Pod rokiem 1689 widnieje tam Gorna Skawicza alias Zawoja, zaś pod rokiem 1700 wieś Zawoia na Skawiczy.
Dzisiejsze tereny Skawicy i Zawoi stanowiły część starostwa lanckorońskiego i pozostawały we władaniu kolejnych dzierżawców królewszczyzny (Lanckorońskich do 1512 roku, Jarosławskich, Wolskich do 1578, Bekieszów do 1590, Zebrzydowskich do 1676, Słuszków do 1700, Myszkowskich do 1703, wreszcie Komorowskich, Wielopolskich do 1774). Odrębną miejscowością Zawoja jest od 31 sierpnia 1836 roku.
Po I rozbiorze i śmierci ostatniego starosty lanckorońskiego w 1774 królewszczyznę przejął skarb austriacki, który w 1839 roku sprzedał ją hrabiemu Filipowi Saint-Genois d’Anneaucourt. Wkrótce w Zawoi powstała kuźnica (ośrodek hutniczy żelaza złożony z 2 pieców i młota wodnego), związana z istniejącą w latach 1845–1863 Hutą Maurycy w Makowie Podhalańskim. W 1847 roku okolicę nawiedził głód, który doprowadził do powstania ognisk tyfusu i cholery.Likwidacja serwitutów do pastwisk i poboru drewna w lasach w 1853, doprowadziła do utraty połowy terenów wypasowych, nastąpił upadek gospodarki szałaśniczej.