Kult Mikołaja II i jego rodziny funkcjonuje oficjalnie w Rosyjskim Kościele Prawosławnym od momentu kanonizacji ostatniego cara, jego żony Aleksandry Fiodorowny, syna Aleksego oraz córek Olgi, Tatiany, Marii i Anastazji. Miała ona miejsce 20 sierpnia 2000. Wszyscy członkowie rodziny carskiej zostali uznani za świętych cierpiętnikówW prawosławiu tytuł świętego cierpiętnika nadawany jest człowiekowi, który poniósł śmierć lub cierpienia z powodów innych niż wskutek bezpośrednich prześladowań chrześcijan, lecz w momencie tychże prześladowań czerpał siłę moralną z wiary. carskich (ros. Царственные страстотерпцы) i włączeni do Soboru Świętych Nowomęczenników i Wyznawców Rosyjskich. Nieformalne formy czci ostatniego cara i jego bliskich były odnotowywane jeszcze przed tą datą. Kanonizacja wzbudziła jednak żywe kontrowersje i była szeroko dyskutowana przez teologów prawosławnych.
Kult Mikołaja II przybiera, obok form typowych dla prawosławnego oddawania czci świętym (pisanie i kult ikon, publiczne nabożeństwa), także formy krytykowane przez prawosławną hierarchię – nadawanie carowi niekanonicznych tytułów oraz wezwanie do pokuty całego narodu rosyjskiego za jego zabójstwo.
W 1981 Mikołaja II, jego rodzinę i służących kanonizował niekanonicznyDo swojego połączenia się z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym w 2003. Rosyjski Kościół Prawosławny poza granicami Rosji, sankcjonując tym samym kult powszechny wśród rosyjskiej białej emigracji.
Nieformalny kult W ZSRR i Rosji W ocenie niektórych autorów nieformalny kult Mikołaja II i jego rodziny zapoczątkował jeszcze patriarcha moskiewski i całej Rusi Tichon. 21 lipca 1918, w czasie Świętej Liturgii w soborze Kazańskiej Ikony Matki Bożej w Moskwie oznajmił on wiernym o rozstrzelaniu ostatniego caraTichon nie mówił w swoim wystąpieniu o rodzinie carskiej. W dniu wygłoszenia kazania potwierdzona była jedynie śmierć Mikołaja II – dwa dni wcześniej „Izwiestia” informowały o jego straceniu z powodu odkrycia spisku mającego na celu uwolnienie Romanowów. Por. . Tichon stwierdził, że abdykując, Mikołaj II działał z miłości do Rosji i dla jej dobra, podkreślał także, że były car nie opuścił kraju, lecz pragnął cierpieć razem z nim i pogodził się ze swoim losem, nie podejmując żadnych działań na rzecz jego poprawy.
Według oficjalnego stanowiska Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego wypowiedź Tichona można interpretować jako przyzwolenie na kult Mikołaja II. Zaczął on od tego momentu funkcjonować wśród prawosławnych mieszkańców ZSRR. Wielu z nich umieszczało fotografie Romanowów obok ikon w swoich domach, pojawiły się także pierwsze, jeszcze niekanoniczne, ich ikony. Z czasem zaczęły być one spotykane także w cerkwiach. Czcicielem rodziny carskiej był uznany następnie za świętego biskup Atanazy (Sacharow) (zm. 1962)Когда время не имеет значения. Cвятитель Афанасий исповедник, епископ Ковровский..
W Jekaterynburgu miejscami nieformalnego kultu stały się miejsce rozstrzelania Mikołaja II i jego rodziny oraz uroczysko Ganina Jama, gdzie Czeka ukryła ich szczątki. 16 lipca 1989 na miejscu zniszczonego domu Ipatiewa, miejsca przetrzymywania Romanowów w Jekaterynburgu, odbył się spontaniczny molebień do „męczenników carskich”. Wielu jego uczestników zostało pobitych i aresztowanych przez miejscowe władze. Mimo tego następnego dnia w tym samym miejscu zebrały się tysiące wiernych, zaś dwóch duchownych odprawiło nabożeństwo pokutne. 18 sierpnia 1990 na miejscu domu Ipatiewa wzniesiono pierwszy krzyż, przy którym wierni zbierali się w celu wspólnej modlitwy. Krzyż ten był kilkakrotnie niszczony przez nieznanych sprawców, a następnie wznoszony ponownie. 5 października 1990, według wiernych będących świadkami tego wydarzenia, w momencie stawiania nowego, metalowego krzyża, z nieba w jego kierunku spłynęło nadnaturalne światło. Rok później, w rocznicę zabójstwa Mikołaja II i jego rodziny przez Jekaterynburg przeszła procesja, zakończona odprawioną przez arcybiskupa jekaterynburskiego i kurgańskiego Melchizedeka wielką panichidą. Hierarcha ten wspominał opisywane wydarzenie jako początek jawnego, odbywającego się za zgodą Cerkwi, kultu ostatniego cara. 25 stycznia 1993 arcybiskup Melchizedek stwierdził publicznie, że Mikołaj II i jego rodzina są czczeni lokalnie w Jekaterynburgu, chociaż ich świętości nie potwierdził dotąd Rosyjski Kościół Prawosławny. 17 lipca tego samego roku po raz pierwszy odprawiono Świętą Liturgię w miejscu tajnego pochówku Romanowów. Również w 1993 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego pobłogosławił projekt wzniesienia cerkwi na miejscu domu Ipatiewa, wymieniając wśród grzechów narodu rosyjskiego także carobójstwo.
Wśród Rosjan na emigracji mały|200px|Cerkiew św. Hioba w Brukseli Przekonanie, że zamordowany car i jego rodzina powinni zostać uznani za świętych, było obecne w środowisku rosyjskich emigrantów od lat 30. XX wiekuD. Miendielejewa, Новые канонизации сегодня невозможны?. W 1938 w Brukseli wzniesiono cerkiew św. Hioba, poświęconą w 1950 przez zwierzchnika Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji, metropolitę Anastazego. W obiekcie tym przechowywane są przedmioty należące do zamordowanych członków rodziny carskiej, traktowane jak relikwie.
O istnieniu szeroko rozpowszechnionego kultu cara Mikołaja II wśród Rosjan przebywających na emigracji mówił w wywiadzie w 1991 zwierzchnik struktur Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w Wielkiej Brytanii, metropolita suroski Antoni.
Kanonizacja Serbski Kościół Prawosławny Według niektórych źródeł Mikołaja II i jego rodzinę kanonizował Serbski Kościół Prawosławny. Miało to wynikać ze szczególnego kultu, jakim postać ostatniego cara Rosji darzyli prawosławni Serbowie. Wydana przez monaster Spotkania Włodzimierskiej Ikony Matki Bożej w Moskwie broszura poświęcona carowi informuje, że kwestia uznania Mikołaja II za świętego została po raz pierwszy podjęta przez Serbski Kościół Prawosławny w 1938, z inicjatywy miejscowej emigracji rosyjskiej, nie stwierdza jednak, jaką podjęto w tej kwestii decyzję. Rosyjski teolog prawosławny Aleksiej Osipow zaprzecza, jakoby Patriarchat Serbski kanonizował Mikołaja II i jego rodzinę.
Rosyjski Kościół Prawosławny poza granicami Rosji Rosyjski Kościół Prawosławny poza granicami Rosji kanonizował Mikołaja II i jego rodzinę jako nowomęczenników w 1981. Do grona świętych zaliczył także ich służących Annę Diemidową, Aleksieja Truppa i Jewgienija Botkina, chociaż niektórzy z nich nie byli wyznania prawosławnego. Kanonizacji tej niemal do ostatniej chwili towarzyszyły kontrowersje, miała ona zarówno zwolenników, jak i przeciwników.
Rosyjski Kościół Prawosławny Przebieg procesu kanonizacyjnego mały|200px|Metropolita kruticki i kołomieński Juwenaliusz przewodniczył Synodalnej Komisji ds. Kanonizacji w czasie prowadzenia przez nią prac nad uznaniem świętości rodziny ostatniego cara Wniosek o kanonizację Mikołaja II i jego rodziny przedstawiła Soborowi Biskupów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego Synodalna Komisja ds. Kanonizacji, kierowana przez metropolitę krutickiego i kołomieńskiego Juwenaliusza, w lutym 1997. Komisja ds. Kanonizacji prowadziła wstępne badania nad życiem i wysiłkami ascetycznymi (cs. podwigi) Romanowów od 1992, gdy otrzymała stosowne polecenie Soboru Biskupów. Odrębna komisja, powołana specjalnie do tego celu, zajęła się zbadaniem dokumentów dotyczących okoliczności śmierci i pochówku Romanowów. Efekty prac przedstawił metropolita Juwenaliusz na kolejnym Soborze Biskupów. W 1997 wydano również drukiem zbiór dokumentów związanych z dotychczasowymi badaniami nad życiem Romanowów. O ile wątpliwości nie budziła kwestia kanonizacji dzieci Mikołaja II, jako niewinnych ofiar morderstwa, część biskupów stanowczo sprzeciwiała się perspektywie uznania za świętych samego cara i jego żony. Arcybiskup niżnonowogrodzki i arzamaski Mikołaj podkreślał, że właśnie Mikołaj II sprzeciwiał się reformom w Rosyjskim Kościele Prawosławnym na początku XX w., uniemożliwił m.in. zwołanie w 1906 Soboru Lokalnego. Przeciwnicy kanonizacji twierdzili także, że abdykacja Mikołaja II przyczyniła się do wybuchu w Rosji wojny domowej – było to powtórzenie stanowiska zmarłego w 1995 metropolity petersburskiego i ładoskiego Jana.
W latach poprzedzających kanonizację Mikołaja II pojawił się szereg informacji o cudach, do jakich miało dojść dzięki jego modlitewnemu wstawiennictwu. Miały one charakter uzdrowień, ocalenia rodzin przed rozpadem lub uchronienia mienia cerkiewnego przed członkami niekanonicznych związków wyznaniowych. Ważność tych cudów potwierdzał metropolita kruticki i kołomieński Juwenaliusz, podkreślając przede wszystkim przypadek niewyjaśnionego wyciekania mirry z ikony Mikołaja II oraz pojawiania się na ikonicznych wizerunkach Romanowów krwawych znamion. Po 1991, a przed oficjalną decyzją o uznaniu ostatniego cara za świętego, mimo niepotwierdzenia jego kultu przez Cerkiew wielu kapłanów odprawiało nabożeństwa z modlitwami do niego, zaś media cerkiewne wspominały go jak świętego. Niekanoniczną ikonę rodziny carskiej przewieziono na Athos. Kult cara był rozpowszechniony wśród świeckich prawosławnych.
Argumenty przeciwników kanonizacji Kwestia kanonizacji budziła żywe kontrowersje. Aleksiej Osipow wymienia podstawowe argumenty jej przeciwników: Mikołaj II jako car-samowładca nie miał prawa abdykować, ani tym bardziej podjąć takiej decyzji w imieniu małoletniego syna. Był to z jego strony wielki grzech, zawierający w sobie wyrzeczenie się daru łaski bożej, przekazanego w momencie koronacji. Poprzez swoją abdykację Mikołaj II zniszczył w Rosji samowładztwo, jeden z tradycyjnych filarów państwa rosyjskiego, uświęcony przez tradycję i Cerkiew. Mikołaj II nie zlikwidował instytucji Świątobliwego Synodu Rządzącego, zgadzając się tym samym na dalsze kierowanie Cerkwią przez świeckich oberprokuratorów – takiego ustroju cerkiewnego nie przewidują prawosławne kanony. Co więcej, tolerował interwencje innych osób (m.in. Rasputina) w życie wewnętrzne Rosyjskiego Kościoła. Ponadto w wyniku jego reform z lat 1905–1906 poprawiła się sytuacja wszystkich działających w Rosji związków wyznaniowych, poza Rosyjskim Kościołem Prawosławnym, który nadal pozostawał pod całkowitą kontrolą państwa, nie uzyskawszy zgody na zwołanie Soboru Lokalnego i wybór patriarchyŚwiątobliwy Synod Rządzący był organem zarządzającym Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego od reformy kościelnej Piotra I z 1721.. Reformy Mikołaja II, wprowadzone w życie po rewolucji 1905, doprowadziły do dyskredytacji prawosławia i samowładztwa, rozwoju zapożyczonych z zachodu idei mistycyzmu, okultyzmu, liberalizmu, antyklerykalizmu, antymonarchizmu i ateizmu, przyczyniły się do upadku moralności. Mikołaj II i jego rodzina nie zerwali kontaktów z Rasputinem do samej jego śmierci, chociaż wywoływały one w społeczeństwie rosnące zgorszenie, a szereg osób z otoczenia cara (w tym duchownych, m.in. kanonizowani w 1992 metropolita Włodzimierz (Bogojawleński) i mniszka Elżbieta, siostra carycy), polityków, członków rodu Romanowów wskazywał władcy na ten fakt i apelował o usunięcie Rasputina z dworu. Religijność rodziny carskiej, mimo zachowania form typowych dla prawosławia, miała charakter „międzywyznaniowego mistycyzmu”. Romanowowie utrzymywali jedynie oficjalne kontakty z hierarchami i kapłanami Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, przyjmowali natomiast na dworze i głęboko szanowali francuskiego spirytystę Philippe’a, następnie zaś Rasputina. Mieli również związki z masonerią; car rzadko czytał Biblię, nigdy nie sięgał po teksty Ojców Kościoła. Skłonność Mikołaja II do fatalizmu nakazuje wątpić w jego pełne zrozumienie prawd wiary prawosławnej. W liście do matki, Marii Fiodorowny, Mikołaj II pisał, iż nie jest w stanie wybaczyć generałowi Ruzskiemu, co jest postępowaniem niewłaściwym z punktu widzenia etyki chrześcijańskiej.