Po 1995 roku przynajmniej dwukrotnie skazany na karę więzienia: 12 miesięcy pozbawienia wolności w Niemczech za praktykowanie bez uprawnień lekarskich oraz we Francji za oszustwo i współudział w prowadzeniu nielegalnej placówki medycznej. Wyroki więzienia wykonano w latach 1997–1998 oraz 2004–2006. W marcu 2007 roku został oskarżony przed hiszpańskim sądem o przyczynienie się do śmierci pacjentów, których można było uratować. Według oskarżycieli Hamer miał przekonać chorych do hipotezy, że metody terapeutyczne takie jak chemioterapia, radioterapia i stosowanie morfiny są sposobem na zabijanie ludzi przez domniemaną żydowską organizację spiskową. Nie został osądzony, ponieważ opuścił Hiszpanię.
W latach późniejszych był podejrzewany o propagowanie treści antysemickich poprzez publiczne wypowiedzi dotyczące „spisku żydowskiego prowadzącego do ludobójstwa na nie-żydach". W 2007 roku Hamer wyemigrował z Niemiec, kontynuował wypowiedzi o „spisku żydowskim”, w tym poprzez personalną stronę internetową, co w obawie przed aresztowaniem doprowadziło do wielokrotnej zmiany kraju pobytu.