W 1878 roku Habsburgowie żywieccy wykupili Zawoję od Maurycego, syna hrabiego Saint Genois d’Anneaucourt, a po odzyskaniu niepodległości przez Polskę, zagrożeni parcelacją, przekazali ją w 1924 roku Akademii Umiejętności. Od roku 1928 staraniem powstałej Komisji Klimatycznej miejscowość zaczęła nabierać charakteru letniskowego.W ramach eksploatacja lasów górskich w XIX wieku w Zawoi Wilcznej powstała fabryka zapałek i tartak parowy.W 1954 r. utworzono Babiogórski Park Narodowy, którego siedzibę zlokalizowano początkowo w Zawoi Markowej.W latach 1945–1991 funkcjonowała w Zawoi strażnica Wojsk Ochrony Pogranicza. 16 maja 1991 strażnicę przejęła Straż Graniczna.W latach 1975–1998 Zawoja należała administracyjnie do województwa bielskiego.
Zabytki Obiekt wpisany do rejestru zabytków nieruchomych województwa małopolskiego. Kościół parafialny pw. św. Klemensa.Obiekt z roku 1888 – powstały w miejscu starszego, małego kościoła. Zbudowano go na planie krzyża. Sufit i chór wspierają żelazne słupy. W osi posiada on czworoboczną wieżę pełniącą rolę dzwonnicy oraz dwie sygnaturki na kalenicy dachu. Polichromię w kościele wykonało w 1930 roku dwóch artystów krakowskich: Zygmunt Milli i Marian Arczyński.