизу Вітовки. Литовська доба в історії нашого краю стала логічним продовженням славної історії Київської Русі.
Щоб мати якнайбільше воїнів, уряд щедро роздавав землі між охочих служити у війську. Осаджував нових поселенців на пустих просторах, всіма способами заохочував своїх громадян до військових повинностей. Радо замінював усі податки й інші обов'язки на воєнну службу. («Історія українського війська» — Іван Крип'якевич ст. 135).
Для здійснення масштабних будов, потрібно було багато робочих рук та досить багато фахівців, котрі розумілися на будівництві. Такимb вимогами можна пояснити швидку колонізацію південних причорноморських земель сучасної України українським людом з центральних теренів України у 14 столітті. «Тимто литовський воєнно — суспільний устрій порівнюють із західним феодалізмом» — («Історія українського війська» — Іван Крип'якевич ст. 136).
Наслідком політики заохочення була міграція величезної кількості українського люду у причорноморські степи і виникнення низки поселень в гирлі Південного Буга, серед яких була і Вітовка.
Ось як пише про цей період історик, доктор Михайло Антонович: «Вже від 1409 р. вдавалось Вітовтові садовити по своїй вподобі ханів у Золотій Орді. Багато інших татарських орд признали його зверхність і були усадовлені на Правобережжю. З метою опанувати морський берег розбудував Вітовт фортецю Акерман та укріпив Тавань над дніпровським лиманом.
Розвинулась жива торгівля з італійськими, в першу чергу ґенуезькими купецькими факторіями в Криму; Широка хвиля українського хліборобського населення рушила в степи під проводом місцевого панства, зобов'язаного охороняти це осадництво.» (Михайло Антонович. Історія України, кн. 1—4. Княжа Доба).
З часом величезна держава від Балтійського до Чорного моря (одним з крайніх форпостів якої довгий час залишалася Вітовка), поширила свої володіння далі на лівий берег річки Буг.
Невдовзі була збудована фортеця Дашів (тепер Очаків), котра з часом перебрала на себе функції оборонного та політичного значення. Вітовка ж залишилась у запіллі і поступово втратила роль важливої адміністративної одиниці ВКЛ. Проте роль поселення у зміцненні влади литовської держави на землях Причорномор'я, є безперечно великою.
Уже від кінця XV століття історія Південного Побужжя тісно пов'язана із запорозькими козаками, ставши основою формування українського етносу на цих землях. По берегах річок та балок засновувалися козацькі слободи, зимівники, паланки, влаштовувалися переправи через річки. Сюди також тікали селяни з усієї України, з Польщі, Литви, МосковіїКовальова О. Ф. передмова до видання «Українська народна творчість Південного Прибужжя», Миколаїв, 2006, стор. 11.
За часів Російської Імперії
Заснування міста
У 1-й половині XVIII століття більша частина Південного Побужжя залишалася малозаселеною. З історії відомо, що першими спорудами середини XVIII століття були на півострові кузня та житловий будинок запорожців біля поромної переправи через гирло Інгулу. На території сучасного Миколаєва існували поселення ще до початку будівництва верфі. На одній із карт, датованій 1783 р., є напис «Рушериновка». На іншій карті, ще мабуть ранішого походження, у південній і південно-східній частині півострова є три крапки і напис «Рибачая», що вказує на рибацькі хижки, або як тоді називали «рибзаводи». На цій же карті скорописом було написано: «Кут Хлюща», що явно свідчить, що ця місцевість була освоєна запорожцямиШкварець В. П., Мельник М. Ф. Миколаївщина: погляд скрізь століття. Нарис історії. — Миколаїв. 1994 — с.37. Поштовхом для подальшого заселення краю став вихід Російської імперії, внаслідок російських воєн з Османською імперією, до Чорного моря — за Кючук-Кайнарджийською мирною угодою 1774 року Вітовка разом з землями між Дніпром і Південним Бугом відійшла до Росії. У Вітовці було влаштовано шпиталь, де лікували цілющою водою з джерел і місцевими травами. Під час російсько-турецької війни 1788 року у Вітовці базувалася ескадра запорозьких чайок Лиманської флотилії Чорноморського козацтва під проводом кошового отамана Сидора Білого. Також у Вітовці стояли частини Бузького єгерського корпусу під командуванням Михайла Кутузова.
1789 року Григорій Потьомкін перейменував Вітовку на Богоявленськ, з причини цілющих джерел води, які були «даром Божим». Тут же було зведено нову Богоявленську церкву. Також Потьомкін побудував собі будинок, у який постійно навідувався, навіть коли був у справах у Херсоні.
Від кінця XVIII ст. територія нинішньої Миколаївщини, як і всього Північного Причорномор'я, активно колонізується. У заселенні регіону брали участь представники багатьох народностей. І хоча характерною рисою Півдня була поліетнічність, проте основна маса населення складалася з етнічних українців — крім тих, що жили тут здавнаУ 20—40-ті рр. XVIII ст. у Південній Україні проживало здебільшого українське населення. У 1779 р. на території майбутньої Херсонської губернії українці становили 70,39 % населення. Вони мали перевагу в усіх повітах (В. М. Кабузин. Заселение Новороссии., М.: «Наука», 1976, стор. 266, сюди прибували українські переселенці з Полтавської, Чернігівської, Київської та інших губерній.
Місто Миколаїв було закладене 1789 року князем Григорієм Потьомкіним на півострові при злитті Інгулу та Бугу як флотське і корабельне місто. Першим громадянином міста став підприємець, військовий діяч і будівничий Михайло Фалєєв. Саме ордер № 1065 від 9 вересня 1789 року для нього і є першою документальною згадкою сучасної назви міста.
Назву місто корабелів отримало на честь покровителя мореплавців Святого Миколая. Також існує версія, що місто найменовано на честь перемоги російських військ 1788 року під час взяття османської фортеці Очаків, що збіглася з Днем Миколая.
Будувалося місто за спеціально складеним російським архітектором Іваном Старовим планом — з прямими вулицями і кварталами правильної форми. Життя Миколаєва було повністю підпорядковане суднобудуванню і флоту. Майже сто років тут перебував штаб Чорноморського флоту. За губернаторства О. Грейга у 1-й третині XIX ст. у Миколаєві вперше було здійснено спробу збудувати водогін, почалася прокладка кам'яних тротуарів, озеленення вулиць.
Подальший розвиток У 1802—1803 роках був центром Миколаївської губернії, пізніше, до кінця існування імперії — в складі Херсонського повіту Херсонської губернії.