Jagiellonia Białystok od momentu powstania funkcjonowała jako klub wielosekcyjny, z wiodącymi sekcjami: piłki nożnej oraz lekkoatletyki. Inne sekcje sportowe działały w różnych okresach historii klubu, min. sekcja: bokserska, tenisa ziemnego, piłki ręcznej (hazeny), koszykówki, siatkówki, szachowa, kolarska, pływacka, szermierki, Judo, łucznicza, brydża sportowego, futsalowa.
Jagiellonia dysponowała licznymi obiektami sportowymi, m.in. stadionem im. J.Kusocińskiego, halą sportową oraz basenem pływackim.
Sekcje działające Piłka nożna Obecnie pod szyldem Jagiellonii Białystok funkcjonuje pierwsza drużyna piłkarska występująca w Ekstraklasie, zespół rezerw (Jagiellonia II) grający w III lidze oraz drużyny młodzieżowe, w tym U-19 i U-17 rywalizujące w CLJ. Przy klubie funkcjonuje Akademia Piłkarska.
Futsal Drużyna futsalu Jagiellonii Białystok powstała w 2022 roku poprzez współpracę z klubem MOKS Słoneczny Stok Białystok oraz Stowarzyszeniem BS Futsal. Obecnie drużyna rywalizuje w I lidze futsalu.
Szachy Klub Szachowy Jagiellonia Białystok z siedzibą w Białymstoku, założony w 2017 roku, kontynuuje tradycje sportowe wielosekcyjnego klubu Jagiellonia Białystok, wykorzystując jego nazwę, barwy i herb.
Sekcje historyczne Lekkoatletyka Sekcja lekkoatletyczna Jagiellonii Białystok odegrała istotną rolę w historii klubu, przynosząc mu liczne sukcesy na arenie krajowej i międzynarodowej. Powstała w drugiej połowie lat 20., kiedy zespół funkcjonował jeszcze pod nazwą 42. Pułk Piechoty. Została rozwiązana w 1996 roku z powodu trudności finansowych klubu, który wówczas zdecydował się skupić wszystkie środki na prowadzeniu drużyny piłkarskiej. Większość zawodników i trenerów sekcji kontynuowała swoją karierę przenosząc się do Podlasia Białystok.
Powstanie i rozwój sekcji
Sekcja lekkoatletyczna WKS 42. Pułku Piechoty powstała w połowie lat 20. XX wieku. W dniu 27 stycznia 1932 roku doszło do fuzji klubu 42. Pułku Piechoty (uznawanego za protoplastę Jagiellonii) z Klubem Sportowym Związku Młodzieży Wiejskiej, który również posiadał silną sekcję lekkoatletyczną. Połączenie sił sprawiło, że w latach 30. XX wieku lekkoatleci Jagiellonii stanowili jedną z najbardziej aktywnych i utytułowanych drużyn w regionie. Sekcja wyróżniała się nie tylko liczebnością zawodników, ale przede wszystkim ich wysokim poziomem sportowym.
Wybitnym propagatorem sportu i lekkoatletyki był Maksymilian Ludertowicz, który związany z klubem Związku Młodzieży Wiejskiej osiągał w tej dyscyplinie nawet większe sukcesy niż 42. Pułk Piechoty.Ludertowicz jeden z założycieli Jagiellonii Po fuzji ZMW i 42. P.P., Ludertowicz objął funkcję sekretarza klubu oraz kierownika sekcji lekkoatletycznej, która w latach 30. była najmocniejszą sekcją Jagiellonii, przewyższającą osiągnięciami sekcję piłkarską. Pierwsze zawody lekkoatletyczne w Białymstoku odbyły się 5 września 1926 roku podczas uroczystego otwarcia miejskiego stadionu lekkoatletycznego.
W okresie międzywojennym wyróżniali się m.in. Edward Luckhaus – rekordzista Polski w rzucie oszczepem i trójskoku, reprezentant kraju na igrzyskach olimpijskich w Berlinie (1936), oraz Kazimierz Kucharski – wielokrotny mistrz Polski i rekordzista kraju na 800 i 1500 m, uczestnik IO w Berlinie, który odnosił także sukcesy na arenie międzynarodowej. 7 maja 1932 roku Edward Luckhaus ustanowił rekord Polski w trójskoku wynikiem 13,98 m. W ciągu następnych 4 lat poprawił ten rekord ośmiokrotnie. Był także pierwszym skoczkiem w dal, który w woj. białostockim pokonał granice siedmiu metrów, 31 maja 1936 uzyskał 7,09 m. Wśród długodystansowców wyróżniał się Onufry Półtorak oraz Julian Strzałkowski, medaliści Mistrzostw Polski w maratonie oraz w biegach długich i przez przeszkody. Przez klub przewinęło się wielu utalentowanych lekkoatletów. Niektórzy, jak Bernard Zasłona, który w 1936 roku przeniósł się do białostockiej Sparty – należeli do krajowej czołówki. Zasłona był najlepszym sprinterem w Polsce na dystansach 100 i 200 metrów przez trzy sezony: (1936, 1937, 1938). Innym znanym w Polsce dziesięcioboistą był urodzony w Bacieczkach (obecnie dzielnica Białegostoku) Wacław Kuźmicki, późniejszy uczestnik igrzysk olimpijskich w Londynie (1948) i mistrzostw Europy w Oslo (1946).
Jedną z najbardziej wszechstronnych zawodniczek lat 30. była Irena Daszuta-Zimnoch, która oprócz medalowych startów w skoku wzwyż i w biegu na 200 metrów, startowała w pięcioboju lekkoatletycznym, w skoku w dal i w biegu na 80 metrów przez płotki. W 1933 roku zdobyła srebrny medal na Zimowych Mistrzostwach Polski w lekkoatletyce, a jej klubowa koleżanka Helena Tokarzewicz również w tych mistrzostwach wywalczyła srebrny medal w skoku w dal oraz 6. miejsce w biegu na 100 metrów.
Po II wojnie światowej sekcja została reaktywowana, a jej reprezentanci – m.in. Ryszard Groman (skok o tyczce i w dal) i Stanisław Borodziuk – kontynuowali sukcesy, mimo licznych zmian organizacyjnych. W latach 50. klub znów był liczącą się siłą w kraju, a do czołowych zawodników należał Mieczysław Kierlewicz – medalista MP i reprezentant Polski w meczu przeciwko USA. W 1957 roku sekcja występowała w lekkoatletycznej I lidze, zajmując 10. miejsce; rok później spadła do II ligi.
W 1959 roku Władysław Nikiciuk, podopieczny trenera Bronisława Gurzędy, ustanowił w Krakowie rekord świata juniorów w rzucie oszczepem (79,12 m). Był to największy sukces w historii regionalnej lekkoatletyki. Dwukrotnie startował w igrzyskach olimpijskich: w Tokio w 1964 był dziewiąty (73,11), a w Meksyku w 1968 uplasował się tuż za podium zajmując 4. miejsce i uzyskując wynik 85,70. W 1962 roku sięgnął po brąz, a w 1966 po srebro mistrzostw Europy. W latach 60. barwy Jagiellonii reprezentowały też czołowe polskie biegaczki: Teresa Jędrak i Krystyna Hryniewicka (później Kacperczyk), które startowały w meczach międzypaństwowych oraz mistrzostwach Europy. Trenerem obu zawodniczek był Zbigniew Dondziłło – obok Gurzędów kluczowa postać w rozwoju lekkoatletycznej sekcji Jagiellonii. W latach 80. wielkim talentem okazał się Jerzy Mydlarz, medalista mistrzostw Polski w biegach średniodystansowych na 1,5 i 3 km. W gronie medalistów mistrzostw Polski znaleźli się m.in.: Danuta Zrajkowska (rzut dyskiem), Dariusz Zielenkiewicz (400m), W 1992 roku dwóch zawodników Jagiellonii – kulomiotka Krystyna Danilczyk (Zabawska) i trójskoczek Eugeniusz Bedeniczuk – wystartowało na igrzyskach olimpijskich w Barcelonie. Współpracowali oni z trenerem Henrykiem Olszewskim. W latach 90. sukcesy odnosiła też sprinterka Izabela Czajko, mistrzyni Polski i reprezentantka kraju, trenowana przez Jerzego Leszkiewicza.
Występy na Igrzyskach Olimpijskich i Mistrzostwach Świata i Europy Rok Zawody Zawodnik dyscyplina miejsce Uwagi1934 ME Turyn 1934 Edward Luckhaus Trójskok 4 m. ME Turyn 1934 Kazimierz Kucharski bieg 800m 6 m. 1936 IO Berlin 1936 Edward Luckhaus Trójskok 11 m. 1990 ME Split 1990 Eugeniusz Bedeniczuk Trójskok 11 m. 1991 HMŚ Sewilla 1991 Krystyna Danilczyk pchnięcie kulą 11 m. MŚ Tokio 1991 Krystyna Danilczyk pchnięcie kulą 12 m. HMŚ Tokio 1991 Eugeniusz Bedeniczuk Trójskok 14 m. 1992 IO Barcelona 1992 Krystyna Danilczyk pchnięcie kulą 10 m. IO Barcelona 1992 Eugeniusz Bedeniczuk Trójskok 12 m. 1993 MŚ Stuttgart 1993 Krystyna Danilczyk pchnięcie kulą 17 m. 1994 ME Helsinki 199 Krystyna Danilczyk pchnięcie kulą 9 m. HME Paryż 1994 Krystyna Danilczyk pchnięcie kulą 6 m.