Arcybiskup niżnonowogrodzki i arzamaski Mikołaj podkreślał, że właśnie Mikołaj II sprzeciwiał się reformom w Rosyjskim Kościele Prawosławnym na początku XX w., uniemożliwił m.in. zwołanie w 1906 Soboru Lokalnego. Przeciwnicy kanonizacji twierdzili także, że abdykacja Mikołaja II przyczyniła się do wybuchu w Rosji wojny domowej – było to powtórzenie stanowiska zmarłego w 1995 metropolity petersburskiego i ładoskiego Jana.

W latach poprzedzających kanonizację Mikołaja II pojawił się szereg informacji o cudach, do jakich miało dojść dzięki jego modlitewnemu wstawiennictwu. Miały one charakter uzdrowień, ocalenia rodzin przed rozpadem lub uchronienia mienia cerkiewnego przed członkami niekanonicznych związków wyznaniowych. Ważność tych cudów potwierdzał metropolita kruticki i kołomieński Juwenaliusz, podkreślając przede wszystkim przypadek niewyjaśnionego wyciekania mirry z ikony Mikołaja II oraz pojawiania się na ikonicznych wizerunkach Romanowów krwawych znamion. Po 1991, a przed oficjalną decyzją o uznaniu ostatniego cara za świętego, mimo niepotwierdzenia jego kultu przez Cerkiew wielu kapłanów odprawiało nabożeństwa z modlitwami do niego, zaś media cerkiewne wspominały go jak świętego. Niekanoniczną ikonę rodziny carskiej przewieziono na Athos.