– spin-off i sequel oryginalnego anime Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Był emitowany w Japonii na kanale TV Tokyo w od 6 października 2004 r. do 26 marca 2008 roku i jest prequelem do serii Yu-Gi-Oh! 5D’s. Yu-Gi-Oh! GX opowiada o przygodach Jadena Yuki (Judai Yuki w oryginalnej wersji) i jego przyjaciół podczas uczęszczania do Akademii Pojedynków. Ostatni odcinek 3. serii oraz cała 4. seria nigdy nie została wyemitowana poza Japonią. Na podstawie serialu powstała gra na konsolę Game Boy Advance: „Yu-gi-oh! GX: Duel Academy”. Wiele kart którymi posługują się postacie z Anime zostały wydane w „Yu-gi-oh! Trading Card Game”.
Fabuła Seria 1: Siedem Jeźdźców Odcinki 1–13 Jaden Yuki, jeden z graczy, podczas biegu na egzamin wstępny do z Akademii Pojedynków, przypadkowo wpada na Yugiego Muto, który daje mu kartę „Skrzydlatego Kuriboh”. Kiedy dociera do celu, walczy z Profesorem Crowlerem, i odkrywa w sobie zdolność widzenia i porozumiewania się z Duchami. Wygrywa i zapewnia sobie miejsce w Akademii Pojedynków jako jeden z „Czerwonych Sliferów”, najniższych w randze. W Akademii poznaje nowych przyjaciół, Syrusa Truesdale'a, Chumleya Huffingtona, Bastiona Misawę i Alexis Rhodes, lecz też przysparza sobie rywali, a szczególnie Chazza Princetona, studenta najwyższej rangi Niebieskich Obelisków, który twierdzi iż pokonał Crowlera dzięki szczęściu. Podczas nauki w Akademii wpada w różne tarapaty, a co gorsza, Crowler zamierza pozbyć się Jadena za to, jak go upokorzył. To właśnie tutaj Jaden poznaje też brata Syrusa a zarazem Profesjonalnego Gracza, Zane’a Trusdale'a. Chazz z powodu przegranej z Jadenem, mimo rzadkich kart danych przez Crowlera, staje do walki z Bastionem o swoje stanowisko w Obeliskach, gdyż przegrany zostaje przeniesiony do Żółtych Ra. Chazz przegrywa i zamiast spaść na niższą rangę, decyduje się opuścić Akademię. Odcinki 14–26 Jaden i jego przyjaciele wciąż walczą z nowymi przeciwnikami, takimi jak potwór Jinzo, dziki gracz Damon czy studentem Obeliska z tajemniczymi mocami, Belowskim. Nie zabraknie mu też pojedynku z Dimitrim, graczem który ukradł talię Yugiego i który potrafi skopiować każdą talię kart, a nawet osobowość przeciwnika. Jaden poznaje też zakochaną w Zanie uczennicę Blair. W tym czasie powoli rozpoczynają się przygotowania się do Pojedynku Akademii Pojedynków z Północną Akademią. By rozstrzygnąć, kto będzie reprezentantem Akademii, Jaden i Bastion walczą ze sobą, i mimo braku Fuzji Elementarnych Herosów, Jaden pokonuje Bastiona i staje się reprezentantem Akademii Pojedynków. Tymczasem Chazz przez zrządzenie losów i zemsty na Bastionie i Jadenie, nie tylko odkrywa zdolność do porozumiewania się z Duchami Potworów, ale i trafia do Północnej Akademii, gdzie pokonuje wszystkich i staje się reprezentantem w nadchodzącym turnieju. W końcu walczy z Jadenem w Akademii Potworów na oczach całego świata i swoich braci, którzy tylko pogłębiają presję. Mimo posiadania potężnych kart, Chazz znów przegrywa i traci szacunek braci. W końcu postanawia zostać w Akademii Potworów, lecz z powodów trzech miesięcy zniknięcia zostaje przeniesiony do Czerwonych Sliferów, ku swej rozpaczy. Odcinki 27 – 39 Przeczuwając niebezpieczeństwo, główny dyrektor Sheppard wzywa Jadena, Zane’a, Bastiona, Alexis, Chazza, Bannera i Crowlera do biura, gdzie daje każdemu po jednym kluczu otwierającym pieczęć zawierającą 3 potężne karty Świętych Bestii. Tymczasem pierwszy z Siedmiu Jeźdźców, Nightshroud wyzywa Jadena na Grę Cieni i o klucz. Nightshroud przegrywa walkę i okazuje się być zaginionym bratem Alexis, Atticusem. Crowler i Zane walczą z kolejnym Jeźdźcem, wampirzycą Camulą i przegrywają walkę. Choć Jaden pokonuje Camulę i ratuje przyjaciół, to jednak w wyniku porażki Crowlera i Zane’a dwa klucze znikają i powoli otwierają bramę pieczęci. Podczas przerwy w walkach, Chazz jest zmuszony walczyć ze swoim bratem Slade'em, który zamierza wykupić Akademię Pojedynków. Na szczęście przy pomocy Jadena i nowych kart Ojama, Chazz pokonuje Slade’a. W kolejnych walkach o klucze Bastion Misawa przegrywa z Tanią, podczas gdy Chazz wygrywa z czwartym Jeźdźcem, Don Zaloogiem i jego kompanią Dark Scorpion. Odcinki 40–52 Jaden walczy i pokonuje kolejnego Jeźdźca, Anubisa Trzeciego; zaś Alexis zostaje wciągnięta do Gry Cieni przez Titana, by odzyskać wspomnienia Atticusa. Po porażce Titana bohaterowie dowiadują się, że osobą która skierowała Atticusa do Opuszczonego Domu był Profesor Lyman Banner. Wówczas tajemniczy ostatni Jeździec Cieni, Amnael, uderza i pokonuje zarówno Chazza i Alexis i więzi ich wraz z Atticusem w swojej księdze. W końcu Jaden walczy z nim i odkrywa, że Amnael to tak naprawdę Lyman Banner, który w przeszłości po odkryciu tablic z Świętymi Bestiami zachorował (w dubbingu tablice rzuciły na niego klątwę) i że potrzebuje kart Bestii, by zapewnić sobie wieczne życie. Jaden pokonuje Bannera, a ten po daniu swojej księgi znika, a jego duch zostaje pożarty przez swojego kota, Pharaoha. Chazz przez swoją miłość do Alexis i walkę z nią przypadkowo doprowadza do pełnego otwarcia pieczęci i uwolnienia kart. Wówczas prawdziwy lider Jeźdźców Cieni, Kagemaru, przybywa i wyzywa na pojedynek Jadena, używając kart Bestii, Uria, Hamona i Raviela. Pomimo mocy Świętych Bestii, Jaden ostatecznie pokonuje Kagemaru. Kilka dni później Chumley opuszcza Akademię dla kariery projektanta kart dla Industral Illusions Pegasusa. Tymczasem podczas dnia absolwentów, Zane wybiera Jadena jako przeciwnika do walki. Pojedynek ostatecznie kończy się remisem.
Seria 2: Społeczeństwo Światła Odcinki 53–65 Zaczyna się drugi rok Jadena w Akademii Pojedynków. Po zwycięskim pojedynku z nowym graczem Jaden dowiaduje się, iż przeciwnik to Aster Phoenix, jeden z profesjonalnych graczy. Nowy wicedyrektor Bonaparte planuje zburzyć Dom Sliferów, wierząc że słabi gracze niszczą image Akademii. Podczas nowego roku szkolnego, Jaden i Syrus zaprzyjaźniają się z Tyranno Hassleberry, Żółtym Ra i graczem atrybutu gadów. Tymczasem „menadżer” Astera, tajemniczy Sartorius daje Asterowi rozkaz pokonania Zane’a, a potem Jadena. Aster pokonuje Zane’a poprzez użycie talii Elementarnych Herosów, lecz zamiast Flare Wingman Aster używa Phoenix Enforcera. Potem Aster Phoenix wyzywa Jadena na rewanż. Choć Jaden pokonuje jego potwory, to przegrywa przez nową serię kart Astera, Destiny Herosów i co gorsza, nie widzi już swoich kart, choć jest nieświadomy tego, że przyczynił się do tego Sartorius. Tymczasem Sartorius wykonuje swój ruch i pokonuje Chazza, zmieniając go w sługę Społeczeństwa Światła. Jaden postanawia opuścić Akademię i wtedy tajemnicza energia przenosi go do innego świata, zwanego Światem Neo. Tam odzyskuje zdolność widzenia kart i modyfikuje swoją talię Elementarnych Herosów poprzez dodanie kart Neo-Spacian i nowego Herosa, Elementarnego Herosa Neos. Tymczasem Zane po przegranej z Asterem zostaje wciągnięty do podziemnej gry, gdzie odkrywa swoją słabość: zbytnio doceniał przeciwnika. W końcu Zane powraca na gry, lecz pokonuje przeciwników bez litości. Odcinki 66–79 Jaden powraca do Akademii Pojedynków i wyzywa Astera na rewanż. Podczas walki dowiaduje się więcej o kartach Neo i poprzez użycie karty fuzji Flare Neos pokonuje Astera, który zdaje sobie sprawę, iż został oszukany przez Sartoriusa. Zaś Chazz pod kontrolą Sartoriusa pokonuje w pojedynku graczy Niebieskiego Obeliska, tym samym poszerzając grono Społeczeństwa Światła. Alexis próbuje pokonać Chazza, lecz przegrywa i sama staje się jedną z nich. Sartorius próbuje przeciągnąć Jadena na swoją stronę, lecz jego sługusi przegrywają z nim, po czym postanawia wejść do Akademii jako nowy student. Podczas wycieczki do Miasta Domino Syrus, Hassleberry i Jaden zostają wciągnięci w walkę z poplecznikami siostry Sartoriusa, Sariny. Jaden i Aster ruszają do Kaibalandu, gdzie walczą z Sariną o wolność przyjaciół i sługusów Sariny. Choć na początku współpraca Jadena i Astera nie idzie po myśli, wkrótce uczą się współpracy i pokonują Sarinę, tym samym uwalniając przyjaciół. Odcinki 80–92 Po powrocie do Akademii Pojedynków, Jaden powoli postanawia uwolnić swoich przyjaciół spod wpływu Sartoriusa. W tym samym czasie Zane wraca do dojo, gdzie wyzywa na pojedynek Shepparda, w którym wygrywa i zabiera talię kart Podziemnego Świata (jest to talia kart „Cyberdark”), lecz później dyrektor Sheppard wraca do Akademii i ogłasza, iż niedługo się zacznie turniej GX. Tymczasem Sartorius spotyka Księcia Ojina i wygrywa pojedynek, tym samym otrzymując od niego klucze do sterowania potężną satelitą. Jaden w celu odzyskania Chazza, wyzywa go na pojedynek, używając jego kart Ojamy, które odrzucił. Udaje mu się uwolnić przyjaciela spod wpływu Sartoriusa i Chazz planuje uwolnić też Alexis. Atticus Rhodes, za prośbą dyrektora postanawia walczyć z Zane’em, lecz przegrywa z kretesem, choć odkrywa że Zane nie był zły z powodu wewnętrznej ciemności, a jego postawa się zmieniła z powodu jego nowej filozofii nie okazywania litości. Odcinki 93–104 Podczas walk Syrus próbuje walczyć z Zane’em, lecz przegrywa ze swoim bratem, zaś Jaden w końcu uwalnia Alexis spod wpływu Sartoriusa. Tymczasem Aster odkrywa, że to D jest odpowiedzialny za porwanie jego taty. Walczy z nim i wygrywa, zostawiając go na palącym statku. Jaden i Aster dowiadują się w końcu, że Światło Zniszczenia jest odpowiedzialne za kontrolę opętanych graczy Społeczeństwa Światła i samego Sartoriusa. Aster walczy z Sartoriusem i przegrywa, w wyniku czego jego miejsce zajmuje Jaden. Pomimo potęgi Potworów Siły Arcana, Jaden ostatecznie pokonuje Sartoriusa i wyzwala wszystkich spod wpływu Światła Zniszczenia.
Seria 3: Świat Duel Monsters Odcinki 105–116 Wraz z nowym rokiem do Akademii Pojedynków przybywają profesor Thelonius Viper oraz czterej studenci z wymiany: Adrian Gecko, Alex Brodie, Jim „Crocodile” Cook i Jesse Anderson, który potrafi widzieć duchy potworów jak Jaden. Jaden Yuki i Jesse Anderson toczą walkę, używając kart Neo-Spacianów i kart Kryształowych Bestii, lecz w końcu to Jaden wygrywa. Profesor Viper wprowadza nowy system walk zwany „Survival Duel”, w którym stawką jest nie tylko wygrana, ale i życiowa energia. Po przegranej z Jadenem, Axel postanawia odkryć, co Viper kombinuje. Tymczasem coraz więcej graczy traci przytomność w wyniku przegranych walk i lądują w szpitalu, łącznie przyjaciółka Jadena, Blair. Jaden i przyjaciel postanawiają znaleźć Vipera i położyć kres temu terroru. Odcinki 117–136 Jaden znajduje w końcu Profesora Vipera i toczy z nim pojedynek. W końcu Jaden pokonuje Vipera, lecz niespodziewanie Akademia Pojedynków znika i pojawia się w wymiarze Duel Monsters, gdzie potwory są prawdziwe. Jaden i drużyna torują sobie drogę do uzyskania lekarstwa dla Blair, lecz z przerażeniem odkrywają, że Bio-Opaski, które wysysały energię z graczy doprowadzały też do zmiany ofiar w zombie podobnych do ghuli. Sprawy przybierają jeszcze gorsze obroty, kiedy opętany syn Bonaparte, Marcel uwalnia Święte Bestie i w dodatku je łączy w jednego potwora. W czasie pojedynku okazuje się, że cały incydent z energią życiową, opętaniem Marcela i wysłaniem Akademii do innego wymiaru spowodował duch z przeszłości Jadena: tajemniczy potwór zwany Yubel. W końcu energia wywołana przez Rainbow Dragon wysyła z powrotem akademię do właściwego wymiaru. Jaden postanawia wrócić do wymiaru Duel Monsters, by ocalić Jessego, lecz kończy się tym, że podczas pojedynku z Brronem, Szalonym Królem Mrocznego Świata, jego przyjaciele zostają poświęceni do stworzenia super-karty. Choć Jaden pokonuje Brrona, Syrus zostawia go, gdyż sądzi iż Jesse był dla niego ważniejszy, niż przyjaciele. To ostatecznie powoduje, że Jaden wpada w otchłań ciemności i staje się mroczną wersją samego siebie: Najwyższym Królem (Supreme King). Odcinki 137–156Ostatni odcinek 3 serii nie został wyemitowany w innych krajach.