W Ośrodku tym Kossakowski został kierownikiem Zakładu Toksykologii z Ochroną Radiologiczną, a od 1977 był zastępcą komendanta ośrodka do spraw naukowych. W okresie tym awansował na kolejne stopnie wojskowe podpułkownika i pułkownika. W maju 1989 roku przeszedł na emeryturę.
W 1962 roku na Wydziale Weterynaryjnym Wyższej Szkoły Rolniczej w Lublinie stopień doktora weterynarii na podstawie rozprawy Ocena sprawności pociągowej koni taborowych w maskach przeciwgazowych. W 1971 Rada Wydziału Weterynaryjnego WSR w Lublinie nadała mu stopień naukowy doktora habilitowanego na podstawie rozprawy Wpływ skojarzonego działania subletalnych dawek promieniowania jonizującego i związku fosforoorganicznego na organizm zwierzęcy. Na zlecenie Ministerstwa Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki opracował program szkolenia z Ochrony Radiologicznej na Wydziałach Weterynaryjnych oraz prowadził w latach 1966-1969 wykłady i ćwiczenia z tego przedmiotu na Wydziale Weterynaryjnym Akademii Rolniczej w Lublinie. W 1969 zorganizował na tym Wydziale Samodzielną Pracownię Toksykologii, którą kierował do 1972 roku. Następnie przeszedł do Instytutu Weterynarii w Puławach na stanowisko kierownika Pracowni Ochrony Radiologicznej i Badań Izotopowych.