W 1693 roku Pitcairne wrócił do Szkocji, aby poślubić córkę wybitnego szkockiego lekarza Sir Archibalda Stevensona. Ponieważ jej rodzina nie zgodziła się na jej wyjazd za granicę, Pitcairne nie wrócił do Lejdy, osiadł w Edynburgu, gdzie został uznany za pierwszego lekarza w Szkocji; udzielał jednocześnie konsultacji w Anglii i Holandii. Syn Pitcairne’a brał udział w powstaniu jakobitów w 1715 roku. Został z tego powodu skazany na śmierć, ale uratowała go interwencja następcy Pitcairne’a, dr Richarda Meada. Pitcairne był wielkim kolekcjonerem książek. Jego cenna kolekcja została w latach 1719–1720 sprzedana carowi Rosji Piotrowi I za 500 funtów szterlingów (obecna wartość 103 tysiące dolarów amerykańskich). Pośrednikiem w sprzedaży był przyjaciel Pitcairne’a, .
Pitcairne zmarł w Edynburgu w wieku 60 lat. Został pochowany na cmentarzu Greyfriars Kirkyard w Edynburgu.
Publikacje 1688 Solutio problematis de historicis;