Історія японської кухні починається в доісторичні часи. Найдавніші мешканці Японських островів харчувалися переважно горіхами, жолудями, морепродуктами й м'ясом кабанів та оленів, які запікали й варили в керамічних посудинах.
У III столітті до Японії прийшло поливне рисівництво. Рис став найважливішим продуктом харчування й протягом багатьох століть становив майже весь раціон селянства. При цьому ні молочне, ні м'ясне тваринництво на архіпелазі не розвивалося. З рису варять кашу, його варять у воді та на пару, причому клейкий рис асоціюється з святковими датами. Також у ранній японській кухні була поширена ферментація риби. Через особливості клімату єдиною сировиною для виробництва алкоголю в Японії був, знову ж таки, рис. Тож японські алкогольні напої представлені насамперед саке, яке пили приблизно з V століття, і міцним шьочю, що з'явився через тисячу років.
Становлення японської кухні сягає до VI—XVI століть. У першій половині цього періоду в Японії відчувався сильний китайський вплив, завдяки чому в країну потрапили палички для їжі, чай, тофу, кілька видів локшини та інші страви. Крім цього, китайський (а точніше, буддійський) вплив зумовив переважання вегетаріанської або напіввегетаріанської дієти, а піднесення самурайського класу в другій половині цього періоду зумовило потяг до естетики простоти.
З XIII століття чаювання в Японії набуло величезної популярності. Утвердилася чайна церемонія, розвиток якої призвів до вдосконалення керамічного посуду, що, у свою чергу, вплинуло й на традиції накривання столу та заклало основи елітарної кухні кайсекі. Окрім того чайна церемонія почала традицію споживання сезонних продуктів, популярну й у XXI столітті. Торгівля з європейцями, що почалася в XV столітті, принесла в Японію велику кількість нових овочів, солодощів, рецептів і технологій, що суттєво змінило японську кухню.
Важливим аспектом розвитку японської кухні була та є її регіональність, що виходить з самої природи Японського архіпелагу, який складається з багатьох островів та простягається на більше ніж 3500 км. Проте певні загальні принципи як щодо інгредієнтів, так і щодо смаку дозволяють говорити про японську кухню як цілісне поняття. Регіональність японської кухні виражається у величезному різноманітті як самих страв, так і їхніх варіантів. Проте всі ці регіональні кухні пройшли багато в чому спільну еволюцію, яка виразилася в зміні продуктів та способів приготування й споживання, а також у запозиченнях з кухонь інших країн, які поширилися по всій країні.
Палеоліт і період Дзьомон (до 400 року до н. е.) Японський архіпелаг почав заселятися людьми в палеоліт, під час заледеніння, коли туди ще можна було потрапити суходолом. Найдавніші місця стоянок людей в Японії датуються 30-10 тисячами років тому, однак про дієту найдавніших японців мало що відомо через погане збереження органічних залишків. Аналіз поверхні кам'яних інструментів показує, що предки японців полювали на слонів Науманна. Вони готували їжу на каменях, які клали поверх багать, а також у земляних печах.
Близько 8000 року до н. е. в Японії почалося потепління і збільшення вологості. Хвойні дерева відступили на північ, їхнє місце зайняли ліси помірного поясу; великі ссавці зникли, холодноводні види риб також пішли на північ; підйом рівня моря відділив Японські острови від континенту. Люди в цей час поступово перейшли від кочового до осілого способу життя. Основу їхнього раціону тепер складали багаті вуглеводами волоські горіхи, жолуді і каштани, а також м'ясо оленів і кабанів, риба і морепродукти. Додатковим підтвердженням переважного вживання горіхів є поганий стан зубів дзьомонских людей: якби їхній раціон включав переважно білкову їжу, то знайдені археологами зуби були б набагато здоровіше.
Початок використання кераміки стало ознакою закінчення палеоліту і початку неоліту, що зветься в Японії період Дзьомон. буквально означає «знаки мотузок», тобто, мотузкові орнаменти, якими прикрашали першу японську кераміку. Керамічні посудини дозволили варити їжу і ширше використовувати овочі та горіхи, особливо гіркі: при варінні і вимочуванні гіркота зникала. Люди Дзьомона почали їсти кінські каштани; вживання цього продукту вимагає температурної обробки з лугом (ймовірно, попелом). Горіхи є високоврожайним і поживним продуктом, а це дозволяло прогодувати в десятеро більше населення, ніж полювання. Горіхи перетирали в пасту і запікали або варили, їх також варили з рибою, м'ясом, овочами або морепродуктами. Велика кількість величезних черепашкових куп, дозволяє припустити, що серед морепродуктів японці найбільше вживали молюсків: хамаґурі, ясарі, та інші.
У пізній Дзьомон (2000—400 роки до н. е.) японці почали виварювати з морської води сіль, а також випарювати її за допомогою водоростей. Солону воду лили зверху на водорості, які потім висихали, після чого їх спалювали. Крім солі доісторичні японські страви приправляли перцем.
Наступ неоліту в Японії не призвів до одомашнення худоби та активної культивації землі, як в інших частинах світу. З III тисячоліття до н. е. японці вирощували гречку, пшеницю, просо або могар, маш, периллу і японські гарбузи, але площі посівів весь Дзьомон залишалися дуже скромними. Єдиною одомашненою твариною в той час були собаки, які допомагала полювати на кабанів і оленів. Розвивалося рибальство; рибу ловили на кістяні гачки, гарпунами та стіями, потім варили і сушили на сонці, або коптили, роблячи запас. Ці технології зберігаються в Японії і в XXI столітті: висушування на сонці називається , а копчення — кацуобусі; остання процедура використовується для приготування дасі.
Періоди Яйой — Кофун (400 рік до н. е.- 500 рік)
Початок рисівництва У III столітті до н. е. відбулася найвизначніша подія в історії японської кулінарії: до Японії прийшло поливне рисівництво. Рис назавжди зайняв найважливіше місце в системі цінностей японського народу і на два тисячоліття став основною одиницею японської економіки: податки з селянства збирали рисом до кінця XIX століття. Державний контроль виробництва і споживання рису зберігається і в XXI столітті, що відображає важливість цього продукту харчування і безперебійного постачання ним населення. Імператори та імператриці Японії з найдавніших часів брали участь в ритуальному висаджуванні рису і молилися за збереження його врожаю; ця традиція також зберігається і нині. Висока харчова цінність рису і велика кількість у ньому білка дозволила не покладатися на м'ясне і молочне тваринництво, для якого клімат Японських островів не надто підходить. Основним джерелом м'яса в Японії довгий час були свині, проте рис дозволяв їсти набагато менше м'яса, ніж, наприклад, європейська хлібная дієта. Рис цілковито домінував на японських столах з III століття і аж до 1960-х років.
Дикий рис в Японії ніколи не ріс, його одомашнили або на Індійському субконтиненті, або на півдні Китаю, а потім привезли на острів Кюсю. Крім рису в цей час в Японії вирощували просо і могар, ячмінь, пшеницю, ; сою, адзукі, персики, японські гарбузи і дині. Острови Рюкю і Хоккайдо при цьому ще довго зберігали устрій мисливців-збирачів.
Китайська хроніка Книга Вей містить перші описи соціально-економічного устрою «народу ва», а також перший опис їхньої дієти: там повідомляється, що в Японії III століття «деякі люди займаються ловлею риби і молюсків», «вирощують рис і просо», «сирі овочі їдять цілий рік», «вирощують імбир, цитрусові і перець, але не знають, як використовувати їх у кулінарії», «їдять пальцями з плескатих мисок», «люблять випити». У період Кофун японські землі консолідувалися під владою Ямато.
Всі основні методи приготування рису з'явилися саме в цей період. Варіння у великій кількості води з пакетом низькоякісного зеленого чаю перетворєю рис на ; варіння у чітко відміряній кількості води, спочатку на великому вогні, а потім на малому не дозволяє рісу розбухати сильніше, ніж потрібно, і дає злегка клейкий рис, який вважається в Японії найкращим; нарешті варіння на пару краще для клейкого рису, який в Японії вживають в основному на свята. Перші два способи використовувалися ще в період Яйой, а варіння на пару з'явилася в період Кофун і стало основним методом приготування рису протягом багатьох століть, аж до XIII століття. Традиція споживання клейкого рису на свята є радше імітацією цього давнішого етапу японської кулінарії.
Білий, очищений від оболонок рис завжди вважався в Японії більш цінним продуктом, ніж коричневий, що призвело до широкого поширення в Японії хвороби бері-бері. Її називали «хворобою Едо», а хворих відправляли в глибоку провінцію, де не так ретельно шліфований рис дозволяв їм підлікуватися.
Алкогольні напої Невідомо, чи готували люди періоду Дзьомон алкогольні напої; вміст цукру в японських фруктах низький через м'який клімат, і для ферментації вони не надто пасують, через це фруктового вина в Японії не робили аж до початку модернізації в XIX столітті. Найдавніші відомості про виробництві саке датуються IX століттям: жителі села збиралися разом, жували рис, що дозволяло ферментам слини перетворити крохмаль у цукор, а потім випльовували пожований рис у загальну посудину, де починався процес бродіння сусла.
З часом слину замінив грибок плісняви кодзі, який також використовують для виробництва соєвого соусу і пасти місо. У V столітті один кореєць, названий у хроніці Сусукорі, подав до імператорського столу алкогольний напій, приготований з допомогою кодзі, проте немає причин вважати, що до нього ферментація цвілевим грибком була невідома. У Китаї її використовували задовго до того, як рис потрапив до Японії, і скорше за все кодзі потрапив на Японські острови в той самий час, що і рис. Японський спосіб варіння саке відрізняється від китайського і корейського тим, що для нього не використовуються додаткові злаки і кодзі, що росте на пшениці.
Ферментовані страви Одним з найпопулярніших соусів до рису до недавнього часу була шіокара, паста з морепродуктів або риби, ферментованих в солі разом з нутрощами. У XXI столітті її вживають майже виключно разом з саке, але в доіндустріальній Японії вона була дуже популярна через легкість приготування і зберігання. Цей метод приготування морепродуктів поширений по всій Східній і Південно-Східній Азії. Інша схожа страва, раніше відома у всій Японії, яка тепер втратила популярність, — рибний соус. Історично поширеність рибної пасти і рибного соусу охоплювала всі регіони, де рис вирощувався наливним методом. Перша згадка про шіокару припадає на 694—710 роки, цю пасту виявили на табличці, що описувала податкові надходження в столицю Фудзівараке.
Інший вид ферментованої риби — — готують, закочуючи приготований рис разом з солоною рибою в контейнер; рис починає ферментацію, після чого рибу можна зберігати не менше року. Перед вживанням наредзуші рис викидають. Цей спосіб є прямим прообразом сучасних суші, він відомий у всьому басейні Меконга, звідки потрапив у Китай і потім у Японію. Цей спосіб ферментації він переважав у Японії аж до XIX століття.
Періоди Асука — Муроматі (593—1568): становлення національної кухні З кулінарного погляду цей тисячолітній період є цілісним етапом становлення національної кухні. В процесі становлення національної кухні можна виділити ранній етап (до X століття) та пізній . В першу його частину (593—1192) японська держава була централізованою, а правління відбувалося за китайським зразком, проте пізніше японська аристократія втратила верховенство влади, її захопили військові — самураї на чолі з феодалами даймьо, над якими стояв сьоґун . Замість єдиної держави Японія стала сукупністю напівнезалежних князівств .