W duecie z Pablo Sánchezem prowadził Banfield przez kolejne dwa miesiące, między innymi w rozgrywkach Copa Libertadores 2007 (faza grupowa).
W kolejnych latach Lisi z powodzeniem pracował jako asystent Javiera Torrente w czołowych paragwajskich zespołach Club Libertad (2009–2010) i Cerro Porteño (2010). W styczniu 2011 został trenerem absolutnego beniaminka ligi peruwiańskiej – ekipy Unión Comercio. Ze skromną, walczącą o utrzymanie drużyną notował przeciętne, lecz zadowalające i odpowiadające możliwościom klubu wyniki oraz był chwalony przez media za umiejętne zastosowanie ofensywnego systemu gry. Został niespodziewanie zwolniony w maju 2011 po dwóch porażkach z rzędu. W czerwcu 2012 przeniósł się do Chile, obejmując tamtejszego drugoligowca Unión Temuco. Do ekipy zarządzanej przez Marcelo Salasa trafił z polecenia Eduardo Berizzo i został pierwszym (i zarazem jedynym) zagranicznym trenerem w krótkiej historii klubu. Ze średnim skutkiem prowadził Temuco przez kolejne dziewięć miesięcy – zrezygnował ze stanowiska w marcu 2013 po bardzo słabym początku rozgrywek (bez zwycięstwa w siedmiu meczach). Dwa miesiące po jego odejściu klub został rozwiązany.