137
Po wojnie krótko kierowała pracownią malarstwa monumentalnego w Wyższej Szkole Sztuk Plastycznych w Warszawie, trudniła się dydaktyką, jak również wykonywała liczne religijne malowidła ścienne i witraże utrzymane w neobizantyjskiej stylistyce dla różnych kościołów.
Koniec życia spędziła w Częstochowie w domu księży emerytów.
Zmarła 28 marca 1967 na gruźlicę płuc. Została pochowana w Warszawie na Powązkach (kwatera 21-4-4/5).
Twórczość Zasadniczy trzon jej twórczości tworzą polichromie i witraże. Duży wpływ na twórczość artystyczną Zofii Baudouin de Courtenay wywarły poglądy Mychajła Bojczuka. Pod jego wpływem odczuła powołanie do tworzenia monumentalnych dzieł o tematyce religijnej.
Od 1921 tworzyła malarskie dekoracje ścienne korzystając z tradycyjnych technik malarskich takich jak: tempera, fresk, enkaustyka czy mozaika. Samodzielnie wykonała kompleksowe dekoracje malarskie w 24 kościołach. Jest też autorką wielu witraży. W malarstwie monumentalnym, jak również w witrażach i malarstwie na szkle, stosowała kanony sztuki bizantyńskiej i starocerkiewnej. Zajmowała się stroną teoretyczną sztuki tworząc „teorię malarstwa monumentalnego”.