Sprawy przybierają jeszcze gorsze obroty, kiedy opętany syn Bonaparte, Marcel uwalnia Święte Bestie i w dodatku je łączy w jednego potwora. W czasie pojedynku okazuje się, że cały incydent z energią życiową, opętaniem Marcela i wysłaniem Akademii do innego wymiaru spowodował duch z przeszłości Jadena: tajemniczy potwór zwany Yubel. W końcu energia wywołana przez Rainbow Dragon wysyła z powrotem akademię do właściwego wymiaru. Jaden postanawia wrócić do wymiaru Duel Monsters, by ocalić Jessego, lecz kończy się tym, że podczas pojedynku z Brronem, Szalonym Królem Mrocznego Świata, jego przyjaciele zostają poświęceni do stworzenia super-karty. Choć Jaden pokonuje Brrona, Syrus zostawia go, gdyż sądzi iż Jesse był dla niego ważniejszy, niż przyjaciele. To ostatecznie powoduje, że Jaden wpada w otchłań ciemności i staje się mroczną wersją samego siebie: Najwyższym Królem (Supreme King). Odcinki 137–156Ostatni odcinek 3 serii nie został wyemitowany w innych krajach.