W maju 2013 Lisi zastąpił Carlosa Jarę Saguiera na stanowisku trenera paragwajskiego Club Rubio Ñú, walczącego o uniknięcie relegacji. Szybko poprawił wyniki drużyny, zajął z nią ósme miejsce w tabeli i zdołał utrzymać ją w najwyższej klasie rozgrywkowej. Bezpośrednio po tym zrezygnował jednak ze stanowiska w obliczu oferty ze stołecznego potentata Cerro Porteño, gdzie przez siedem miesięcy był koordynatorem akademii juniorskiej. W styczniu 2015 podpisał dwuletnią umowę z kolumbijskim drugoligowcem Deportivo Pereira. Przed drużyną postawiono cel awansu do najwyższej klasy rozgrywkowej, którego ostatecznie nie udało się zrealizować, nawet mimo świetnej postawy podopiecznych Lisiego w rundzie jesiennej (14 zwycięstw i 5 remisów w 22 meczach). Po zakończeniu sezonu złożył rezygnację ze stanowiska, argumentując ją względami osobistymi i rodzinnymi. Podczas pracy w Pereirze dał się poznać jako sumienny i mocno zaangażowany w prowadzenie drużyny szkoleniowiec, z atrakcyjną wizją gry.