Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarskiej Lisi rozpoczął pracę w roli szkoleniowca. Należy do grupy trenerów wyznającej słynną filozofię trenerską zwaną bielsismo – stylu gry opartego głównie na ofensywie, dynamice i posiadaniu piłki opracowanego przez Marcelo Bielsę – do której należą uczniowie Bielsy pierwotnie skupieni wokół klubu Newell’s Old Boys (wśród nich m.in. Jorge Sampaoli, Eduardo Berizzo, Javier Torrente, Claudio Vivas czy Mariano Soso).
W 2005 roku Lisi objął czwartoligową drużynę CSD La Emilia, którą prowadził przez kilka miesięcy z przeciętnymi wynikami. Następnie był asystentem szkoleniowca Néstora Craviotto (swojego byłego kolegi boiskowego z San Martín) w zespole Unión Santa Fe (2006). W sierpniu 2006 został trenerem czwartoligowego klubu AD Centenario, którego właścicielem i głównym sponsorem był Craviotto. Podczas jego pobytu w drużynie gościnnie występowali byli reprezentanci Argentyny (m.in. Leonardo Astrada, José Basualdo, Hernán Díaz i Marcelo Escudero). W styczniu 2007 został zatrudniony w klubie CA Banfield jako asystent trenera Patricio Hernándeza. Już w marcu Hernández został jednak zwolniony, a Lisi w kontrowersyjnych okolicznościach zastąpił go na stanowisku jako trener tymczasowy.